V tomto pokračování poprve uceleně formuluji nový pohled na epidemii z hlediska hypotetické evolučně stabilní strategie chování našeho viru.

Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:

- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)

- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.

COVI-kávička 16.5: 55 nových případů. Komentář

16. květen 2020
Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/7868-covi-kavicka-16-5-55-novych-pripadu-komentar.html

55 (-27 oproti předcházejícímu dnu) nových případů za 15. 5. Uklidňující výsledek, i když způsobil trochu rozruch. Potvrdilo se, že určit nárůst předcházející den byl běžný výkyv spojený s novým zdrojem nákazy, ubytovnou zahraničních dělníků. Takové zdroje nákazy lze poměrně snadno lokalizovat i izolovat.

Významný a dosud největší další pokles počtu hospitalizovaných ke dni 14. 5. na 197 (-20) oproti předcházejícímu dni. To nelze vysvětlit jen účinnější léčbou, ale začíná působit Flegrův efekt prosazování méně agresivních forem.Tomu je věnováno dnešní pokračování.

Jak to vidím

Osudy kmene COVID:

Ještě než začnu psát o tom, jak vidím problém chování koronaviru, předesílám, že realitu v této oblasti čtu "zvenku", na základě toho, jak se epidemie vyvíjí v různých zemí. Jako "čtecí prizma" využívám modely teorie evolučních her. Uplatněním teorie her v různých oblastech k vyjádření toho, co se děje, se věnuji dlouhodobě a něco o tom vím. Na rozdíl od toho jsou moje znalosti v oblasti mikrobiologie a genetiky dost chabé, určitě se budu dopouštět nepřesností, a to i pokud jde o terminologii. Za to, co z této oblasti znám, vděčím především RNDr. Jaroslavu Máchovi z Katedry buněčné biologie Přírodovědecké fakulty UK. Jednak jeho přednáškám na pátečnících a jednak obsáhlým diskusím, které jsem měl možnost s ním vést.

Jak už jsem napsal, pokud jde o vývoj mutací koronaviru z hlediska patogenity a virulence, pak je nejdůležitější následující alternativa:

A: Změna chování viru je umožněna jen mutacemi a následným působením přirozeného výběru, tj. tím, že přežívají jen jedinci, kteří jsou v daných podmínkách na přežití nejlépe vybavení. Tj. sám jedinec nemůže měnit své chování.

B: Ke změně chování viru může dojít i během jeho života, a to v podobě jeho reakce na prostředí, ve kterém se nachází. Virus je schopen měnit strategie, dokonce je schopen ostatním virů vysílat signály, jakou strategii zvolil, a sám přijímat odvetné reakce.

Považuji za velmi pravděpodobnou variantu B, a to z následujících důvodů:

1. Virus mutuje poměrně rychle, přičemž, jak se zdá, začínají převažovat jeho mírnější formy. To by v případě reakce na situaci jen formou přežívání lépe přizpůsobených jedinců trvalo mnohem déle.

2. Virus ke své "vymakanosti" dospěl za milión (či spíše stamilióny) let. Pokud je evolučně výhodně měnit strategii v průběhu života jedince, mohla mu příroda tuto schopnost dát. A pro virus je vhodnější umět měnit strategii chování během života jednotlivce.

3. Koronavirus je dostatečně složitý, aby to dokázal. Jeho RNA obsahuje až 30 tisíc bází.

4. Přenos informací se může uskutečňovat prostřednictvím vnějšího metabolismu, díky kterému virus žije a množí se, ale také může "vnímat" odlišnost podmínek.

5. Toto "vnímání" se může odehrávat formou aktivizace či naopak útlumu role některých bází či jejich segmentů. (Tady už do podrobností nevidím.) Každopádně touto formou může i tak "primitivní" organismus přijímat a vysílat signály soukmenovcům.

6. Virus má v podstatě dva typy strategií:

- Agresivní, nekooperativní – co nevíce "vyžrat" své prostředí a prosadit se jako jednotlivec prostřednictvím svého potomstva na úkor svých soukmenovců.

- Mírnou, kooperativní – šetřit svého hostitele a to tak, aby co nejdéle vydržel, případně aby nepocítil to, že je živnou půdou pro replikaci, spolupracovat ve zdrženlivosti s ostatními soukmenovci, kteří mohou mít stejné či mírně odlišné genomy.

7. Z dlouhodobého hlediska je kooperativní strategie vhodnější, z hlediska potomstva určitého jedince je vhodnější nekooperativní. To platí nejen pro virus, ale i pro člověka. Jenže virus je tu mnohem díle a může mít kooperativní strategii zakódovanou mnohem pevněji než člověk (podřizující se hře dopaminu a serotoninu – to, co je zde v závorce, říkám jen s určitou ironií a nadsázkou).

Proto je velmi pravděpodobné, že se virus bude poměrně rychle v novém prostředí, do kterého se dostal, "učit" vzájemné vnitrokmenové komunikaci, pro kterou má dispozice, a budou převládat méně agresivní formy chování. A to nikoli jen přirozeným výběrem, ale i schopností měnit strategii během života.

Jaká bude role mutací, ke kterým budou docházet? Ty mohou vést k více i méně zhoubným formám. Pokud dojde k vnitrokmenové komunikaci a následné kooperaci, pak agresivní formy budou poměrně rychle eliminovány samotnými viry, které v případě nekomunikujících mutací zapnou nekooperativní strategii, rychle se projeví a odhalí, což umožní jejich izolaci v lidském prostředí tak, aby se nešířily.

Odsud vyplývá řada konkrétních doporučení:

- Především je to "dynamická ochrana" – možnost včas odhalit případy šíření nebezpečných forem.

- I "zlý" virus se může stát hodným a naopak i "hodný" virus se může stát zlým, záleží na kombinaci soukmenovců. Čím více blízké jsou mutace soukmenovců, tím více budou schopny kooperovat. Proto bude nutné velmi opatrně rozvolňovat pohyb osob mezi regiony, v nichž se prosadily a po delší dobu fungovaly agresivnější formy, a to i po té, co zde převládnou formy mírnější.

- Zaměřit se na zkoumání vnitřní struktury viru z hlediska aktivních a pasivních sekvencí v mírně odlišných podmínkách. (Tady by bylo patrně možné použít lepší terminologii.)

Podrobněji a více až na základě vylepšených modelů.

Vynikající stránky k epidemii COVID-19 jsou tyto:

https://www.facebook.com/groups/208008770285228/

Najdete na nich původní rozbory, shrnující informace, zajímavé diskuse, dílčí příspěvky. Stránka vznikla "zdola", z iniciativy lidí různé odbornosti, kteří se na ní postupně sešli. Člověk si musí umět vybrat, ale nikde jinde nenajde tak všestranný zdroj informací. Doufám, že se někdy brzy dostanu k tomu, abych udělal průvodce těmito stránkami.

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Nejdůležitější je tento graf:

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.