V tomto pokračování je o tom, kde hledat "brzdy" rychlého spásání (možné alternativy). A také o N-proteinu opravujícím genom.

Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:

- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)

- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.

COVI-kávička 7.7.: ČR +51 US +50586. Komentář

7. červenec 2020
Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8081-covi-kavicka-7-7-cr-51-us-50586-komentar.html

Česká republika:  +51. Hezký výsledek, ale z číselné řady lze vyčíst určité korigování formou změn v počtu testů. K tomu se někdy vrátím. Tady šlo o to "uspokojit" Slovinsko. Podařilo se a lze k tomuvládě blahopřát, i když...

Spojené státy:    +50586 nových případů (o 6056 větší přírůstek než předcházející den). Zase přes 50 tisíc. To je hodně. 

Zajímavé je, že průběh křivek v Izraeli a Srbsku je velmi podobný. Nejdříve zpomalující nárůst a pak zrychlující. K tomu se také ještě někdy příště dostanu.

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

Kde si přečíst nejnovější informace:

Nejpodrobnější zpravodajství u nás je v současné době zde:

https://www.seznamzpravy.cz/sekce/koronavirus

Ale při jejich čtení pozor! Jsou trochu "covialarmistické". Patrně z důvodu honby za čtenáři.

Ukázka úvodního přehledu:

Co byste měli vědět?

- Ve světě se od počátku pandemie nakazilo téměř 11,5 milionů lidí novým typem koronaviru. Přes šest milionů se jich uzdravilo a přes půl milionu jich zemřelo.

- Indie se podle aktuálních statistik stala 3. nejpostiženější zemí, zařadila se za první Spojené státy a druhou Brazílii.

- Australské úřady v úterý kvůli pandemii covidu-19 poprvé po zhruba 100 letech uzavřou hranici mezi dvěma nejlidnatějšími státy Victoria a Nový Jižní Wales.

- V Česku za neděli přibylo 75 nakažených, jde o nejnižší číslo za více než týden. Celkem je evidováno 12 515 případů nákazy.

K tomu velké množství nejrůznějších zpráv. Zaujala mě tato:

Zpátky do kanceláří? Netřeba, další firma zavádí home office navždy

V květnu s tímto rozhodnutím přišla firma Twitter, v pondělí permanentní zavedení práce z domova oznámila i firma Fujitsu. Její zaměstnanci se tak po pandemii nebudou muset vrátit do kanceláří.

K tomu:

U nás na VŠFS se osvědčily večerní konzultace online. Začleníme je do výuky v omezené míře jako doplněk a nadstandard. Osobně je nabídnu studentům i během prázdnin.

Sice téměř s denním zpožděním (oproti mému seriálu), ale také si povšimuli:

Změnilo se pořadí zemí nejvíce zasažených koronavirem

Indie hlásí za neděli 25 tisíc nových případů nákazy novým koronavirem. Od počátku pandemie se tak v zemi nakazilo bezmála 700 tisíc lidí. Tím se stala Indie v absolutních číslech třetí nejvíce zasaženou zemí světa, když "přeskočila" Rusko s 680 tisíci případy. Druhá je Brazílie s 1,6 milionu případů a první USA s bezmála třemi miliony.

Má COVID-19 brzdy? A kde je hledat?

Z řady náznaků se zdá, že náš virus má určité "brzdy", které v jeho klidném stavu (kdy mezi sebou nesoupeří různé mutace, resp. když základní kmen viru není nucen výrazně zvýšit svou replikační aktivitu) vedou k pomalému množení a patrně i velmi selektivnímu výběru buněk, které napadá. Možnost existence takových brzd vyplývá z logiky chování našeho viru, viz:

https://radimvalencik.pise.cz/8100-co-o-covid-19-vime-pokus-o-shrnuti.html

Kde tyto "brzdy" hledat?

1. V mechanismu připojení k napadené buňce?

2. V mechanismu proniknutí do buňky?

3. Při replikaci v buňce?

4. Při "opravě" genomu prostřednictvím N-proteinu?

Patrně vše bude ještě složitější. Lze spíše předpokládat, že existuje více "pojistek" proti "zdivočelému" chování a při přechodu k fázi "zklidnění" po té, co jsou mutace porušující pravidlo "pomalého spásání" (hostitele) vytlačeny z replikačního prostoru.

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Nejdůležitější je tento graf:

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)