Radim Valenčík
Vysokoškolský učitel - Vysoká škola finanční a správní, první soukromá ekonomická univerzita
K dobré teorii: COVID-19. Analýza vývoje/49
V tomto pokračování uveřejňuji materiály, které popisují mutační chování viru.
Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:
- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)
- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.
COVI-kávička 24.5: 77 nových případů. Komentář
24. květen 2020
Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/7903-covi-kavicka-24-5-77-novych-pripadu-komentar.html
65 (-12 oproti předcházejícímu dnu) nových případů za 24. 5. Návrat k nízkým hodnotám.
Významný další pokles počtu hospitalizovaných ke dni 23. 5. na 145 (-11) oproti předcházejícímu dni, což jsou při stejném počtu nakažených menší než poloviční počty na začátku epidemie. Na pouhých 24 (-5 oproti předcházejícímu dni) se snížil i počet těžkých případů. Před 10 dny to byly 217 a 42, od té doby (ale i do té doby) při větším počtu aktuálně nakažených obě čísla neustále klesají. Fakt, který je nutné vysvětlit. A to i v kontextu hlavního materiálu tohoto pokračování.
Jak to vidím
Další významný zdroj poznatků o SARS-CoV-2:
Výborný materiál pro Covid_19philosophy na FB zpracoval Matěj Šustr:
Nejnovější díl podcastu This Week in Evolution (TWiEWO) z 20. května
Vincent Racaniello a Nels Elde se tam v prvních cca 45 minutách obšírně věnují dosavadním poznatkům o evoluci a mutacích SARS-CoV-2, přičemž mj. důkladně rozebírají dva poměrné čerstvé papery, resp. preprinty (jeden z nich hodnotí kladně, ke druhému jsou dosti kritičtí, páč mediálně citované, resp. ještě více nafouklé hlavní tvrzení ze závěru jaksi nevyplývá z toho, co autoři v té studii opravdu zjistili).
Takhle nějak si představuji pečlivěji a zodpovědně dělanou vědu, na rozdíl od běžné praxe..., vy víte koho...
Některé hlavní závěry:
Zatím neexistují žádné důkazy, že by u SARS-CoV-2 evoluce směřovala k vytvoření odlišných fenotypů, resp. odlišných kmenů, které by lišily svými biologickými vlastnostmi.
Ano, jde o RNA virus, takže "neustále mutuje" (bodové mutace), tudíž každá kopie / replika viru se trošku liší od svého "předka" či původce (nejsou identické). To ale platí i o každé kopii viru, která se vám množí v těle, i kdyby pocházely z jednoho a toho samého viru.
Nejsou žádné důkazy toho, že by dosavadní mutace měly vliv na funkčnost viru (tedy např. i na jeho přenositelnost, resp. rychlost šíření či množení, anebo virulenci atd. atd. atd.). Jde o drobné dílčí mutace neutrálního či synonymního charakteru.
Zhruba okolo 25. minuty si autoři pokoušejí vybavit aspoň jeden doložený případ z posledních např. 100 let, kdy by se v důsledku evoluce nějaký lidský virus oddělil na dva různé kmeny s odlišnými biologickými vlastnostmi, resp. významně odlišnou virulencí a přenositelností. Výjimkou jsou prý endemické chřipkové viry, kde jde ale též o to, že se pravidelně rekombinují např. s nově na člověka přenesenými zvířecími chřipkovými viry atd. (Pro pořádek: tady je ovšem velký problém v tom, že ohledně virových epidemií, které proběhly před více než, řekněme, 20 až 30 lety, by něco podobného šlo těžko doložit. Např. u "španělské" chřipky před 100 lety se podařilo myslím získat jen ty vzorky viru, které se zachovaly v těle zemřelých Inuitů pochovaných na Aljašce, a to díky permafrostu.)
Autoři tvrdí, že z dosavadní odborné literatury vyplývá, že všechny drobně se lišící varianty SARS-CoV-2 se ve skutečnosti vyskytují "všude na světě" (díky velké promíchanosti lidské populace).
Čas cca 1 h 10 min:
Vincent Racaniello vysvětluje, proč mu připadají obavy, že virus prodělá výrazné mutace, která zvýší jeho virulenci nebo přenositelnost, jako velmi málo odůvodněné. SARS-CoV-2 je podle něj již nyní natolik dobře adaptován na lidskou populaci (např. velmi účinný poměr mezi přenositelností a virulencí), že není pod žádným rozpoznatelným selekčním tlakem, aby se v těchto ohledech výrazněji měnil.
Nels Elde v zásadě souhlasí a poukazuje na to, že na pomyslné stupnici od 1 (nejhorší) do 10 (nejvyšší), co se týče přenositelnosti atd., se SARS-CoV-2 se již nyní nachází blízko desítky. V tomto ohledu je dosti nesmyslné porovnávat přenositelnost či rychlost šíření tohoto viru s přenositelností kupř. viru spalniček a tvrdit, že SARS CoV-2 tu má velký prostor ke zlepšení - vzhledem ke strukturálním omezením vyplývající z toho, že jde o koronavirus a ne virus spalniček.
Podotýkám, že rozhodně netvrdím, že tímto jsou Flegrova barvitá tvrzení vyvrácena, natožpak že by byla vyvrácena i do vzdálenější budoucnosti nebo dokonce takříkajíc "na věčné časy". Jen pro ně zkrátka v současnosti neexistují žádné empirické důkazy.
Kolem 55. min se autoři vyjadřují i k původu SARS-CoV-2, resp. kde došlo k prvnímu přenosu na člověka (resp. kde se začal udržitelným způsobem šířit z člověka na člověka). Podle nich k tomu pravděpodobně nedošlo ani na Wu-chanském tržišti, ani v tamním Ústavu virologie, ale zřejmě někde jinde a jinak, přičemž je otázka, zda půjde někdy doložit, kde přesně k tomu došlo.
*
A jako bonus - z blogu Vincenta Racaniella:
Most of these claims are in preprints and, if the scientific review process does its job, most of them will simply be reports of new genome sequences with no associated biological changes.
The most recent offender is a preprint claiming that SARS-CoV-2 with an amino acid change in the spike glycoprotein (D614G) increases the transmissibility of the virus. The claim that this amino acid change increases viral transmission is unsubstantiated and likely incorrect. There is no doubt that viruses with the D614G change are emerging in different geographical regions of the world. Until proven otherwise, their emergence is likely due to the founder effect. Let's say a virus with D614G emerges during replication in a person's respiratory tract. If viruses with that change infect the next person, and the next, and so on, then the D614G change will predominate. The change is simply a single nucleotide polymorphism of little consequence. It is the noise produced by error-prone RNA synthesis by the virus. Viruses with D614S are simply virus isolates. They are not strains of SARS-CoV-2." --
"There is one, and only one strain of SARS-CoV-2", 7 May 2020,
Zdroj, ze kterého M. S. čerpá: https://www.virology.ws/2020/05/07/there-is-one-and-only-one-strain-of-sars-cov-2/
Další materiál od Matěje Šustra:
Mutace koronaviru způsobujícího nemoc covid-19 pramení z chyb, které nastávají při kopírování genetické informace, když se virus množí. Některé nové variace ihned nezmizí, což umožňuje expertům sledovat postup nákazy v čase a prostoru.
Podle AFP se zatím velký počet specialistů shoduje na tom, že nic nedokazuje významný vývoj v povaze SARS-CoV-2, ačkoli už byly zmapovány tisíce genomů." Spekulace o možném nástupu agresivnějších kmenů SARS-CoV-2 postupují velmi rychle," komentoval situaci profesor Lawrence Young působící na anglické Univerzitě Warwick. Virus ovšem podle něj nemutuje příliš rychle a "aktuálně nemáme přesvědčivé důkazy o tom, že by tyto mutace měly významný dopad na to, jak nás virus zasahuje".
Čínští vědci v březnu oznámili objev dvou různých kmenů koronaviru, z nichž jeden měl být nebezpečnější, tyto závěry ale nyní zpochybňuje studie týmu z univerzity v Glasgow, která vyšla v časopise Virus Evolution. Podle jejích autorů nejsou důkazy o "rozdílných typech v evoluci SARS-CoV-2".
To ovšem neznamená, že by se nebezpečná mutace nemohla v budoucnu objevit. Analýzy se v tomto směru budou muset opakovat podle toho, jak bude šíření infekce pokračovat, podotkl expert na infekční onemocnění George Griffin, který působí na Londýnské univerzitě.
Otázka mutací je klíčová, pokud jde o vývoj účinné vakcíny, neboť nová verze koronaviru by mohla podkopat efektivitu některých očkovacích látek. Ani britský profesor virologie Ian Jones ale zatím nevidí důvod zabývat se potenciálními problémy tohoto druhu. "Měli bychom se dál koncentrovat na stopování a léčbu viru takového, jaký je teď. Bohužel pro nás si virus umí s kolonizací lidské populace celkem dobře poradit, nevím, co by jej nutilo k tomu stát se ještě více nepříjemným," řekl.
K tomu ode mě:
Přesto se však epidemie SARS-CoV-2 v různých oblastech vyvíjí velmi odlišně. Patrně i bodové mutace (vlastně fluktuace kolem "odladěné" a velmi stabilní struktury základní RNA) mohou vyvolávat odlišné chování viru z hlediska toho, jak se vyvíjí vztahy mezi typy těchto mutací. Je nutné více prozkoumat roli jednotlivých segmentů na vnější metabolismus a na druhé straně s využitím výše uvedených informací upřesnit koncept vycházející z teorie evolučních her, tak aby bylo zřetelnější, co a kde hledat.
Co se děje ve světě:
Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:
https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries
Další významné zdroje o dění ve světě:
https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441
https://ourworldindata.org/coronavirus
První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.
Graf šíření mutuací
https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114
Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:
Nejdůležitější je tento graf:
Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)