Radim Valenčík
Vysokoškolský učitel - Vysoká škola finanční a správní, první soukromá ekonomická univerzita
K dobré teorii: COVID-19. Analýza vývoje/90
V tomto pokračování je článek o tom, že v Brazílii se v odpadních vodách našel "předepidemický" koronavirus. A také o šíření našeho viru v uzavřených prostorách aerorosolem.
Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:
- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)
- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.
COVI-kávička 6.7.: ČR +75 US +44530. Komentář
6. červenec 2020
Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8069-covi-kavicka-6-7-cr-75-us-44530-komentar.html
Indie (téměř 700 tisíc a denní přírůstek přes 23 tisíc) předstihla Rusko (se stabilními přírůstky pod 7 tisíc). Vede US s velkým náskokem, druhá Brazílie, také s velkým náskokem.
Česká republika: +75 nlových případů - uklidňující výsledek, ale jedná se o víkend.
Spojené státy: +44530 nových případů (o 652 menší přírůstek než předcházející den). Přes 40 tisíc je stále hodně, ale uvidíme, zda se podaří udržet alespoň tuto hladinu přírůstků.
Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.
Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries
Jak to vidím
Náš virus tu neškodně brouzdal, než zdivočel?
Rozhodně stojí za přečtení následující článek:
SARS-CoV-2 cirkulující v Brazílii již v listopadu 2019
Překvapivá nová studie přidává rostoucímu množství důkazů, že v brazilské Santa Catalině obíhal těžký akutní respirační syndrom coronavirus 2 (SARS-CoV-2), který způsobuje COVID-19, pneumonické onemocnění, které nyní zametá svět, až do konce Listopad 2019. Zjištění zveřejněné na předtiskovém serveru medRxiv v červnu 2020 ukazuje, že způsobuje infekci v Brazílii dlouho předtím, než byl první případ nahlášen v Severní a Jižní Americe, v lednu 2020 a určitě před prvním případem. případ v této brazilské oblasti...
Současná studie byla založena na analýze lidských odpadních vod z Santa Cataliny v Brazílii, počínaje vzorky odebranými na konci října až do konce března. Vědci shromáždili vzorky městské kanalizace v šesti samostatných exemplářích.
Kanalizace byla neošetřená a pocházela z kanalizačního systému v centrální Florianopolis, který obsluhoval asi 5 000 lidí. Tento systém přijímá pouze odpadní vody. Vzorek se skládal z 200 ml a byl kultivován na virovou zátěž, stejně jako byl testován na virovou RNA.
Překvapivá pozitivita odpadních vod před nejstarším známým případem
První dva vzorky byly 30. října a 6. listopadu 2019 a ukázalo se, že jsou negativní. Poté byly všechny vzorky hlášeny jako pozitivní od viru od 27. listopadu 2019 do 4. března 2020. Celkově byla virová zátěž 5,83 log10 kopií L-1, která je podobná virové zátěži ve studiích o odpadních vodách. ve Francii a Španělsku, stejně jako v USA, během aktivní infekce.
Pozoruhodné je, že první pozitivní vzorek předcházel prvnímu diagnostikovanému případu na americkém kontinentu o 66 dní a první známý případ v Brazílii o 91 dní. V Santa Catalině byl první případ hlášen až po 97 dnech. Jinými slovy, virus se šířil v komunitě měsíce předtím, než byl ohlášen první případ v Severní nebo Jižní Americe.
Tato zjištění se shodují s předchozími španělskými a italskými studiemi o čistírnách odpadních vod, kde byla přítomnost viru v odpadních vodách retrospektivně studována a bylo zjištěno, že je pozitivní před nejranějšími hlášenými případy. Dalším zajímavým rysem je relativní stabilita virové zátěže do konce února 2020, přibližně 5,5 - 5,8 log10 kopií na litr.
Avšak 4. března 2020 virový titr vyskočil na 6,7 log10 kopií na litr. Toto datum je významné jako datum prvního hlášeného případu v této oblasti. O deset dní později vstoupilo v platnost brazilské zablokování, které zabránilo dalšímu odběru vzorků, což znamená, že pozdější trendy zůstávají neznámé.
Vědci tvrdí, že demonstrovali, že virus cirkuluje v komunitě bez povšimnutí, než se počet případů zvýšil na pandemickou úroveň, nebo byl zaznamenán jako takový.
K tomu ode mne:
Uvedené zprávy je třeba brát s určitou rezervou. Ale pravda to být může. Nejjednodušším vysvětlením je teorie boje původního kmene našeho viru, který koloval bez povšimnutí, s jeho mutacemi, v důsledku kterých (jako forma obranné strategie k uhájení základu evoluční stability) přešel do nekooperativní strategie (zdivočel) i původní kmen. K tomu viz:
https://radimvalencik.pise.cz/8048-pomuze-mne-nekdo-odpovedet-na-otazku-o-covid-19.html
(Zde rozebírám otázku, zda neškodná forma našeho viru mohla po světě kolovat nepozorovaně.)
O tom, jakou cestou se způsob napadení hostitele a šíření epidemie ubírá, rozhoduje, jak se vyvíjí poměry mezi "mikromutacemi", resp. jak probíhají mutační oscilace. A o tom víme ještě hodně málo, většinou neumíme to, co se děje v reálu, ani detekovat.
Náš virus nemutuje divergentně (vzdalující se podkmeny), ale oscilačně (mutační oscilace kolem základního genomu a s vysokou frekvencí). Podle mě:
A/ Svědčí to o tom, že se velmi přiblížil k evolučně stabilní strategii,
B/ Oscilační mutace mohou být formou určitého mechanismu "komunikace" vkládající "vstřícná gesta" k "pomalému spásání" hostitele. Podrobně objasněno zde a v dalších dvou pokračováních: https://radimvalencik.pise.cz/8012-covi-kavicka-21-6-rf-7889-us-33388-komentar.html
Nové poznatky o mutování našeho viru:
Následující článek (vybírám z něj to nejdůležitější), potvrzuje to, že se jedná o mutační oscilace, jejich "logika" je do viru naprogramována evolucí tak, aby byly vytlačovány nebezpečné mutace ohrožující základ evolučně stabilní strategie našeho viru:
"Koronavirus, stejně jako veškeré ostatní viry, neustále prochází mutacemi. Poté, co se SARS-CoV-2 rozšířil z Číny do Evropy, se tam stala dominantní jedna z jeho variant, kterou vědci označili D614G. Ta má vůči originálu drobnou odlišnost v DNA právě v místě, které ovlivňuje schopnost viru pronikat do lidských buněk.
Vědci sledují genetické mutace koronaviru po celém světě, zaznamenávají jejich genom a sdílejí je v databázi GISAID, jež nyní eviduje asi 58 000 různých genových sekvencí SARS-CoV-2. Výzkumníci z Dukeovy univerzity a univerzity v Sheffieldu společně s pracovníky z laboratoře v Los Alamos v dubnu přišli na to, že varianta D614G v současnosti na světě dominuje, a s jistým znepokojením si pak uvědomili, že její konkrétní mutace ji zřejmě činí více přenositelnou mezi lidmi. Svoje zjištění však museli ještě ověřit.
Analyzovali proto údaje od 999 pacientů hospitalizovaných v Británii kvůli covidu-19 a zjistili, že lidé nakažení zkoumanou variantou v sobě mají více virových částic. To se však nijak neodráželo na vážnosti jejich onemocnění, což bylo pro vědce povzbudivé. Experimenty v laboratořích pak ukázaly, že D614G proniká do lidských buněk s třikrát až šestkrát větší účinností než původní varianta koronaviru objevená v Číně..."
https://www.idnes.cz/zpravy/zahranicni/koronavirus-studie-vedci-mutace.A200703_101303_zahranicni_jhr?
Užitečná informace – vyplývá z ní doporučení:
SZÚ: K přenosu dochází hlavně v přeplněných uzavřených prostorách
K přenosu nemoci covid-19 dochází podle odborníků Evropského centra pro infekční nemoci (ECDC) zejména v přeplněných vnitřních prostorách, na pracovištích nebo při různých akcích. Jeho zprávu cituje na webu Státní zdravotní ústav. Přenos nemocni prostřednictvím ventilace nebo klimatizace nebyl podle ní dostatečně prokázán, riziko je spíš nízké. Zprávy z míst nákazy podle odborníků ECDC ukazují, že k přenosu dochází například v kancelářích, továrnách, kostelech, restauracích, lyžařských střediscích, na večírcích, v nákupních centrech, ubytovacích zařízeních, lekcích tance, výletních lodích nebo v dopravních prostředcích.
"Zdá se, že přenos nákazy může být spojen se specifickými činnostmi, jako je sborový zpěv nebo bohoslužby, kdy může docházet ke zvýšenému vylučování kapének při hlasité řeči a zpěvu," uvádí web SZÚ. Jednou z možností je i šíření prostřednictvím aerosolu, tedy kapiček vody rozptýlených ve vzduchu. "Předpokládá se, že se onemocnění covid-19 primárně šíří kapénkami, avšak přibývají hlášení o možném šíření prostřednictvím aerosolu," uvedl SZÚ.
Kam na dovolenou – napůl žertem (ale jen napůl)
Co se děje ve světě:
Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:
https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries
Další významné zdroje o dění ve světě:
https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441
https://ourworldindata.org/coronavirus
První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.
Graf šíření mutuací:
https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114
Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.
Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:
Nejdůležitější je tento graf:
Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)