V tomto pokračování 3. část manuálu z Bulovky s mým komentářem.

Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:

- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)

- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.

COVI-kávička 19.8.: ČR +282, US +43999. Komentář

19. srpen 2020
Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8262-covi-kavicka-19-8-cr-282-us-43999-komentar.html

Česká republika:   +282 nových případů (pod tři sta, vypadalo to podle předběžných výsledků hůř´.

Spojené státy:    +43999 nových případů (potvrzuje se trend mírného snižování). 

Nešťastná Kolumbie přes 12 tisíc, hodně i Německo (hodně přes tisíc). Francie a Španělsko (přes dva tisíce).

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

Manuál z Bulovky a situace z pohledu evolučně stabilní strategie našeho viru – 3. část:

V pěti částech zveřejňuji na pokračování velmi užitečný Manuál ke koronaviru od expertů z Bulovky: co víme, proč zůstat doma a jak se ochránit (Jiří Beneš a kol.).

Celý manuál online je zde:

https://www.lidovky.cz/relax/zdravi/velky-manual-expertu-z-bulovky-jak-jsme-daleko-s-poznanim-koronaviru.A200507_123603_ln-zdravi_ele

Důvodem není jen užitečnost tohoto materiálu, ale zejména to, jak odhalení struktury viru, jeho vstupu do naší současnosti (odkud se vzal), funkcí jeho jednotlivých částí a hlavně logiky jeho chování rozhoduje o té nejdůležitější otázce "Co dělat?".

K prvním dvěma částem nebudu mít žádné připomínky. Jsou obecně velmi prospěšné. K následujícím třem částem už ano. Ukážu, v čem a proč vidím situaci trochu jinak a jaké praktické závěry z toho vyplývají.

K evolučně stabilní strategii našeho viru:

Takto jsem evolučně stabilní strategii našeho viru formuloval již dříve a několikrát připomenul:

1. Základem evolučně stabilní strategie je strategie "pomalého spásání pastviny", resp. šetrného chování k hostiteli. Patrně takového, při kterém imunitní systém na přítomnost a množení našeho viru vůbec nereaguje.

2. Doplňující obrannou strategií, kterou spouští, když zjistí, že v napadeném organismu je mutace jeho vlastního kmene, která porušila "kmenové tabu" a začala se k hostiteli chovat nešetrně. V tu chvíli nás virus také přejde do modu rychlého spásání, resp. co nejrychlejší replikace v hostiteli. "Odbrzdí se", přechází do excitovaného, zdivočelého stavu.

3. Navazující korekční strategii, kterou zkouší, zda je ještě přítomna mutace, která porušila kmenové tabu (zda byla vytlačena nebo uklidnila). Vysílá vstřícný signál pomalého spásání, ovšem podle toho, jaká je reakce prostředí, je zase připravena přejít k obranné strategii rychlého spásání, resp. nešetrného chování k hostiteli.

(Beru hypotézu této formy evolučně stabilní strategie našeho viru s příslušnou metodickou skepsí, ale také se mně zdá stále pravděpodobnější.)

Patrně ji v nějaké míře mají všechny koronaviry nějak zabudovanou a patrně právě to, že se prosadila, vedlo k ústupu předcházejících koronavirových epidemií (SARS-CoV, MERS-CoV). Lze jen litovat, že samotnému fenoménu "ústupu" jako předmětu výzkumu nebyla věnována potřebná pozornost.

Otázka zní takto:

- Nakolik se náš virus (COVID-19) evolučně stabilní strategii přiblížil.

- Jakými mechanismy a strukturálními prvky je realizována.

- Co způsobuje její selhávání.

Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8226-evolucne-stabilni-strategie-cloveka-a-koronaviru.html

Velký manuál ke koronaviru od expertů z Bulovky: co víme, proč zůstat doma a jak se ochránit (Jiří Beneš a kol.) – 3. část

Popsané tři formy nemoci je možné chápat i jako tři fáze nebo stadia nemoci. Běžně se stává, že pacient několik dnů prochází obdobím nespecifických respiračních příznaků odpovídajícímu běžné viróze, a pak teprve se rozvine pneumonie. Podobně je možné pozorovat, že u některých nemocných s koronavirovým zápalem plic se náhle začne celkový stav horšit a nemoc přejde do kritického stadia. Každou takovou změnu stavu lze vysvětlit přechodem viru do nového kompartmentu, viz tabulka 1.

^a Přítomnost viru ve stolici může, ale nemusí být projevem současné infekce střeva. Blíže viz text o diagnostice COVID-19.

Speciální případy koronavirové infekce

Hlavní vstupní branou infekce je dýchací trakt, infekce však může do organismu proniknout i přes oční sliznici, s možností transportu viru slzami do nosohltanu. Množství takto získaného viru je obvykle malé, v situacích spojených s velkým rizikem přenosu infekce se však z tohoto důvodu doporučuje používat k osobní ochraně kromě respirátoru i brýle nebo štít.

Snadno představitelná by byla rovněž infekce prostřednictvím střevní sliznice, neboť zde je hojnost buněk nesoucích ACE2. Virus se ovšem do střeva dostane jedině přes žaludek, přičemž je známo, že žaludeční šťávy dokáží obalené viry poměrně spolehlivě ničit. Vitální virus může být do střeva přenesen jen tehdy, jestliže je pozřen spolu s vehikulem, které žaludeční kyselinu přechodně zneutralizuje.

Krátký komentář si zaslouží i průběh infekce u vybraných skupin obyvatelstva.

Děti mají zpravidla mírný nebo dokonce inaparentní průběh infekce, mohou však virus vylučovat a působit jako přenašeči nemoci. Příčina zřejmě spočívá v celkovém nastavení dětského imunitního systému, nejen v akcentaci buňkami zprostředkované imunitní odpovědi, ale i v celkově vyšší aktivitě nespecifické imunity. Faktem je, že děti obecně snášejí virové infekce lépe než dospělí.

Gravidní ženy pravděpodobně nejsou ohroženy více než ostatní populace. Těhotenství sice snižuje aktivitu imunitní odpovědi zprostředkované T-lymfocyty, plod by však neměl být virovou infekcí ohrožen, když se virus nedostane do krevního řečiště. V literatuře se zatím neobjevily žádné zprávy o poškození plodu v důsledku koronavirové infekce.

Osoby s postižením dýchacích cest nebo imunity se vyznačují větším rizikem sestupu viru do dolních dýchacích cest a do plic, a tedy i větším rizikem těžkého průběhu infekce.

Obézní jedinci mívají těžší průběh pneumonie a pravděpodobně i vyšší riziko přechodu viru do krevního řečiště. Příčinou může být koincidence obezity s dalšími chorobami (diabetes, hypertenzní nemoc), ztížení dýchacích pohybů způsobené nadváhou, ale i relativně menší dýchací plochou, na které probíhá výměna plynů, vzhledem k celkové hmotnosti.

Důsledky a souvislosti načrtnuté patogeneze koronavirových infekcí

Především je namístě zdůraznit, že koronaviry vyvolávají za normálních okolností slizniční infekce a do krevního řečiště nepronikají^2,5. To je velký rozdíl proti jiným závažným virovým infekcím, jako jsou pravé i plané neštovice, spalničky, klíšťová meningoencefalitida, virové hepatitidy, onemocnění HIV, virové hemoragické horečky (Lassa, Ebola) a další. Jak uvidíme dále, tento rozdíl má zásadní důsledky pro diagnostiku COVID-19 i pro epidemiologii nemoci.

Virus SARS CoV2 se chová atypicky ještě v dalším ohledu, a sice tím, že vyvolává různé klinické formy, které se navzájem odlišují nejen závažností, ale i epidemiologickými charakteristikami. Podobné vlastnosti je možné pozorovat i u jiných infekcí, které nejsou adaptovány na lidský organismus (pontiacká horečka vs. legionelóza; bubonický vs. plicní mor; listeriová enterokolitida vs. meningitida; zuřivá vs. tichá forma vztekliny apod.). Adaptované, tj. klasické patogeny totiž zpravidla dokáží modifikovat nebo přímo vyřadit standardní imunitní reakce, a pak se mohou aspoň po jistou dobu vcelku nerušeně množit. Ve výsledku je tedy klinický obraz jimi vyvolané nemoci vcelku uniformní, bez ohledu na infekční dávku i na místo vstupu infekce do těla.

Důsledkem neukotveného chování SARS CoV2 je skutečnost, že koronavirové infekce mohou probíhat mírně, v zásadě neodlišitelně od jakékoli banální virózy, ale za určitých okolností mohou přesmyknout do obrazu závažné nemoci, která pacienta ohrožuje na životě. Zdá se, že klíčovým faktorem, který rozhoduje o průběhu COVID-19, je velikost expozice, respektive velikost infekční dávky. O tom, že velikost akvírované infekční dávky má větší význam než výchozí zdravotní stav exponovaného jedince, svědčí vysoký podíl závažných forem COVID-19 u zdravotníků v Číně, Itálii i v dalších zemích. Tito zdravotníci byli primárně zdraví, ale jejich expozice (nikoli jednorázová, ale trvající řadu dní) přesáhla kapacitu jejich imunitního systému. Vysoký počet postižených zdravotníků v Číně a v Itálii je možné vysvětlit tím, že zpočátku bylo nebezpečí plynoucí z vysokých dávek viru podceňováno a nepoužívaly se spolehlivé ochranné pomůcky.

(Pokračování)

Moje poznámka k Manuálu z Bulovky:

Tady je první rozdíl mezi tím, jak to vidí autoři Manuálu z Bulovky a jak to vidím já. Podle mě nejde o "velikost infekční dávky", ale o její složení a nejde o to, že "přesáhne kapacitu imunitního systému", ale že základní kmen spustí druhou (obrannou) složku své evolučně stabilní strategie, snaží se obsadit replikační prostor a vytlačit z něj mutaci, která porušila základ evolučně stabilní strategie. Zkrátka do člověka se dostává celé portfolio mutací našeho viru, navíc patrně v různých modech.

Největší problémy se vždy vyskytly tam, kde se setkali lidé z různých oblastí a kde byla možnost buď formou velkých kapének, nebo "zahuštěného" aerosolu v uzavřených prostorách možnost přenosu soupeřících mutací.

Něco podobného budeme moci patrně sledovat po prázdninách, až začne výuka, kde se sejdou příslušníci mladší generace, kteří pobývali v různých částech světa. Myslím, že by bylo vhodné startovat výuku postupně a v počátku část realizovat online.

Podívejme se, co se v souvislosti s naším virem odehrálo a děje v Rusku – 2. část:

Z rozhovoru s Markem Kynclem pro Parlamentní listy, celé viz:

https://www.parlamentnilisty.cz/arena/rozhovory/Rusko-a-koronavirus-Takto-ostra-slova-a-prukazne-fotky-jinde-neuvidite-Mluvili-jsme-s-tamnim-expertem-Popsal-nam-i-chovani-Putinovy-dcery-633540

Vybírám z rozhovoru a odlišuji barevně:

Na rozdíl od České republiky se v Rusku průběžně provádí monitoring zaměřený na to, jaké procento populace disponuje protilátkami proti covidu-19. Podle oficiálních údajů Rospotrebnadzoru z 22. července má imunitu proti onemocnění vytvořeno 26 procent obyvatel. U dětí do šesti let je to 42 procent. Podobný výzkum by v České republice pomohl odpovědným orgánům přijímat adekvátní rozhodnutí.

Testy na přítomnost koronaviru a na protilátky jsou v Rusku mnohem dostupnější než v České republice. Například v Moskvě jsou pro Moskvany tyto testy prováděny bezplatně, jinak se situace liší v závislosti od regionu. Cena za PCR test se v přepočtu pohybuje mezi 600-900 korunami, cena za IgA test na protilátky 400-600 korun v závislosti na regionu.

Po celé období "pandemie" se v Rusku vedla poměrně živá diskuse, která byla neporovnatelně zajímavější než u nás. Je to dáno tím, že v Rusku existuje velmi rozvinutá struktura alternativních médií, zejména videoblogů na platformě youtube.com. Je obecně známo, že politika technologických platforem si s Kremlem nerozumí, a proto opozičně naladěným blogerům buď nebrání nebo dokonce i pomáhají. Vzhledem k velikosti ruskojazyčného trhu se dají navíc dobrými videoblogy vydělat poměrně slušné peníze, ze kterých lze uživit i malou redakci a platit cestovné.

Nezávislé videoblogy a sociální sítě navíc otevřely prostor i mnoha odborníkům, kteří se následně objevili i v diskusních pořadech vládních televizí, byť někdy v pozici otloukánka – například epidemiolog akademik Igor Gundarov, který zpochybňoval smysl restriktivních opatření a rozsah "pandemie".

Významným videoblogerem, který se v průběhu "pandemie" dostal do ostrého konfliktu s mnoha významnými ruskými činiteli – zejména s předsedou představenstva Sberbank Germanem O. Greffem a s předsedkyní ruské centrální banky Elvírou Nabiulinovou – je i světoznámý režisér Nikita Michalkov, který ve svých autorských pořadech "Besogon TV" mimo jiné upozorňoval na nezdravé tendence v ruské reformě školství, v politice centrální banky, v nebezpečí čipování populace atp. Jeho pořad na youtube sleduje několik milionů diváků.

V rámci diskuse, na nezávislých platformách i v oficiálních médiích, se objevovala záplava informací. Některé z nich jsou u nás označovány jako konspirativní, jiné jsou příliš odborné, aby přitahovaly masový zájem, přičemž občas neoprávněně. Tak například velmi zajímavou byla diskuse ohledně závažných vedlejších účinků ruského antivirotika "Avifavir" (na bázi japonského léku Favipiravir). Pro české publikum by mělo být zajímavé, že podobné vedlejší účinky má i americký preparát Remdesivir.

Kreml od samého počátku správně ocenil politický potenciál koronaviru a sám prezident Putin dal vývoji vakcíny proti covidu-19 nejvyšší prioritu. Proto je dnes Rusko první zemí, která disponuje vakcínou. Mezi dobrovolníky, kteří se zúčastnili klinického testování, je i jedna z dcer Vladimíra Putina.

Problém bezpečnosti vakcíny opravdu existuje, týká se však jakékoliv vakcíny, která bude vyvinutá v tak extrémně krátkém období, jak se to nyní děje. Pokud škodlivé následky nastanou, nebude vinen ani Putin, ani Trump, ani Merkelová, ale naše vlastní hysterie, která dala přednost iracionálnímu strachu před argumenty rozumu a tím i vytvořila zbraň hromadného ničení lidské civilizace.

(Pokračování)

K tomu ode mne:

Rusko je zajímavé zejména tím, že se mu daří dostávat epidemii pomalu, postupně, ale systematicky pod kontrolu. V rozhovoru není zmíněna šílenost, ke které v Rusku došlo a která vyvolala explozi nákazy – unáhlenou repatriaci asi čtvrt miliónu Rusů z celého světa, z nichž někteří byli i několik dní na letišti, cestovali desítku hodin v letadlech, sešli se po příletu se svými rodinami... a tím vlastně všechno začalo. Rozhovor je až pateticky "proruský", nicméně i tak mapuje některé důležité momenty vývoje epidemie v Rusku, které jsou poučné pro pochopení logiky chování našeho viru.

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Nejdůležitější je tento graf:

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)