K dobré teorii: COVID-19. Analýza vývoje/212

V tomto pokračování 3. část iminuloga z Alabamy profesora Hela, závěr tramvajáka spisovatele Petra Holého.

Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:

- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)

- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.teorie.

COVI-kávička 4.11.: ČR +12088 USA +94463

Česká republika:   +112088 nových případů (důvod k velmi opatrnému optimismu, uvidíme v dalších dnech)

USA +94463 nových případů. Druhý nejhorší výsledek, a to v den voleb.

A ještě se podívej na evropský souboj (s budoucností Evropy bezprostředně souvisí):

Obě ze mě setrvalý stav.

I v ostatních zemích bez výrazněých změn.

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

Zdeněk Hel, český imunolog, profesor lékařské fakulty University of Alabama/3:

Zdeněk Hel se většinu vědecké kariéry zabývá výzkumem viru HIV. V posledním půl roce se práce jeho týmu stočila výhradně na vir způsobující onemocnění covid-19 a jeho působení v lidském organismu. Zkoumá to, jakou měrou se podílí neutrofily, tedy buňky fungující jako záchranný obranný mechanismus našeho těla, na průběhu a vážnosti nemoci. V rozhovoru pro Seznam Zprávy mluví mimo jiné o výsledcích výzkumu v jeho univerzitní laboratoři.

Celé zde.

https://www.seznamzpravy.cz/clanek/do-normalu-se-vsechno-zacne-vracet-za-dva-roky-rika-cesky-imunolog-v-usa-126870

a zde:

https://www.seznamzpravy.cz/clanek/pred-pandemii-varujeme-roky-urcite-prijdou-i-horsi-rika-cesky-imunolog-v-usa-126875

Vybírám (odlišuji fialovou barvou od svého textu) a komentuji:

Znovu prosím veřejnost, aby důvěřovala odborníkům, ale pouze těm nejlepším ve svém oboru. Já bych se nikdy nesnažil mluvit do práce zubaře, tedy pokud mi právě netrhá zdravý zub. Stejně tak prosím, aby ostatní byli velmi opatrní a nesnažili se interpretovat data světových odborníků v epidemiologii, imunologii a virologii. I já se snažím být velmi opatrný v interpretaci dat. Potíž je v tom, že i u běžné chřipky neznáme reálnou smrtnost (IFR), ale pouze smrtnost (CFR). CRF je odhadována většinou z počtu reportovaných případů. Protože ale většina infikovaných nenavštíví lékaře a buď nemoc přechodí, či vyleží doma, je CFR chřipky podstatně vyšší než IFR. U běžné sezonní chřipky je IFR většinou odhadována pod 0,1 %. Jiné je to ale u epidemií nových typů chřipky, jako byla například španělská chřipka v letech 1918-1919. Tam se IFR odhaduje na 1 až 3 %. Nové kmeny ptačí chřipky mají potenciál dosáhnout IFR až desítky procent. Až se utkáme s jedním z nich, bude to opravdová katastrofa...

Existuje takzvaná nadbytečná úmrtnost, která snad nejlépe vyjadřuje celkový dopad pandemie na společnost. Do této jsou zařazení i lidé, kteří nebyli přímo infikovaní, ale zemřeli například proto, že se jim nedostalo adekvátní zdravotní péče na jejich onemocnění jiného typu. Z těchto údajů plyne, že na nemoc covid-19 a na reakci na ni umírá mnohonásobně více lidí než na běžné sezonní onemocnění včetně influenzy.

Spisovatel a tramvaják o Covidu a matematice/10

Skvělý materiál. Hlavně velmi srozumitelně vysvětleny složitější otázky. Budu dávat příležitostně a po kapkách. Pro netrpělivé celé zde (je tam i o autorovi a jeho knize):

https://www.nihilistanabalkonu.cz/l/covid-a-matematika-aneb-koho-poslouchat-a-koho-neposlouchat-v-casech-pandemie/?fbclid=IwAR0tv3-BA3pbcC5pRWq6pRS3pynyas3G2XV2I_Te1MJ7SQqUgvUB5JazYGwr
Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8510-covi-kavicka-25-10-cr-12472-rf-16521.html

Covid a matematika aneb koho poslouchat a koho neposlouchat v časech pandemie – 10. část

Petr Holý, Spisovatel a tramvaják

Takže, co byste si z tohoto velmi dlouhého článku měli odnést:

1. Že byste měli dodržovat vládní opatření, byť vás už asi docela štvou a komplikují vám život. Protože když je budeme všichni poctivě dodržovat, budou trvat kratší dobu a budou méně drastická.
2. Že byste měli nechat své děti očkovat proti spalničkám, abyste je do budoucna nepřipravili o možnost stát se astronautem.
3. Že logaritmické řady jsou nástrojem ďáblovým a kdo se při zaslechnutí slova exponenciála třikrát nepokřižuje, nepochopil z matematiky vůbec nic.
4. Že byste měli poslechnout Jaroslava Duška a dát si občas v přiměřeném množství badyán a šalvějový čaj. Proti koronaviru jsou sice nejspíš úplně naprd, ale nechutnají až tak špatně a je to výrazně lepší nápad, než pít bělidlo. Navíc existuje malá, ale nenulová šance, že v sobě probudíte svého vnitřního Toltéka.
5. Že doktor Ludvik vypouští do prostoru čísla, kterým sám nerozumí, a je proto dobře, že nebyl zvolen do Senátu.
6. Že profesor Flegr má opravdu velmi rád kočky, ačkoliv přenášejí nebezpečné parazity, které nás činí sexuálně atraktivnějšími. A že proto není špatný nápad dodržovat desatero, které zveřejnil na své facebookové stránce.
7. Že leckterý tramvaják toho ví o epidemiích víc než leckterý kardiochirurg.
8. Že Jolanda měla statisticky 3,7x vyšší úspěšnost předpovědí než Soňa Peková.
9. Že ani v těžkých časech pandemie bychom neměli zapomínat na důsledné dodržovaní zubní hygieny, aby měl Roman alespoň z něčeho radost.
10. Že byste měli zavolat svým rodičům a prarodičům.
11. Že byste se neměli spoléhat na svůj zdravý rozum, ale rovnou se řídit tím, co vám doporučí Daniel Stach. Protože pokud je váš rozum opravdu zdravý, pak dospěje ke stejným závěrům jako Daniel, a zapojení rozumu je tudíž redundantní.
12. Že pokud jste tenhle text dočetli až sem, trávíte příliš mnoho času na internetu a váš život je studený a prázdný.

Doplnění:

Byl jsem požádán, abych do článku doplnil zdroje, ze kterých jsem čerpal. Takže tady jsou:

Co se týče odhadů reálné smrtnosti (IFR), tak když jsem našel víc různých údajů, použil jsem ty nižší (nebo průměrné), abych nešířil zbytečnou paniku.

Tady je odhad IFR od WHO (jsou tam i odkazy na další studie): https://www.who.int/news-room/commentaries/detail/estimating-mortality-from-covid-19   

Tady je rozsáhlejší švédská studie, která stanovuje nejpravděpodobnější IFR pro region Stockholm: https://www.folkhalsomyndigheten.se/contentassets/53c0dc391be54f5d959ead9131edb771/infection-fatality-rate-covid-19-stockholm-technical-report.pdf    

Tady jsou údaje ze studie v Německu, srovnané se smrtností na lodi Diamond Princess (kde byli testováni všichni pasažéři, takže poměr mrtvých a pozitivních je přesně znám):  https://web.archive.org/web/20200503120644/https://towardsdatascience.com/gangelt-a-representative-study-on-the-lethality-of-covid-19-5d877dbd6e55?gi=d7fb6f1c96ba

A tady minimální možné IFR pro Bergamo: https://medium.com/bccp-uc-berkeley/how-deadly-is-covid-19-data-science-offers-answers-from-italy-mortality-data-58abedf824cf

A jedna rozsáhlejší studie pro USA (podle dat z New Yorku): https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3590771

Rychlost šíření epidemie jsem si počítal sám, ten výpočet není těžký, takže byste měli dospět ke stejným výsledkům, pokud použijete pro spalničky R=18 a inkubační dobu 10 dní; pro covid R=3,9 a inkubační dobu 5 dní (v obou případech jsem vzal nejvyšší horní hranici čísla R, tak jak je říkal sám pan Ludvík a podle Wikipedie je říkal správně).

Tady je daná část rozhovoru s panem Ludvíkem v OVM: https://www.facebook.com/watch/?v=2907818439301227

Citovaný rozhovor pana Šmuclera je zde: https://www.dvtv.cz/video/hadka-kvuli-navratu-rousek-je-to-dobra-vec-mely-zustat-i-v-lete-tvrdi-epidemiolog

Počty nakažených a hospitalizovaných se dozvíte tady: https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?utm_source=general&utm_medium=widget&utm_campaign=covid-19

Tady jsou celková průběžně aktualizovaná data pro celý svět od WHO: https://covid19.who.int/?gclid=CjwKCAjwlbr8BRA0EiwAnt4MTqV06i5IQTn_ynE76VaM89TugrwWmHVen0l6s8a0KcL6R4Dht-OXRxoCZ6YQAvD_BwE

Počty volných kapacit v nemocnicích v ČR tady:  https://www.hlidacstatu.cz/kapacitanemocnic

Aktuální reprodukční číslo pro ČR zveřejňuje pravidelně Seznam.cz zde: https://www.seznamzpravy.cz/sekce/koronavirus-stopcovid

(A to už je vše)

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)