K dobré teorii: COVID-19. Analýza vývoje/183

6. listopad 2020 | 01.00 |

blog ›

V tomto pokračování Příplatová o signatářích a ohlasy na můj článek na OSEL.

Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:

- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)

- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.teorie.

COVI-kávička 7.10.: +4457 RF +11615. Komentář

Česká republika: +4457nových případů (další a hodně zlý rekord, o 700 víc než předcházející rekord z minulého týdne)

A ještě se podívej na evropský souboj (s budoucností Evropy bezprostředně souvisí):

Rusko : Francie

11615 : 10489

Rusko akceleruje po exponenciále. Uvidíme, kde se to zastaví. Francie už delší dobu na nepříjemných hodnotách přes 10 tisíc.

UK přes 14 tisíc, Španělsko přes 12.

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

Sdílel jsem na FB a sdílím i zde, přesné:

Jelena Lenka Příplatová:

Možná jste v poslední době zahlédli (třeba na zdi u Šmuclera, surprise, surprise) "vyjádření odborníků" sestávající z pečlivě vybraných citátů různých osobností, z nichž byste při troše nepozornosti mohli nabýt dojmu, že se vlastně nic neděje, situace je plně pod kontrolou, a odborníci v tom mají jasno. V posledním bodě byste se nemýlili - odborníci mají skutečně jasno, ale situaci posuzují velice odlišně. Pokud chcete skutečné vyjádření odborníka - epidemiologa ze špičkového pracoviště, naleznete jej třeba zde: https://cnn.iprima.cz/situace-je-vazna-primlouval-bych-se-za-razantnejsi-opatreni-uvedl-hlavni-epidemiolog-ikem-10643?fbclid=IwAR1feZoQJyQ_yl1kyC9b-2ZAbJRZLr9GUhQf6i1rpjuup2iVbOqaMGhj5zk

Pokud chcete vědět, co je špatně na onom šířeném "vyjádření odborníků", či o čem to, ksakru, zase mluvím (závidím ti, šťastný člověče), vysvětlení ode mne (stručné) a od Vlastimila Waice (mnohem komplexnější) naleznete v tomto vlákně: https://www.facebook.com/jelena.braum/posts/10221340413077995?comment_id=10221351377072088

P.S.: Já vím, že do Šmuclera kopu častěji, než je zdrávo, zatímco takovej Ledeckej mne nechává ledově klidnou. Od zpěváků tak nějak neočekávám, že musejí být nutně nejostřejšími tužkami v penále, ale mediálně známí lékaři mají zodpovědnost z pozice své autority nesrovnatelně větší. Pokud se někdo v případě epidemie řídí názory zpěváků, nabití si huby si tak nějak zaslouží, ale chápu, že lidi věří odborníkům. Proto jsou podobné "názory odborníků" a jejich šíření dalším "odborníkem" (tj. odborníkem ano, ale z jiného oboru!) tak nebezpečné. Nesdílejte je, můžete se tak stát nepřímo zodpovědnými za ztracené životy. A vůbec, za každé sdílení podobných sraček umře koťátko! To píše na internetech hodně lidí, tak to musí být pravda!

Výběr toho nejdůležitějšího z diskuse k mému článku na OSEL/1

Jak jsem již uvedl, vyšel mně na OSEL (Objective Source E-Learning) důležitý článek s názvem "Epidemie COVID-19 prizmatem teorie her",viz:
https://www.osel.cz/11391-epidemie-covid-19-prizmatem-teorie-her.html?#tema_199595

K němu se rozvinula zajímavá a přínosná diskuse. Vybírám z ní to nejdůležitější (resp. vynechávám jen to, co bylo mimo téma.

1. část:

Jan Novák9, 2020-10-04 19:53:28

Evolučně stabilní strategie se uplatňuje jen v evolučně stabilním prostředí.

Pro Covid 19 je evolučně stabilní prostředí kolonie netopýrů nikoliv lidská společnost.

Pokud lidskou společnost zcela vyhladí jeho evoluční prostředí to nijak neovlivní. Naopak, netopýrů přibude.

To že je virus složitější a umí opravovat svůj kód, znamená, že přizpůsobení se novému prostředí (lidem) a nalezení rovnováhy bude trvat déle.

Leopold Kyslinger, 2020-10-04 18:29:22

Virus muže jenom podstrčit svůj kód buňce, aby ho buňka do vyčerpání svých energetických zásob replikovala. Protože jeho kód je RNA, dochází při replikaci k náhodným chybám, ale virus s tím nemá nic společného a představa, že by nějak reagoval je hodná tak nejvýše brožovaného sci-fi.

Re L. K. Čestmír Berka, 2020-10-04 18:47:51

Napsal jste to stručně a výstižně. napadlo mě totéž.

Mojmir Kosco, 2020-10-04 17:05:36

Nemyslím si, že vir by byl na lidech existenčně závislý. Má se totiž nejpravděpodobněji jednat o přeskok z netopýrů (pořád není potvrzeno) ,ale i kdyby nepohybuje se v lidstvu dlouhodobě (a tudíž nedošlo ještě k stabilizaci ve vztazích a velice těžce se dá aplikovat nějaká rovnováha, která ve vztahu k člověku pravděpodobně ještě nenastala a to ani v minulosti, nebo v nějaké uzavřené populaci (sběrači netopýrů) - vir zatím maximalizuje zisk...

Re M. K. Radim Valenčík, 2020-10-05 09:26:34

Hypotéza přenosu z netopýra, pokud vím, není jednoznačně potvrzena.

Původní kmen našeho viru mohl žít v některých lidských komunitách tak, že se neprojevoval příznaky, ale ani na něj imunitní systém nereagoval, mohl s ním dokonce spolupracovat. Teprve střetávání lidí z různých částí světa mohlo vést k tomu, že buď formou mutace nebo nepřipravenosti imunitního systému ke komunikaci si stal virus "vitelným" - příznaky, průběhem nemoci, reakcí imunitního systému.

To lze postupně ověřit porovnáním dat šíření našeho viru s realitou.

V návaznosti na komentář J. T. - to, co výše uvádím je jedna ze sekvenčních hypotéz. Ale pokud se podaří odvodit z jednoho teoretického jádra více hypotéz, které budou v souladu s realitou, zvýší se důvěryhodnost tohoto teoretického jádra.

Navíc - nikde netvrdím, že náš virus dospěl k plně vyvinuté evolučně stabilní strategii. Jen se jí mohl přiblížit. V míře, kterou je nutno identifikovat dvěma způsoby:

- Analýzou empirického materiálu šíření epidemie v různých lokalitách.

- Analýzou vztahu mezi strukturou viru a jeho chováním (tj. odhalením funkce jedntlivých prvků jeho struktury).

Miroslav Pragl, 2020-10-04 16:59:54

Teorie her je disciplina, ktera by se mela ucit v 1. semestru vsech VS. Mozna driv.

Jan Turoň, 2020-10-04 16:00:49

Úvaha, že viry se mohou chovat podle některého z modelů teorie her, mi přijde jako zajímavá myšlenka. V druhé části článku se už ale bere jako závěr, ze kterého se vyvozují další úvahy, jako Co způsobilo přechod našeho viru do "excitovaného", resp. "zdivočelého" stavu?

Nejprve je třeba přirozeně ověřit, že nějaký excitovaný stav viru vůbec existuje. K tomu je třeba úvahu formulovat jako testovatelnou hypotézu typu "pokud se vyskytnou tyto markery, virus začne být agresivnější". Přenechat otěže empirikům a trpělivě měsíce čekat na jejich závěry. Důsledky vyvozovat jen z ověřených hypotéz.

Rád bych našel balanc mezi úzkoprsým škarohlídstvím a bombastickým fantazírováním: přijde mi, že se od středu nacházím malinko vlevo a článek malinko vpravo. Ale vyvozování závěrů z úvah, které se nestaly teoriemi, mi přijde jako stále populárnější nešvar - nemá na něj teorie her či jiný obor nějaké přiléhavé jméno, když už jsme v té době společenského nálepkování?

Re J. T.: Radim Valenčík, 2020-10-05 09:16:08

S připomínkou naprosto souhlasím. Rád bych "otěže přenechal empirikům", ale nevím, jak jim je předat. Jedním z pokusů o předání je právě tento článek.

Nemyslím však, že by postup formulování "vícestupňových" hypotéz byl zcela nekorektní, viz. např. ověřování existence Higgesova (božského) bozonu v CERNU.

Řešení vidím v přesném formulování sekvencí hypotéz (tj. jak z předpokladu platnosti jedné vyplývá další) a formulování empirického textu, který by prověřil platnost celé sekvence. To je, myslím, korektní přístup.

Poiu Ytre, 2020-10-05 10:31:23

Já teda musím přiznat, že váhám, jestli jsem ještě na Oslovi. Takové úvahy je přece především potřeba stavět na realitě. Když se o různě agresivních kmenech spekulovalo v březnu, jistě to dávalo smysl. Že ale třeba nějaký mediální parazitolog mluví o různě agresivních a virulentních kmenech viru ještě v současnosti (nebo přinejmenším v srpnu mluvil), aniž by to bylo v souladu se současným výzkumem, je to už dost mimo realitu. Jsem v tomto oboru laik, tak nechť případně znalejší upřesní, ale pokud je mi známo, částice viru je definovaná svou genetickou informací a není odůvodněné předpokládat, že geneticky totožné viry se budou chovat různě. Částice viru jsou po celém světě sekvenovány ostošest, no a nejsou nalézány téměř žádné mutace (a až na tu jednu D614G žádné zajímavé). Představa různě se chovajících kmenů viru ale v současnosti naprosto nemá oporu v (důkladném) pozorování reality. Např.

"18,514 SARS-CoV-2 sequences sampled since December 2019. We find that neutral evolution, rather than adaptive selection, can explain the rare mutations seen across SARS-CoV-2 genomes." https://www.pnas.org/content/early/2020/08/28/2008281117

Má snad pan Valenčík jiné informace? Pokud ne, tak ty úvahy v článku přece vůbec nedávají smysl. Jenže to je základ, vyjít z reality, není možné se tvářit, že takové úvahy mohou být jakkoli cenné jakožto model, jak by to mohlo být, když to tak prostě evidentně není.

Ale "zvláštnost" článku dokládá i poznámka redakce, která u normálních autorů necítí potřebu uvádět jejich jiné publikační výsledky, takže když to pak jednou udělá, vyvolává to spíše otazníky. No a když se tedy člověk podívá do citačních databází a zjistí, že publikací je mnoho a citovanost v podstatě nulová, jen to posílí předchozí dojem z obsahu, že tohle celé je nějaký fatální redakční omyl. Tak snad je to jen náhoda.

Re P. Y.: Radim Valenčík,2020-10-05 18:57:02

Děkuji za připomínku. Pokud jde o obsahovou část, připravím odpověď během cca dvou dnů.

Pokud jde o formální připomínku - uvedení publikačního kontextu - považoval jsem za důležité z hlediska představy, z jakého zorného úhlu k tématu přistupuji.

Re P. Y.: Radim Valenčík,2020-10-06 14:49:20

Předně děkuji za odkaz na tento článek:

https://www.pnas.org/content/early/2020/08/28/2008281117

Ale z něho vůbec nevyplývá tento závěr: "nejsou nalézány téměř žádné mutace (a až na tu jednu D614G žádné zajímavé). Představa různě se chovajících kmenů viru ale v současnosti naprosto nemá oporu v (důkladném) pozorování reality".

Článek se soustřeďuje na následující: "V imunogenním proteinu Spike se mutace D614G stala konsenzem, přesto neexistují žádné důkazy o mutacích ovlivňujících vazbu na receptor ACE2. Naše výsledky naznačují, že omezená rozmanitost pozorovaná v SARS-CoV-2 by dosud neměla bránit tomu, aby jediná vakcína poskytovala globální ochranu." Ještě přesněji je to formulováno zde: "Zde jsme analyzovali sekvence SARS-CoV-2 vzorkované od začátku pandemie a zjistili jsme, že mutace jsou vzácné, což naznačuje, že potenciální kandidáti na vakcíny by měli pokrývat všechny cirkulující varianty."

Článek popisuje ale řadu mutací a jejich vývoj. Pravdou je, že nevedou k výrazně odlišnému chování a nevzdalují se (výzkumem, jehož výsledky jsou v článku obsaženy, doloženo velmi poctivě). To je plně v souladu s mou hypotézou "mutačních oscilací" a stability základního kmene.

V článku (ani jinde) jsem nenašel odpověď na jinou velmi důležitou otázku: BYLY NĚKDE (KDEKOLI A KDYKOLI) VE VZORCĺCH ODEBRANÝCH JEDNÉ OSOBĚ NALEZENY DVĚ (BYŤ I VELMI MÁLO) ODLIŠNÉ MUTACE, NEBO NIKDE A NIKDY NEBYLO NIC PODOBNÉHO ZAZNAMENÁNO? Hledala se odpověď na tuto otázku? Protože jsem v oblasti virologie také laik (člověk nemůže znát vše), velmi bych uvítal poučení v daném směru.

Ještě jednou zopakuji, o co jde (opravdu to považuji za důležité): Pokud pracujeme se vzorkem určité osoby, který byl odebrán v určitém okamžiku, bylo zkoumáno, zda neobsahuje odlišné (byť i málo odlišné) mutace? Pokud ano, s jakým výsledkem?

V článku jsou některé další zajímavé momenty. Předpokládá a testuje se možnost očekávaného přizpůsobování viru hostiteli (zatím k žádné výraznější změně nedošlo).

Za mimořádně významné považuji toto upozornění v článku: "chtěli jsme zkoumat důkazy o další adaptaci SARS-CoV-2 na svého hostitele, protože adaptivní procesy by mohly interferovat s účinností vakcíny". Autoři jsou si vědomi toho, že vakcína může narušit fázi zmírnění agresivity viru. Otázkou je, co vede k tomu, že v různých lokalitách pozorujeme i opak, tj, to, že se virus stává agresivnější.

(Pokračování)

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Nejdůležitější je tento graf: