Radim Valenčík
Vysokoškolský učitel - Vysoká škola finanční a správní, první soukromá ekonomická univerzita
K dobré teorii: COVID-19. Analýza vývoje/133
V tomto pokračování 2. část manuálu z Bulovky.
Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:
- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)
- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.
COVI-kávička 18.8.: ČR +191 US +40612. Komentář
18. srpen 2020
Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8243-covi-kavicka-18-8-cr-191-us-40612-komentar.html
Česká republika: +191 nových případů (po delšíé době sice těsně, ale přece jen pod 200 v pracovní den).
Spojené státy: +40612 nových případů (o 274 větší přírůstek než předcházející den).
Trochu vyskočila Německo (1689), hodně má Španělsko (1833) a Izrael přes dva tisíce (2071).
Rusko se už ppravidelně dostává pod 5 tisíc.
Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.
Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries
Jak to vidím
Manuál z Bulovky a situace z pohledu evolučně stabilní strategie našeho viru – 2. část:
V pěti částech zveřejňuji na pokračování velmi užitečný Manuál ke koronaviru od expertů z Bulovky: co víme, proč zůstat doma a jak se ochránit (Jiří Beneš a kol.).
Celý manuál online je zde:
Důvodem není jen užitečnost tohoto materiálu, ale zejména to, jak odhalení struktury viru, jeho vstupu do naší současnosti (odkud se vzal), funkcí jeho jednotlivých částí a hlavně logiky jeho chování rozhoduje o té nejdůležitější otázce "Co dělat?".
K prvním dvěma částem nebudu mít žádné připomínky. Jsou obecně velmi prospěšné. K následujícím třem částem už ano. Ukážu, v čem a proč vidím situaci trochu jinak a jaké praktické závěry z toho vyplývají.
K evolučně stabilní strategii našeho viru:
Takto jsem evolučně stabilní strategii našeho viru formuloval již dříve a několikrát připomenul:
1. Základem evolučně stabilní strategie je strategie "pomalého spásání pastviny", resp. šetrného chování k hostiteli. Patrně takového, při kterém imunitní systém na přítomnost a množení našeho viru vůbec nereaguje.
2. Doplňující obrannou strategií, kterou spouští, když zjistí, že v napadeném organismu je mutace jeho vlastního kmene, která porušila "kmenové tabu" a začala se k hostiteli chovat nešetrně. V tu chvíli nás virus také přejde do modu rychlého spásání, resp. co nejrychlejší replikace v hostiteli. "Odbrzdí se", přechází do excitovaného, zdivočelého stavu.
3. Navazující korekční strategii, kterou zkouší, zda je ještě přítomna mutace, která porušila kmenové tabu (zda byla vytlačena nebo uklidnila). Vysílá vstřícný signál pomalého spásání, ovšem podle toho, jaká je reakce prostředí, je zase připravena přejít k obranné strategii rychlého spásání, resp. nešetrného chování k hostiteli.
(Beru hypotézu této formy evolučně stabilní strategie našeho viru s příslušnou metodickou skepsí, ale také se mně zdá stále pravděpodobnější.)
Patrně ji v nějaké míře mají všechny koronaviry nějak zabudovanou a patrně právě to, že se prosadila, vedlo k ústupu předcházejících koronavirových epidemií (SARS-CoV, MERS-CoV). Lze jen litovat, že samotnému fenoménu "ústupu" jako předmětu výzkumu nebyla věnována potřebná pozornost.
Otázka zní takto:
- Nakolik se náš virus (COVID-19) evolučně stabilní strategii přiblížil.
- Jakými mechanismy a strukturálními prvky je realizována.
- Co způsobuje její selhávání.
Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8226-evolucne-stabilni-strategie-cloveka-a-koronaviru.html
Velký manuál ke koronaviru od expertů z Bulovky: co víme, proč zůstat doma a jak se ochránit (Jiří Beneš a kol.) – 2. část
Průběh onemocnění
Podle klinických projevů a podle orgánů, které jsou infekcí nejvíce zasaženy, je možné rozlišit tři základní formy nemoci.
a) Zánět nosohltanu je nejčastější formou infekce, která vzniká u zdravých osob, které byly exponovány relativně malému množství viru. Je možné si představit, že v těchto případech se vdechnuté viriony vychytají již na úrovni horních dýchacích cest. Replikace viru v této oblasti vyvolá tvorbu α-interferonu, aktivaci NK buněk a případně i dalších nespecifických antivirových mechanismůc, což stačí pro krátkodobou ochranu dolních dýchacích cest a plic. Specifická imunita nemusí být angažována vůbec nebo se omezí na tvorbu slizničních protilátek (IgA).
Infekce proběhne buď zcela bezpříznakově nebo s minimálními klinickými projevy, nerozeznatelnými od banálního nachlazení (common cold). Z příznaků charakteristických pro tento typ onemocnění lze jmenovat mírně zvýšenou teplotu, rýmu, pocit ucpaného nosu, zaujatost hlavy, poruchy čichu (anosmii) a rovněž poruchy chuti (dysgeusii).
Infekce tohoto typu se šíří především kontaktním způsobem, prostřednictvím kontaminovaných předmětů (kapesníky) a rukou. Při užším styku je samozřejmě významný i přenos slinami. K šíření vzdušnou cestou dochází vzácněji, zejména při kýchnutí, a dále při křiku, zpěvu nebo u lidí, kteří mají tendenci při řeči prskat.
b) Infekce dolních cest dýchacích a plic se rozvíjí při expozici větší infekční dávce. Tehdy proniknou viry do dolních cest dýchacích, případně až do plic, a vyvolají tedy tracheobronchitidu nebo dokonce intersticiální pneumonii. Tento průběh infekce může být způsoben nejen vyšší infekční dávkou, ale také nižší odolností respirační sliznice. Z faktorů, které se na tomto vývoji mohou podílet, lze jmenovat nejen klasické případy poškození epitelu (atrofie sliznice při dlouhodobém inhalačním podávání kortikosteroidů, současná koinfekce jiným virem) nebo defekty imunity, ale i poměrně nenápadné a krátkodobé stavy jako je dehydratace, pobyt v prašném suchém prostředí, působení respiračních alergenů (pylová alergie) nebo stres.
Infekce dolních dýchacích cest a plic mají závažnější průběh než infekce nosohltanu. Hlavními příznaky jsou horečka, které pacienta oslabuje a vysiluje, dále kašel, který bývá suchý, bez vykašlávání hlenů, a v těžších stavech též dušnost, která se zprvu objevuje při námaze, ale brzy se stává trvalou. Často to jsou teprve tyto projevy, které přinutí nemocného člověka, aby vyhledal lékaře. U starších osob se jako první příznak nemoci nezřídka objeví porucha vědomí, závratě nebo změna chování.
Závažnost nemoci závisí na míře plicního postižení. V akutním stavu je možné velikost plicního postižení zjistit jednak rozsahem rtg nálezu, jednak měřením oxygenace krve; jednoduché čidlo připojené zevně na prst nebo na ušní boltec dokáže sledovat, zda je krev v kapilárách dobře prokysličena. Při nedostatečném sycení se pacientovi podává kyslík maskou nebo nosními brýlemi. Jestliže to nestačí, mluvíme o těžkém průběhu COVID (severe COVID). Pak je nutné pacienta přesunout na oddělení intenzivní péče a zahájit neinvazivní nebo invazivní ventilaci, případně ho napojit na přístroj zajišťující mimoplicní výměnu plynů (ECMO, extracorporeal membrane oxygenation). Nebezpečnost plicního zánětu tím však není vyčerpána. Po odeznění akutní fáze může dlouhodobě přetrvávat zvýšená dráždivost průdušek, která vede k záchvatům dušnosti a kašle. Vzácně se může hojení komplikovat vazivovou přestavbou plic (fibróza), která je nevratná a omezuje dýchání tím, že brání rozpínání plic při vdechu.
Infekce dolních cest dýchacích a plic mohou být více nakažlivé než infekce nosohltanu, protože při kašli se do okolí nemocného uvolňuje velké množství infekčního aerosolu. Přenos aerosolem znamená nejen schopnost nakazit lidi v sousedství bezkontaktním způsobem, ale současně je obvykle spojen s přenosem větší infekční dávky.
c) Infekce vyvolávající multiorgánové postižení mají nejhorší prognózu. Tyto případy jsou pravděpodobně spojeny s prolomením alveolokapilární bariéry, takže virus pronikne do krevního řečiště. Tato komplikace nastává zpravidla až po několika dnech trvání pneumonie nebo dokonce již při jejím odeznívání.
Přítomnost koronaviru v krevním řečišti je vždy životu nebezpečná, protože v cévách je koncentrace ACE2 receptorů vysoká a virus má tedy možnost se velmi masivně pomnožit a poškodit výstelku cév (endotel). Projevy nemoci v tomto případě jsou velmi podobné projevům sepse: kromě horečky a pneumonie dochází k projevům postižení jater, ledvin a dalších orgánů, k poklesu trombocytů a případně k difúzní poruše srážení krve (DIC, disseminated intravascular coagulation).
Postižení endotelu je automaticky provázeno aktivací imunitního systému a masivní produkcí prozánětlivých cytokinů, což představuje velmi nebezpečný stav. Proti tomu se rozvíjí kompenzační reakce (CARS, compensatory anti-inflammatory response syndrome). Výsledkem těchto dějů často bývá selhání imunity, které se projeví neschopností zvládnout jakoukoli následnou infekci, například sekundární bakteriální respirační infekci nebo infekci močových cest.
Kteří lidé jsou touto formou infekce nejvíce ohroženi? Rozhodně ne jen senioři. Riziko přestupu viru z plic do krevního řečiště je zvýšeno u nemocných s chronickou obstrukční plicní chorobou (CHOPN), hypertenzní chorobou, diabetem i jinými nemocemi postihujícími plicní sklípky nebo plicní kapiláry. Schopnost zvládnout toto kritické období pak – stejně jako u sepse – závisí na funkčním stavu srdce, plic a dalších orgánů udržujících vnitřní prostředí organismu.
Z hlediska infekciozity není tato forma nemoci více nebezpečná než předchozí. Je pravda, že virus může z krve snadno proniknout do ledvin a odtud do moči, ale toto není cesta, která by významně podporovala interhumánní přenos.
Odborníci mohou shledávat útěchu v tom, že ani pro viry není tato forma infekce žádoucí, protože z krevního řečiště virus nemůže napadnout další hostitele. Proto trvá naděje, že tato forma nemoci bude vždy výjimečná a virus se na ni navzdory své proměnlivosti nebude adaptovat.
Poznámky pod čarou
c) Při virové infekci se nejprve zapojují mechanismy nespecifické imunity: interferon α krátkodobě zablokuje metabolismus RNA v buňkách v místě infekce a zastaví tak replikaci viru; napadené buňky buď samy aktivují metabolické dráhy vedoucí k apoptóze (programované buněčné smrti) nebo je odhalí a zahubí NK buňky (natural killer cells), které jsou k tomuto účelu vybavené podobně jako cytotoxické lymfocyty. Všechny zmíněné prostředky antivirové ochrany se zapojují automaticky a neprodleně, nevedou však k vytvoření imunologické paměti, která by organismus před danou infekcí chránila do budoucna.
Zároveň se aktivuje i specifická imunita. Ta v protivirové obraně využívá především dva typy efektorových buněk: cytotoxické lymfocyty, které dokáží rozpoznat a zničit buňky napadené virem s větší přesností než NK buňky, a dále plasmatické buňky, které tvoří protilátky selektivně reagující s virovými antigeny. Specifické imunitní mechanismy jsou obecně výkonnější, ale k jejich rozvinutí je potřebný určitý čas, většinou 2 týdny, u některých infekcí je potřeba delší čas. Velkým přínosem specifické imunity je imunologická paměť: po prodělané infekci zůstávají v organismu tzv. paměťové lymfocyty, které při eventuálním příštím setkání s danou infekcí umějí rozvinout specifickou odpověď během cca 5-7 dní. Kromě toho je dlouhodobá ochrana organismu zajišťována ještě dalším způsobem, a sice protilátkami typu IgG, které po prodělané závažné infekci přetrvávají v krvi po řadu měsíců nebo i trvale (celoživotně).
(Pokračování)
Podívejme se, co se v souvislosti s naším virem odehrálo a děje v Rusku:
Z rozhovoru s Markem Kynclem pro Parlamentní listy, celé viz:
Vybírám z rozhovoru a odlišuji barevně:
Připomeňme si, že Rusko je zemí, která v oblasti epidemiologie a nakažlivých chorob disponuje první ligou odborníků a odpovídajícím zázemím. Ve městě Novosibirsk se nachází Státní vědecké centrum virologie a biotechnologií Vektor, kde jsou uchovávány a zkoumány prekursory těch nejnebezpečnějších onemocnění, včetně pravých neštovic a lepry.
Vedle Vektoru se biotechnologiemi zabývají pracoviště Ruské akademie věd, pracoviště armády... A Národní výzkumný ústav epidemiologie a mikrobiologie akademika N. F. Gamaleja – tomuto pracovišti se podařilo, jako prvnímu na světě, vyvinout vakcínu proti covidu-19, která se, podle posledních zpráv, začne v nejbližších týdnech – ke zděšení politického bloku USA – masově aplikovat.
V oblasti epidemiologie má Rusko bohaté zkušenosti. Za připomenutí stojí boj s epidemií pravých neštovic, které se objevily v Moskvě v roce 1959. Neštovice přivezl do Moskvy z Indie známý malíř Aleksej Kokorekyn, který na jejich následky zemřel. Souhra okolností, intuice a profesionalita lékařů nemocnice a erudice akademika Michaila Morozova, který byl přizván k pitvě jednoho ze zemřelých nemocničních pacientů, přivedla k včasnému ustanovení správné diagnózy. S pomocí desítek tisíc mediků a armády bylo proočkováno v průběhu měsíce téměř 10 milionů obyvatel Moskvy a přilehlých oblastí. Otřesná zkušenost vedla k tomu, že SSSR a USA později organizovaly celosvětovou očkovací kampaň, díky níž byly pravé neštovice zcela vymýceny.
Onemocnění covid-19 bylo ze strany ruské vlády bedlivě sledováno již od samotného počátku. 24. ledna 2020 byla uzavřena rusko-čínská pozemní hranice. 26. března Rusko odeslalo letecky kontingent vojenských lékařů a zdravotnického personálu včetně odpovídajícího vybavení do Itálie. Smysl této akce byl dvojí. Jednak se jednalo o humanitární akci, která byla italskými občany velmi pozitivně přijata. A jednak měli vojenští lékaři možnost se seznámit s infekcí a s jejím průběhem mnohem dříve, než se ve větší míře objevila v Rusku.
V Moskvě mezitím probíhaly přípravy na vypuknutí onemocnění. Nově postavená nemocnice v moskevské čtvrti Komunárka byla vyčleněna pro nemocné s covidem-19. Hlavní lékař nemocnice Dr. Denis Procenko se stal hlavní mediální hvězdou boje s covidem-19, a to zejména poté, co nemocnici navštívil prezident Vladimír Putin, který oblékl ochranný oděv a osobně se šel podívat do infekční zóny. Denis Procenko sám později onemocněl, jeho nemoc proběhla v lehké formě, a po celou dobu svého onemocnění pomáhal konzultacemi svým kolegům.
25. března 2020 prezident Putin v televizi oznámil začátek karantény, která v různé míře přísnosti (v závislosti na regionu) trvala v nejpřísnější formě do 12. května, kdy většina Rusů zůstala doma na placené dovolené. Poté se restrikce postupně změkčovaly.
V té době byla v Rusku poměrně neutěšená situace ohledně počtu nemocničních lůžek, který byl kriticky snížen v důsledku liberálních reformy zdravotnictví probíhajících v letech 2006-2018. Jedním z pozitivních důsledků covidu-19 je, že v Rusku bylo s pomocí armády bleskově postaveno 16 nových nemocnic (v průběhu 40 dnů) a ve stávajících nemocnicích byly částečně obnoveny kapacity zrušené v průběhu medveděvských reforem. V samotné Moskvě byly dokonce zřízeny i dočasné nemocnice, které povětšinou zůstaly nevyužity.
Nepřísnější restriktivní opatření byla v Moskvě, kde byly zavedeny elektronické talony a různé aplikace v mobilních telefonech. Restrikce v Moskvě byly nesrovnatelně přísnější, než v Česku – byly téměř "v čínském stylu". Do 12. května byly opravdu dodržovány. Později se omezily pouze na hlavní ulice, které média ukazovala ve zprávách. Na moskevských sídlištích se však žilo neporovnatelně svobodněji.
Moderní technologie, které byly v Moskvě v té době implementovány s cílem dohledu nad pohybem občanů, se staly terčem tragikomických historek. Tak například novomanželé dostali pokutu za to, že vyšli na balkón vlastního bytu, který se nacházel na hranici dvou oblastí. Vzali si telefon (aby se na balkóně vyfotografovali), aplikace to však vyhodnotila jako nedovolený pohyb. Pokuty však byly později anulovány.
24. června v Moskvě proběhla grandiózní vojenská přehlídka k 75. výročí vítězství ve Veliké vlastenecké válce. Od té doby se v Rusku vrátil život v podstatě do normálních kolejí. V některých místech je nařízeno nosit masky (roušky) a rukavice – tato opatření jsou však masově ignorována. Je to dáno tím, že Rusové mají – podobně jako Češi – historickou zkušenost, která je naučila používat vlastní úsudek v případě, kdy se oficiální nařízení zdravému rozumu příčí.
(Pokračování)
K tomu ode mne:
Rusko je zajímavé zejména tím, že se mu daří dostávat epidemii pomalu, postupně, ale systematicky pod kontrolu. V rozhovoru není zmíněna šílenost, ke které v Rusku došlo a která vyvolala explozi nákazy – unáhlenou repatriaci asi čtvrt miliónu Rusů z celého světa, z nichž někteří byli i několik dní na letišti, cestovali desítku hodin v letadlech, sešli se po příletu se svými rodinami... a tím vlastně všechno začalo. Rozhovor je až pateticky "proruský", nicméně i tak mapuje některé důležité momenty vývoje epidemie v Rusku, které jsou poučné pro pochopení logiky chování našeho viru.
Co se děje ve světě:
Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:
https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries
Další významné zdroje o dění ve světě:
https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441
https://ourworldindata.org/coronavirus
První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.
Graf šíření mutuací:
https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114
Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.
Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:
Nejdůležitější je tento graf:
Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)