V tomto pokračování párá část článku českých vědců.

Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:

- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)

- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.

COVI-kávička : ČR +290 US +54504. Komentář

5. srpen 2020

Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8194-covi-kavicka-cr-290-us-54504-komentar.html

Česká republika:  +290nových případů (těsně pod 300, to je moc)

Spojené státy:    +54504 nových případů (sice velký nárůst, ale oproti předcházejícím hororovým číslům to není nejhorší výsledek). 

Tradičně vysoké hodnoty přírůstků Brazílie a Indie (v obou případech přes 50 tisíc).

Izrael také stále přes tisíc, nedaří a nedaří se snížit.

Rusko atakuje hranici 5 tisíc shora a patrně se brzy dostane pod ní.

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

Důležitý článek českých vědců o taktice našeho viru – 5. část

Uveřejňuji na několik pokračování vybrané pasáže článku českých vědců, které byly nedávno publikované v prestižním impaktovaném časopisu "Nature Communications". Dává určitý přehled o tom, co o našem viru víme, metody, kterými zkoumáme jeho strukturu, odhaluje jednu z forem jeho "maskování" a snaží se na základě toho vyvinout způsob léčby (látku, kterou by jeden z klíčových prvků replikace našeho viru mohl být zasažen jako cíl).

O uvedeném článku je informace v češtině s mým krátkým komentářem zde:

https://radimvalencik.pise.cz/8149-covi-kavicka-30-7-cr-278-us-66971-komentar.html

Podle mého názoru, který vychází z hypotézy třísložkové evolučně stabilní strategie našeho viru, se jedná nikoli o kamufláž, ale o součást komplexu mechanismů, které byly výsledkem dlouhodobého evolučního směřování soužití s našeho viru s hostitelem. Další mechanismy vedou k tomu, že původní kultura našeho viru "spásá" buňku, v níž hostuje a replikuje se, pomalým způsobem, takže neškodí organismu a nevyvolává ani imunitní reakcí při úmrtí buňky. Zde je podrobněji o třísložkové evolučně stabilní strategii našeho viru:

Evolučně stabilní strategie našeho viru se tedy skládá ze tří složek:

1. Základem evolučně stabilní strategie je strategie "pomalého spásání pastviny", resp. šetrného chování k hostiteli. Patrně takového, při kterém imunitní systém na přítomnost a množení našeho viru vůbec nereaguje.

2. Doplňující obrannou strategií, kterou spouští, když zjistí, že v napadeném organismu je mutace jeho vlastního kmene, která porušila "kmenové tabu" a začala se k hostiteli chovat nešetrně. V tu chvíli nás virus také přejde do modu rychlého spásání, resp. co nejrychlejší replikace v hostiteli. "Odbrzdí se", přechází do excitovaného, zdivočelého stavu.

3. Navazující korekční strategii, kterou zkouší, zda je ještě přítomna mutace, která porušila kmenové tabu (zda byla vytlačena nebo uklidnila). Vysílá vstřícný signál pomalého spásání, ovšem podle toho, jaká je reakce prostředí, je zase připravena přejít k obranné strategii rychlého spásání, resp. nešetrného chování k hostiteli.

Poznámka k jednomu aspektu praktického významu výše uvedeného:

V případě třetí složky strategie a návratu k první složce musí být náš virus evolucí kalibrován velmi přesně:

- Příliš včasné a časté vysílání vstřícných gest poskytuje zvrhlé mutaci (té, která je v modu rychlého spásání) příliš velký prostor pro replikaci a případnou dominanci.

- Nedostatečná tendence k uklidnění může vést k tomu, že dojde k lokálnímu zániku hostitele a tím i našeho viru.

Velmi špatná situace by pro nás (lidi) nastala, pokud by byl náš virus evolucí kalibrován dynamicky, tj. čím více by byl "zklamán" tím, že nedochází k pozitivní odpovědi na vstřícná gesta vložená do strategie nešetrného chování k hostiteli, tím méně strategii vložení vstřícných gest používá.

Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8086-covi-kavicka-12-7-cr-53-us-61719-komentar.html

Autoři článku pozornost zaměřují na to, kde by mohl být náš virus zranitelný. Mnohem zajímavější by bylo, pokud by svoji pozornost zaměřili na otázku, jak je to se vztahem našeho viru k hypoteticky zkonstruované evolučně stabilní strategii. Základ této strategie (pomalé "spásání" hostitele) může realizovat (pokud je v normálním modu "pomalého spásání"):

- Velmi selektivním výběrem buněk, které napadá.

- Pomalou a úspornou replikací v nich.

V jeho struktuře by pak byly "brzdné mechanismy", které by se metodami používaným při odhalení "maskovací čepičky" patrně daly též odhalit (pokud by existovaly).

Vybrané pasáže z článku uveřejňuji mj. proto, že jsou velmi užitečné pro širší okruh čtenářů:

1. Dávají určitou představu o tom, co již víme a jak postupuje věda při výzkumu v dané oblasti.

2. Prakticky vylučují možnost, že by epidemie našeho viru byla jen "mediální humbuk" (to si může myslet jen nedouk, který nemá o fungování současné vědy, při všech jejich problémech a pokusech ji ovlivnit, ani potuchy).

Vybrané pasáže z článku odlišuji fialovou barvou. Obrázky jsou převzaté z článku.

Z článku:

Strukturální analýza komplexu SARS-CoV-2 methyltransferázy, který se podílí na tvorbě čepičky RNA, vázaný na sinefungin
Petra Krafčíková, Jan Silhan, Radim Nenčka a Evzen Boura
Publikováno v Nature Communications, svazek 11, číslo článku: 3717 (2020)

(Pokračování)

Analýza vazebného místa RNA

Také nás zajímal možný vazebný režim RNA substrátu. Analyzovali jsme elektrostatický povrchový potenciál k odhalení domnělého vazebného místa RNA. Pozitivně nabitý kaňon v blízkosti kapsy vázání SAM by mohl být snadno spatřen (obr. 5a). K určení orientace RNA ve vazebné kapse jsme využili stávající struktury lidské mRNA (nukleosid-2'-O -) - methyltransferázy a dengue NS5 MTasy, které byly krystalizovány s krátkým kusem RNA (kódy PDB: 4N48, 5DTO). Tato struktura může být superponována naší strukturouure k objasnění režimu vazby RNA. Podle modelu je první nukleosid, 7N-methylovaný guanosin, vázán v horní části kaňonu vázajícího RNA, zatímco druhý nukleosid je umístěn ve střední části kaňonu tak, aby se jeho ribosový kruh dostal do těsné blízkosti amino skupina sinefunginu, která v tomto případě představuje methylovou skupinu, která má být přenesena strukturálně vysvětlující, jak nsp16 provádí 2'-O methylaci (obr. 5). Přibližujeme se - k získání atomových detailů methylační reakce je nutná skutečná krystalová struktura.

Obr. 5: Model rozpoznávání RNA komplexem nsp10-nsp16.

Povrch nsp10-nsp16 byl zbarven podle elektrostatického povrchového potenciálu. Sinefungin je lokalizován ve vázací kapse SAM. Vazebná kapsa RNA je charakterizována pozitivně nabitým povrchem, který interaguje s kostrou RNA fosfátu. Uzávěr RNA je umístěn v horní části kapsy vázání RNA, zatímco aktivní místo je umístěno na rozhraní kapes RNA a SAM. RNA byla modelována ve vazebné kapse RNA na základě strukturálního zarovnání SARS-CoV-2 MTasy s Dengue MTase (PDB kód 5dto) a ručně upravena v Coot.

(Pokračování)

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Nejdůležitější je tento graf:

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)