V tomto pokračování o příčině těžkých případů koronaviru. Důležité z hlediska vztahu mezi strukturou a funkcí viru.
Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:
- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)
- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.teorie.
Česká republika: +1038 nových případů (není to rekord, ale přes tisíc to je, tak to bylo delší dobu u Izraele, než se to pak přehouplo o dost víc; doufejme, že máme příznivější portfolio nákazy)
Spojené státy: +38072 nových případů (delší dobu stabilizováno kolem těchto, poměrně vysokých, hodnot).
A ještě se podívej na evropský souboj (s budoucností Evropy bezprostředně souvisí):
|
Rusko : Francie |
|
5509 : 6158 |
Rusko těsně lepší výsledek.
Německo téměř dva tisíce, Izrael přes všechnu snahu přes čtyři tisíce (tam chytili nepříjemné portfolio nákazy).
Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.
Informace čerpám zejména z: worldometers.info/...
Jak to vidím
Významný článek na Novinkách o logice chování našeho viru:
Na Novinkách se poměrně překvapivě objevil článek "těžšího kalibru" (pokud jde o teoretický obsah), od Alexe Švamberka s názvem "Vědci našli možného viníka těžkých případů covidu". Je důležitým střípkem do mozaiky (a je napsán ze seriózních zdrojů). Uveřejňuji jej se zvýrazněním nejdůležitějšího, pak se jej pokusím populárněji interpretovat s důrazem na pochopení logiky chování našeho viru (jako vždy odlišuji článek fialovou barvou):
Při boji s covidem-19 by mohlo být důležité se soustředit na protein ORF8, který pomáhá koronaviru SARS-CoV-2 proniknout do buňky hostitele tím, že vyřazuje imunitní systém. Uvedli to vědci ze Singapuru v článku otištěném v časopisu Lancet. Objevili i mutaci viru, která nevyvolává tak vážný průběh nemoci. U této mutace chybí v genomu koronaviru 382 nukleotidů na začátku sekvence pro ORF8 a označuje se proto ∆382.
V Singapuru zjistili mezi 22. lednem a 21. březnem s pomocí PCR testů 432 nakažených. U 276 z nich bylo možné provádět analýzu virové RNA, sedmdesát procent z nich bylo nakaženo divokou formou viru, 22 procent mutací ∆382 a zbytek kombinací obou variant koronaviru.
U lidí nakažených ∆382 se vůbec neobjevilo nedostatečné nasycení krve kyslíkem, jímž trpěla skoro třetina z lidí nakažených "divokou" formou. Lidé nakažení mutací ∆382 nepotřebovali napojení na dýchací přístroje, i když měli zápal plic, a nemoc měla mírnější průběh s nižšími teplotami. Nikdo nakažený touto mutací nebyl přijat na JIP a žádný nezemřel. Nakažení ∆382 měli nižší hladinu cytokinů, imunitní reakce u nich tedy nebyla tak bouřlivá.
Mutace ∆382 byla zjištěna ve třech singapurských ohniscích z ledna a února. Měli ji někteří Číňané, kteří se vrátili z Wu-chanu.
U této mutace byl protein ORF8 nahrazen proteinem ORF7a. I když se v Singapuru, kde byla v druhém týdnu dominantní, tato mutace pak už od března neobjevila, byla zaznamenána u 345 lidí v Bangladéši, 128 v Austrálii a 62 ve Španělsku. Z Číny se pak tato mutace dostala i na Tchaj-wan.
Studie se sice nevěnuje možnosti, že by stávající mírnější průběh nemoci u nakažených v Evropě mohl souviset se změnami v genové sekvenci popisující ORF8, autoři ale poukázali na význam, jaký hraje u nemoci protein ORF8.
Vědci uvedli, že by při léčení mohlo být důležité soustředit se právě na něj, protože výpadky genové sekvence v části popisující ORF8 jsou důležité pro adaptaci viru na lidského hostitele.
Jakou roli hraje protein ORF8, s jehož pomocí se virus napojuje na napadené buňky, zjistili už američtí vědci z Kalifornské univerzity a Národní laboratoře Lawrence Berkeleye. Při rentgenové krystalografii odhalili, že protein ORF8 má u nového koronaviru unikátní podobu dvojice stejných molekul, čímž se liší od podobného původce epidemie SARS z přelomu let 2002 a 2003.
Právě tím, že protein vzniká spojením dvou molekul, se mu daří vyhnout se imunitním reakcím organismu, uvedl tým vedený Jamesem Hurleyem. Má totiž dvě místa k napojení na buňku.
Protein ORF8 patří u beta koronavirů, k nimž patří SARS-CoV-2, k nejrychleji se vyvíjejícím proteinům napadajícím buňky hostitele. Poté, co se virus napojí na napadenou buňku, umožní mu protein ORF8 do ní proniknout.
Navíc se ukázalo, že ORF8 reaguje na reakci imunitního systému napadeného organismu, když snižuje aktivitu hlavního histokompatibilního komplexu MHC- 1, který rozeznává na povrchu buňky cizorodé struktury, jako jsou virové bílkoviny.
ORF8 také snižuje účinnost působení interferonů prvního typu, které brání replikaci virů v napadených buňkách. "Tato pozorování naznačují, že vztahy mezi strukturou, funkcí a variacemi sekvencí ORF8 mohou být klíčové pro pochopení toho, jak se SARS-CoV-2 stal smrtelným patogenem pro lidi," dodal Hurley.
U příbuzného virů se také objevil protein ORF7a, který má nejpodobnější jádro proteinu ORF8, je ale poloviční, nejde o dva řetězce molekul, tudíž nemá dvě místa, jimiž se může napojovat na buňku. Proto je covid-19 infekčnější.
O této odlišnosti se referovalo už na počátku roku při prvním zkoumání nového koronaviru rentgenovou krystalografií. Tehdy se ale uvádělo, že to jen zrychluje šíření.
Mutace, při nichž vypadne některý nukleotid, také vedla k oslabení epidemie SARS. Po přenosu viru z cibetek na člověka vypadl řetězec 29 nukleotidů. Nákaza touto variantou viru měla mírnější průběh SARS.
K tomu ode mne:
1. Pokusím se najít prvotní zdroje a rozebrat podrobněji.
2. Zapadá to přesně do teorie oscilujících mutací, kterými se náš virus přepíná do různých modů.
3. Zdá se, že náš virus má celý systém brzdných mechanismů, které základnímu kmeni umožňují šetrné chování k hostiteli, a teprve, když reaguje na přítomnost zmutovaného konkurenta, některé z brzd odblokuje (a to velmi účinně), aby obsadil replikační prostor v souladu se svou evolučně stabilní strategií, a konkurenta vytlačil. K tomu mu napomáhá i selektivní vyvolání imunitní reakce. Celý mechanismus bude patrně mnohem složitější, než si dnes představujeme.
4. Je velmi pravděpodobné, že základní kmen má rovněž zabudovány mechanismy, kterými po určité době (a v případě, že nenarazí na příznaky přítomnosti zmutovaného konkurenta) v logice třetí složky své evolučně stabilní strategie samovolně přechází opět do modu šetrného chování k hostiteli. (Zde je patrně největším nebezpečím, že v etapě "zklidnění", tj. přechodu do modu šetrného chování k hostiteli, narazí na příznaky přítomnosti mutace, která porušuje pravidla šetrného chování.)
5. Pokud tomu tak je, tak z toho vyplývají tyto praktické závěry:
- Lze počítat se samovolným uklidňováním našeho viru (je to mechanismus, který má v sobě v logice své evoluční strategie zabudován), ale pozor, nesmí být znovu vybuzen.
- Dynamické šíření epidemie (vyšší intenzita nových případů a jejich diferencovaný původ z různých částí světa) může opět vybudit divoké chování, tj. modus nešetrného chování k hostiteli.
6. U nás se to může projevit procentuálním nárůstem těžších případů oproti celkovému počtu nákaz, případně přesahem onemocnění k méně rizikovým skupinám. Samozřejmě záleží na složení portfolia mutací, které se u nás nachází, a na zpoždění, se kterým základní kmen našeho viru reaguje na přítomnost mutací porušujících pravidlo pomalého spásání, resp. šetrného chování k hostiteli.
7. Před několika dny jsem udělal odhad 2x10 dní, ale nutno brát s rezervou. Zatím o našem viru víme velmi málo, chce to trochu pokory vůči realitě).
8. K té pokoře - dostal jsem například tento materiál:
Už mě nebaví vyvracet zjevné hlouposti, tak jsem raději smířlivě napsal:
"Je to jeden z pohledů, nepovažuji za rozumné oproti takto jednostranně prezentovat oproti názorům mnohem fundovanějších a "neprofláknutých" osob (např. Šerý apod.).
Zcela zásadní není ani tak otázka, jak rozšíření ohrozí "rizikové skupiny", ale zda rozšíření nepovede k agresivnějšímu chování našeho viru. A to by byl velký problém - přibylo by těžkých případů, náš virus by se rozšířil i do "nerizikových skupin". Proto místo "popíračského fanatismu" (vyznačuje se jednostranným vnímáním problému, agresivitou proti těm, kteří problém analyzují střízlivě, vulgárně expresivním vyjadřováním) doporučuji sledovat vývoj z kvalifikovaných zdrojů.
Můj odhad alternativ dalšího vývoje:
Podrobněji pravidelná analýza každý den.
Přeji všem uchování vlastního rozumu."
Co se děje ve světě:
Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:
https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries
Další významné zdroje o dění ve světě:
První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.
Graf šíření mutuací:
Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.
Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:
Nejdůležitější je tento graf:
K tomu vynikající grafy z dílny Josefa Šlerky:
Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)