K dobré teorii: COVID-19. Analýza vývoje/263

V tomto pokračování Flegrova osvěta k mutacím.

Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:

- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)

- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.teorie.

COVI-kávička 25.12. ČR +4363 USA +193030. Co dál?

Česká republika:   +4363 nových vánočních případů. Těžké s čím porovnat. Pokles o tři tisíce oproti minulému týdny, nárůst o tisíc oproti neděli. Uvidíme první výsledky po vánočních svátcích a víkendu, tj. až 28. a 29. prosince.

USA +193030  nových případů.

A ještě se podívej na evropský souboj (s budoucností Evropy bezprostředně souvisí):

Rusko - rekord, největší přiblížené ke 30 tisícům, které ještě nikdy nepřekročilo. Francie zrychlení přírůstu nových případů, vypadá to na českou cestu.

Británie další rekord, těsně pod 40 tisíci. Německo nepříjemných přes 26 tisíc. Holandsko přes 11 tisíc.

Izrael bohužel k 5 tisícům (nezvládnuté líhně vícenákazy).

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

Jaroslav Flegr: Dobrá osvěta k mutacím

Na svém blogu dal profesor Flegr velmi srozumitelný a přehledný výklad k tomu, jak se to má s mutacemi virů. Reagoval mj. na zprávy "brexitovém viru", tj. o "rychlejší" mutaci v Británii. Stojí nejen za přečtení, ale i promyšlení. Od svého textu odlišuji fialovou barvou:

Milý Micíku, dnes si něco povíme o mutacích.

Mutace vznikají v důsledku náhodných chyb při kopírování genetické informace, tedy u koronaviru při kopírování RNA. V důsledku chyby se zařadí do RNA špatné písmenko, nebo třeba některé písmenko vypadne. Mutací vzniká u nového koroanaviru dost. Když se například podíváme na RNA virů v různých orgánech nakaženého člověka, nebo izolovaných z pacienta různě dlouho po nákaze, zjistíme, že se liší přítomností mnoha mutací.

Některé mutace nemají žádný význam, některé však mění vlastnosti viru a význam tedy mají. V lidské populaci se šíří mutace, které nějak zvyšují infekčnost mutovaného viru (průměrný počet osob, které nakazí jeden nakažený po dobu své nemoci). Ty můžeme rozdělit do několika skupin.

Nejvíce se bojíme mutací, které zvyšují rychlost množení viru v lidském organismu – třeba zvyšují rychlost kopírování jeho RNA, nebo mu usnadňují pronikání do lidských buněk. Takoví mutanti jsou virulentnější – více ubližují nakaženému člověku. Ten také produkuje více nových virů – je pro své okolí infekčnější. Jenže také rychleji skončí v izolaci nebo zemře, takže za dobu své nemoci často nakazí méně osob než pacient s nemutovaným virem. Virulentní mutanti se mohou šířit především tehdy, když je přenos virů usnadněn nedodržováním protiepidemických opatření, nebo nízkou teplotou a nízkou vlhkostí vzduchu.

Mutace může také zvýšit infekčnost viru, aniž by zvýšila jeho virulenci. Může například zvětšit odolnost viru – dobu po jakou bude přežívat ve vnějším prostředí. Může i snížit závažnost projevů onemocnění – infekční člověk se kvůli tomu dostane později do izolace, nebo se do ní nedostane vůbec. Mutace může rovněž ovlivnit, jak moc bude nakažený drážděný ke kašli či kýchání, a dokonce i to, jakou bude mít chuť chodit mezi lidi. Podobné "hodnější" mutace se šíří spíše v době, kdy je epidemie pod kontrolou, třeba v létě.

Další mutace mohou ovlivnit to, s jakou pravděpodobností přítomnost viru zachytí PCR testy nebo antigenní testy. PCR testy detekují přítomnost úseků některých genů viru. Když mutace pozmění začátek nebo konec takového úseku, test ukáže negativní výsledek i u nakaženého. Kvalitní PCR testy snižují toto riziko tím, že detekují souběžně úseky z několika genů. Podobně může mít mutant pozměněné oblasti proteinů, na které by se měly vázat protilátky v antigenních testech. Je jasné, že mutant, který se takhle vyhne odhalení, se bude rychle šířit v populaci.

Poslední důležitá skupina mutací, kterých se odborníci obávají, jsou ty, které mění oblasti proteinů virů, proti kterým je cílena imunitní odpověď vyvolaná jednotlivými vakcínami. Je jasné, že mutant s pozměněnou cílovou oblastí, na kterého by nefungovala určitá vakcína, by se velmi rychle šířil i v proočkované populaci.

Jaké mutace budou u viru vznikat, ovlivnit nemůžeme, jaké se však v populaci rozšíří, to už rozhodně můžeme. Jestli chceme, abychom měli hodně virulentní varianty viru, které nám budou co nejvíc ubližovat a co nejvíc z nás zabíjet, potom je skvělý nápad umožnit viru co nejsnazší šíření v populaci. Tedy co nejvíce rozvolnit opatření a co nejméně ta zbylá dodržovat. Obzvláště zlé viry si vyšlechtíme, když bude hodně lidí superinfikovaných, tedy získají skoro současně infekci z různých zdrojů (nejlépe z různých oblastí světa). V těle nakaženého člověka z nich totiž vždy zvítězí ten nejzlejší – ten totiž nakazí nejvíce lidí ještě předtím, než nemocný zemře.

Jestliže chceme, aby nám testy na covid časem přestaly fungovat, je dobré nakoupit ty nejlevnější a nejhorší. Z PCR testů například takové, které rozpoznávají přítomnost viru třeba jen podle jednoho úseku jednoho genu. Antigenní testy by měly mít zase co nejmenší senzitivitu – co největší pravděpodobnost, že za negativního označí člověka nakaženého. Mnohé dnes používané antigenní testy za nenakažené označí až dvě třetiny bezpříznakových nakažených – ne nekup to!

A jestliže chceme, aby nám co nejdříve přestala fungovat vakcína, je skvělým nápadem s vakcinací nespěchat, protáhnout ji na co nejdelší období a pokud možno do ní vnést takový chaos, aby co nejvíc lidí obdrželo jen první dávku, či dávku částečně inaktivovanou nevhodným skladováním. Přímo geniální je pověřit řízením vakcinace nikoli odborníka, ale populistického politika, který o problematice vůbec nic netuší, a který zatím zkazil, na co sáhnul. Tím si zajistíme, abychom si mohli darů epidemie užívat co nejdéle, při troše snahy a štěstí i natrvalo.   A že v jiných zemích takové blbosti dělat nebudou a s epidemií do léta zatočí? To se ještě uvidí! Virus nezná hranic a naši mutanti jim stejně ukážou co proto. Evropě (a světu) to osladíme!

Tak Micíku, to je prozatím všechno. Aha, ještě tě zajímá ta nová anglická mutace. Zatím o ní víme málo. Šíří se rychleji, ale jestli má skutečně o 70 % vyšší infekčnost, ještě asi není bezpečně prokázané. Rychlejší šíření (stoupající reprodukční číslo) může být způsobeno i klesajícími venkovními teplotami v zasažených oblastech Anglie. Například v březnu byla infekčnost oproti létu vyšší téměř o 100 %. 

Kdyby se vyšší infekčnost nového mutanta potvrdila, byl by to fakt malér. Nejen kvůli tomu, že ty naše "rádoby-lockdowny" a "rádoby-trasování" by na něj asi nezabíraly a museli bychom po vzoru Jižní Asie výrazně přitvrdit. Ještě horší je, že kdyby varianta měla vyšší reprodukční číslo, byla by potřeba k dosažení kolektivní imunity podstatně vyšší proočkovanost populace – místo 6 milionů bychom museli proočkovat nejméně 8 milionů osob. A to, Micíku, by už byla vážně fuška a na bázi dobrovolnosti by to u nás téměř jistě nešlo.

K tomu ode mne:

Jen povzdech: Co si mám myslet o lidech, kteří jsou nejen nekvalifikovaní, ale i nedovzdělaní, omezeného rozhledu a přitom na profesora Flegra sprostě útočí?

Konec COVI-epidemie v nedohlednu, ale co dál?

Do seriálu COVI-kávička vkládám novou rubriku. Proč? Odpověď je v díle publikovaném 8. listopadu zde:

https://radimvalencik.pise.cz/8574-covi-kavicka-8-11-cr-7722-usa-124390-co-dal.html

V době, kdy se "vytsunamila" iracionalita a dochází k oslabení funkčnosti institucí (i pokud jde o základní funkce, se náprava bez poctivé vědy a dobré teorie neobejde. Proto se v nejbližších číslech budu věnovat problematice toho, co lze v této oblasti dělat a jak by společenské vědy mohly obnovit svoji roli.
Současně připravujeme (předběžně na leden) workshop:

Ekonomie a ekonomika doby postkovidové

(pohled za horizont událostí)

Viz: https://radimvalencik.pise.cz/8703-worskhop-ekonomie-a-ekonomika-doby-postkovidove.html

Postupně uveřejňuji náměty a podklady k diskusi na připravovaném worshopu. Zde je o jednom z nich:

Komplexní pohled na dopady COVID-19 a cestu k perspektivní vizi/1

Čas od času se i ve společenských vědách objeví výstup, který přichází s něčím novým, aktuálním, zajímavým a využitelným, přitom v míře, která si zaslouží popularizaci, aby se o něm dozvěděla širší veřejnost. O jednom z nich informuje tento příspěvek.

Již delší dobu jsem si kladl otázku: Kdy se konečně objeví nějaký dostatečně komplexní materiál, který by probral problematiku epidemie COVID-19 ze všech důležitých aspektů (včetně sociálních, ekonomických, politických apod.) tak, aby byla organicky začleněna do pochopení současné doby a změn, které probíhají. Materiál, který by se mohl stát dostatečně přijatelným a solidním základem pro kvalifikované diskuse a sjednocování názorů interdisciplinárního pohledu na dění, které jsme v souvislosti s epidemií přímými účastníky.

Ještě před tím, než se budu věnovat stručné prezentaci hlavních přínosů uvedeného materiálu, zformuluji některé požadavky, kterým by měl jakýkoli materiál tohoto typu vyhovovat:

1. Postihnout všechny důležité dimenze společenského dění v jejích vzájemných souvislostech.

2. Zahrnou současnou situaci do širšího historického kontextu.

3. Reagovat na specifika naší země.

4. Překonat stereotyp a setrvačnost v pohledu na současné dění, přijít s původními myšlenkami.

5. Zdůvodnění přesahů stávajícího přístupu jak z hlediska reálných faktů, tak i jejich vzájemným provázáním do uceleného nového pohledu na realitu.

6. Zahrnout realizační aspekt, tj. naznačit řešení otázky, kdo, jak a za jakých podmínek je schopen závěry, které z materiálu vyplývají, využít k provedení nezbytných změn.

7. Musí projít kvalifikovaným posouzením a být publikován v dostatečně důvěryhodném a prestižním médii.

Výčet lze patrně doplnit ještě o další požadavky. Ale i naplnění těch není snadným úkolem a nelze očekávat stoprocentní dosažení příslušných kritérií.

Podle mého názoru za prostudování a promyšlení stojí z výše uvedených hledisek pojednání Úvahy o sociálně ekonomických dopadech Covid-19 v kontextu s českým národním zájmem¹Jaroslava Šulce uveřejněné v časopisu Fórum sociální politiky. Časopis je sice veden jen databázi ERICH+ a několika dalších méně významných, ale to lze u medií orientovaných na konkrétní podmínky naší země očekávat. Mezi jeho čtenáře patří odborníci působící ve sféře státní správy, politické reprezentace i akademické půdy, vyprofiloval se ve směru identifikování souvislostí mezi sociálním a ekonomickým rozvojem, vychází v tištěné i elektronické podobě.

Autora znám dlouhá léta, V pojednání využil své zkušenosti z dlouhodobého působení ve státní sféře, kde pracoval ve vrcholových funkcích, v akademické sféře jako pedagog i badatel, ve sféře společenských organizací i jako poradce významných ústavních činitelů. Přestože jsem z jeho pera četl již hodně koncepčního a podnětného, byl jsem výkonem, který předvedl, pozitivně překvapen. Dle mých znalostí není nic srovnatelného v našich podmínkách "na stole". Čtenář patrně nebude se vším bezvýhradně souhlasit. Ale hlavní je, že se jedná o dobrý základ pro společné hledání toho, jak se postavit k řešení problémů, která před nás doba okořeněná epidemie postavila.

1/ Šulc, J. (2020) Úvahy o sociálně ekonomických dopadech Covid-19 v kontextu s českým národním zájmem. Fórum sociální politiky. č. 6, r. 2020, s.

(Pokračování podrobnější charakteristikou článku a následně i jeho prezentací s mými poznámkami)

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)