V tomto pokračování počítačový model fungování a šíření koronaviru (Bradykinova hypotéza).
Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:
- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)
- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.teorie.
COVI-kávička 8.9.: ČR +563 US +25325. Komentář
Česká republika: +563 nových případů (to je pořád hodně)
Spojené státy: +25325nových případů (rekordní počet poklesu nárůstu nových případů).
A ještě se podívej na evropský souboj (s budoucností Evropy bezprostředně souvisí):
|
Rusko : Francie |
|
5185 : 4203 |
Zajímavý souboj. Rusko už několik dní přes 5 tisíc, Francie po delší době nižší přírstek.
Velké problémy Indie, už se dostala na 2. místo před Brazilii.
Izrael má v čele boje proti koronaviru generála. Asi nejvyšší čas: rekordních 3331 nových případů za jeden den, to je na tak malou zemi hodně. U nás by zatím možná stačil plukovník.
Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.
Informace čerpám zejména z: worldometers.info/...
Jak to vidím
Co zjistil supepočítač
Uveřejňuji zkrácený (vlastní) překlad článku z "Elemental (Your life, sourced by science. A Medium publication about health and wellness)". Pracuje se zajímavou hypotézou týkající se chování našeho viru. Odlišuji od svého textu fialovou barvou:
Začátkem tohoto léta se superpočítač Summit v Národní laboratoři Oak Ridge v Tennessee pustil do dat o více než 40 000 genech ze 17 000 genetických vzorků ve snaze lépe porozumět Covid-19. Summit je druhým nejrychlejším počítačem na světě, ale proces, který zahrnoval analýzu 2,5 miliardy genetických kombinací, stále trval déle než týden.
Když byl Summit hotový, vědci analyzovali výsledky. Počítač odhalil hypotézu, jak Covid-19 může ovlivňovat tělo: Bradykinovou hypotézu.
Poznámka: Bradykinin je fyziologicky a farmakologicky aktivní peptid kininové skupiny proteinů, který se skládá z devíti aminokyselin, viz:
Hypotéza poskytuje model, který vysvětluje mnoho aspektů Covid-19, včetně některých z nejbizarnějších příznaků. Podle zjištění týmu infekce Covid-19 obvykle začíná, když virus vstupuje do těla prostřednictvím ACE2 receptorů v nose (tam jsou hojné receptory, o kterých je známo, že na ně virus zaměřuje.) Virus pak prochází tělem, vstupuje do buněk na jiných místech, kde je také přítomen ACE2: střeva, ledviny a srdce. To pravděpodobně odpovídá alespoň za některé ze srdečních a GI příznaků onemocnění.
Ale jakmile se Covid-19 etabloval v těle, začnou se dít zajímavé věci. Covidu-19 nestačí jednoduše infikovat buňky, které již obsadily ACE2 receptory. Přiměje k up regulaci receptory ACE2 i v místech, kde jsou obvykle potlačeny na nízkou nebo střední úroveň, včetně plic.
V tomto smyslu je Covid-19 jako zloděj, který vklouzne do vašeho odemčeného okna ve druhém patře a začne vyplenit váš dům. Jakmile jsou uvnitř, neberou jen vaše věci - otevírají také všechny vaše dveře a okna, aby se jejich komplici mohli vrhnout a efektivněji drancovat.
Systém renin-angiotensin (RAS) reguluje mnoho aspektů oběhového systému, včetně tělesných hladin chemické látky zvané bradykinin, která normálně pomáhá regulovat krevní tlak. Podle analýzy týmu, když virus vyladí RAS, způsobí to, že se mechanismy těla pro regulaci bradykininu rozpadnou. Bradykininové receptory jsou resenzibilizovány a tělo také přestává účinně rozkládat bradykinin. (ACE normálně degraduje bradykinin, ale když ho virus reguluje dolů, nemůže to dělat tak efektivně.)
Konečným výsledkem je podle vědců uvolnění bradykininové bouře - masivní hromadění bradykininu v těle. Podle hypotézy bradykininů je to právě tato bouře, která je nakonec zodpovědná za mnoho smrtících účinků Covid-19. Patologie Covid-19 je pravděpodobně výsledkem bradykininových bouří spíše než cytokinových bouří," které byly dříve identifikovány u pacientů s Covid-19, ale že "tyto dva mohou být složitě propojeny". Jiné práce dříve identifikovaly bradykininové bouře jako možnou příčinu patologií Covid-19.
Jak se bradykinin hromadí v těle, dramaticky zvyšuje vaskulární permeabilitu. Stručně řečeno, dochází k netěsnosti krevních cév. To odpovídá nedávným klinickým údajům, které stále častěji považují Covid-19 primárně za vaskulární onemocnění, spíše než za respirační. Ale Covid-19 má stále obrovský účinek na plíce. Jak začínají unikat krevní cévy v důsledku bradykininové bouře, vědci tvrdí, že plíce se mohou naplnit tekutinou. Imunitní buňky také unikají do plic a způsobují zánět.
A Covid-19 zvládá ještě další obzvláště zákeřný trik. Data týmu ukazují, že další cestou zvyšuje produkci kyseliny hyaluronové (HLA) v plicích. HLA se často používá v mýdlech a krémech pro svou schopnost absorbovat více než tisícinásobek své hmotnosti v tekutině. Když se zkombinuje s tekutinou prosakující do plic, výsledky jsou katastrofální: vytvoří hydrogel, který může u některých pacientů plnit plíce.
To vysvětluje, proč se ventilátory ukázaly jako méně účinné při léčbě pokročilého Covid-19, než lékaři původně očekávali, na základě zkušeností s jinými viry. Pacienti se mohou udusit i při plné podpoře dýchání.
Bradykininová hypotéza se vztahuje i na mnoho účinků Covid-19 na srdce. Asi jeden z pěti hospitalizovaných pacientů s Covid-19 má poškození srdce, i když nikdy předtím neměli srdeční problémy. Něco z toho je pravděpodobně způsobeno tím, že virus infikuje srdce přímo prostřednictvím svých ACE2 receptorů. RAS však také řídí aspekty srdečních kontrakcí a krevního tlaku. Podle vědců mohou bradykininové bouře vytvářet arytmie a nízký krevní tlak, které jsou často pozorovány u pacientů s Covid-19.
Hypotéza bradykininu také vysvětluje neurologické účinky Covid-19, které jsou jedny z nejpřekvapivějších a nejzásadnějších prvků onemocnění. Tyto příznaky (které zahrnují závratě, záchvaty, delirium a cévní mozkovou příhodu) se vyskytují až u poloviny hospitalizovaných pacientů s Covid-19. Mnoho pacientů s Covid-19 trpí netěsnými cévami v mozku.
Bradykinin - zejména při vysokých dávkách - může také vést k rozpadu hematoencefalické bariéry. Za normálních okolností tato bariéra funguje jako filtr mezi mozkem a zbytkem oběhového systému. Vpustí do něj živiny a malé molekuly, které mozek potřebuje, aby fungoval, a zároveň udržuje toxiny a patogeny a udržuje přísně regulované vnitřní prostředí mozku.
Pokud bradykininové bouře způsobí rozpad hematoencefalické bariéry, mohlo by to umožnit škodlivé buňky a sloučeniny do mozku, což by vedlo k zánětu, potenciálnímu poškození mozku a mnoha neurologickým příznakům, které pacienti s Covid-19 pociťují.
Zvýšené hladiny bradykininu mohou také odpovídat za další běžné příznaky Covid-19. ACE inhibitory - třída léků používaných k léčbě vysokého krevního tlaku - mají podobný účinek na systém RAS jako Covid-19, což zvyšuje hladinu bradykininu.
Virus dokonce působí proti lékům, tím, že působí jako přírodní ACE inhibitor. Podobnost mezi vedlejšími účinky inhibitoru ACE a příznaky Covid-19 potvrzuje bradikininovou hypotézu. Bradykininová hypotéza vysvětluje několik dalších zdánlivě bizarních příznaků Covid-19. Netěsná vaskulatura způsobená bradykininovými bouřemi může být zodpovědná za "Covidské prsty na nohou", což je stav zahrnující oteklé a pohmožděné prsty na nohou, které zažívají někteří pacienti s Covid-19. Bradykinin může také narušit činnost štítné žlázy, což by mohlo u některých pacientů způsobit příznaky štítné žlázy, které byly nedávno pozorovány.
Hypotéza bradykininu by také mohla vysvětlit některé širší demografické vzorce šíření nemoci. Vědci poznamenávají, že některé aspekty systému RAS jsou spojeny s pohlavím, přičemž v chromozomu X se nacházejí proteiny pro několik receptorů (například jeden s názvem TMSB4X). To znamená, že ženy by měly dvojnásobnou hladinu tohoto proteinu než muži, což potvrzují výsledky výzkumníků. To by mohlo vysvětlit nižší výskyt úmrtnosti vyvolané Covid-19 u žen.
Celé viz: elemental.medium.com/...
K tomu ode mne:
Ze sledování projevů určité entity (v tomto případě našeho viru) lze usoudit na jeho strukturu. V tomto případě byl ke zpracování dat použit superpočítač, ale mnohem důležitější je vždy model, ze kterého vycházíme. Hypotéza, kterou ověřil křížovým způsobem, je pravděpodobná. Chybí vysvětlení toho, proč k "otevírání dveří a oken zevnitř" (virem, který vklouzl dovnitř) nedochází vždy. Možná že právě přepnutí původního kmene našeho viru do modu "otevírání dvěři zevnitř" je součástí druhé (obranné) složky evolučně stabilní strategie našeho viru, kterou urychlí svou replikaci a obsadí replikační prostor, aby vytlačil mutaci, která porušuje pravidlo šetrného chování k hostiteli. V tomto modu patrně virus existuje dočasně a má zabudované brzdné mechanismy, které ho po vytlačení mutace porušující pravidlo "pomalého spásání pastviny" (šetrného chování k hostiteli) navracejí opět k základu jeho evolučně stabilné strategie. Průběh epidemie v různých částech světa za celou tu dobu tomu odpovídá. Otázkou je, jak přechází náš virus z jednoho modu do druhého. Běžnou analýzou sekvencí to možná rozlišit nepůjde. Jde patrně o složitější mechanismus pracující s určitými synergiemi a dlouhodobě působících "brzd" rychlého spásání bude v původním kmeni asi zabudováno více.
Co se děje ve světě:
Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:
https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries
Další významné zdroje o dění ve světě:
První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.
Graf šíření mutuací:
Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.
Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:
Nejdůležitější je tento graf:
K tomu vynikající grafy z dílny Josefa Šlerky:
Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)