Radim Valenčík
Vysokoškolský učitel - Vysoká škola finanční a správní, první soukromá ekonomická univerzita
K dobré teorii: COVID-19. Analýza vývoje/38
V tomto pokračování výborná analýza logiky mutování našeho viru z pera J. Flegra, upozornění na problémy Německa, doporučení primárního uvolnění hranic ČR-SR-Rakousko ( čemž také došlo obohaceně o Maďarsko).
Do seriálu o dobré teorii zařazuji "retro" – připomenutí toho, jak jsem společně s kolegy, s nimiž dlouhodobě spolupracuji, i s těmi, se kterými jsem postupně navázal kontakt, analyzoval aktuální vývoj. Sleduji tím dvojí:
- Ukázat, jak je důležitý interdisciplinární přístup a týmová práce, tj. že dobrá teorie hodně dokáže. (To si každý může ověřit porovnání toho, co jsme říkali před měsícem s tím, co se odehrává nyní.)
- Trochu oživit krátkodobou paměť, protože někteří zapomínají až příliš rychle.
COVI-kávička 13.5.: 45 nových případů. Komentář
13. květen 2020
Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/7847-covi-kavicka-13-5-45-novych-pripadu-komentar.html
45 (-8 oproti předcházejícímu dni) nových případů za 12. 5. Velmi příznivý výsledek.
Velmi mírný nárůst počtu hospitalizovaných ke dni 11. 5. na 236 (+3) oproti předcházejícímu dni.
Jak to vidím
Začíná boj o Německo?
Nárůst reprodukčního čísla R na hodnoty vyšší než jedna není záhadou. Spíše svědčí o tom, že se v německých regionech začínají líhnout nebezpečnější mutace COVID-18.
Připomenu z 9. května:
"Doprovodné riziko spočívá v tom, že velké, silné a vlivné země (včetně US, RF, Francie, Británie), které budou výrazně nebezpečnými mutacemi viru postiženy, se budou snažit vtáhnout co nejvíce zemí do následování svého vývoje (proto je pro nás velmi významná spolupráce s okolními zeměmi a sledování vývoje v Německu, které se může dostat do situace mezního hráče)."
Viz: https://radimvalencik.pise.cz/7843-karty-rozvavaji-mutace-covid-19-ne-promorovaci.html
Vývoj v Německu bude v jednotlivých regionech patrně velmi diferencovaný?
V kontextu výše uvedeného toto může být problém:
https://www.novinky.cz/koronavirus/clanek/autobusy-zacnou-jezdit-nejdriv-do-nemecka-40323678
Uvažuje se i rozumnější alternativa ČR-SR-Rakousko:
Slovensko už také přemýšlí o postupném otevírání hranic, nejprve zřejmě těch s Českem. "Velmi intenzivně se s Andrejem Babišem v posledních dnech bavíme o tom, že bychom chtěli vytvořit opět takové Československo v rámci Evropy, aby ty první hranice, které padnou v rámci střední Evropy, byly mezi Slovenskem a Českem," řekl Matovič serveru Pluska.sk."
https://www.novinky.cz/koronavirus/clanek/slovaci-zkrotili-vir-i-tvrdou-statni-karantenou-40323691
Další skvělé Flegrovka:
Milý Micíku, jestlipak víš, proč jsou RNA viry, třeba právě koronaviry, na nás obvykle zlejší než DNA viry? Že ne? Tak nastav ouško, ano, jedno stačí, a poslouchej.
Tuhle jsme si povídali o superinfekcích. Při nich se dostane do jednoho hostitele dva nebo více geneticky odlišných kmenů parazita. Ty pak mezi sebou vlastně závodí, který z nich stihne nakazit víc nových hostitelů do doby, než jim ten jejich zemře, nebo než se uzdraví. Při jednoduché infekci si může parazit svého hostitele šetřit a rozmnožuje se proto pomalu. Říkáme, že si optimalizuje rychlost množení, aby tím maximalizoval své reprodukční číslo. Při superinfekci se parazitům jakékoli ohledy na zdraví hostitele nevyplácí. Proč by si měli svého hostitele šetřit a množit se kvůli tomu pomalu, když jim ho v mezičase zabije méně ohleduplný, rychle se množící konkurent? Při superinfekci zvítězí – tedy zanechají nejvíce potomků – ti paraziti, kteří se rozmnožují maximální, nikoli optimální rychlostí.I proto je tak důležité pomocí roušek a omezování hromadných akcí snižovat riziko, že bude jedinec nakažen větším množstvím kmenů parazita současně, tedy že bude docházet k superinfekcím. Pomalé promořování populace je pro nás zkrátka z mnoha důvodů mnohem lepší než promořování rychlé.
Úplně stejný důsledek jako superinfekce mají mutace. Při superinfekcích přicházejí geneticky odlišní konkurenti zvenku, při mutacích vznikají v důsledku chyb při kopírování nukleových kyselin přímo mezi potomky parazita. Při kopírování RNA vzniká víc chyb než při kopírování DNA. Proto viry, co mají geny zapsané v RNA (RNA viry), mutují mnohem rychleji než viry, co mají geny zapsané v DNA (DNA viry). Někteří z mutantů jsou zlejší, někteří naopak hodnější než jejich rodič. Ti zlejší, co se množí rychleji, se ovšem do okamžiku smrti či uzdravení hostitele namnoží více a nakazí tak víc hostitelů. Ti úplně nejzlejší, co by svého hostitele zabili skoro okamžitě, však mají také smůlu – nakažený jedinec obvykle stihne nakazit méně než jednoho nenakaženého, a tak se nákaza v populaci nemůže šířit. Závod nakonec vyhraje ten mutant, který má ze všech největší rychlost množení, a přitom ještě stihne nakazit alespoň jednoho nenakaženého – má reprodukční číslo alespoň o ždibíček vyšší než 1. Čím rychleji určitý druh parazita mutuje, tím častěji dochází uvnitř těla hostitele k závodu o co nejvyšší rychlost množení a v důsledku toho o co nejvyšší virulenci.
Tak, Micíku, to je pro dnešek všechno. Teď se běž popelit na sluníčko na dvorek. A ne abys zase pokousal sousedovic kocourka Jonáška. To hodní kocouři nedělají. Aspoň do včerejška jsem si to myslel.
ĺvinko, kočko jedna přemoudřelá, hned se přestaň mračit. O mutátorech jsem Micíkovi neřekl schválně, aby se jich nebál. Ty jsi na mě tuhle syčela, tak ti o nich za trest povím. Mutátoři jsou většinou paraziti, kterým zmutoval některý gen řídící přesnost kopírování DNA či RNA. V důsledku toho mutují třeba stokrát častěji než nemutátoři. Druhy parazitů, u kterých se mutátoři vyskytují častěji, mívají v průměru vyšší virulenci (jsou zlejší) než druhy jiné. Hlavní nebezpečí mutátorů spočívá v tom, že se u nich mnohem častěji může u jednoho jedince vyskytnout více mutací najednou. Jestliže má totiž mutátor 100 větší pravděpodobnost vzniku jedné mutace než nemutátor, má automaticky i 10 000 větší pravděpodobnost současného vzniku dvou mutací než nemutátor.
Pro vznik evoluční novinky je občas nutný současný vznik několika mutací. Jedinci s kteroukoli z nich se množí pomaleji než jedinec bez mutace. Když se však příslušné mutace vyskytnou současně, bude se příslušný mutant množit mnohem rychleji a bude tak škodit mnohem více. U nemutátorů je současný výskyt několika mutací vzácný, kdežto u mutátorů k němu tu a tam dojde. Jakmile tedy v těle hostitele vznikne mutací genu pro opravu DNA nebo RNA mutátor, hrozí nebezpečí vzniku mimořádně zlé varianty parazita.
Neříká se mi to ĺvinko úplně snadno, ale slavný remdesivir sice hlavně způsobuje zastavení replikace virové RNA, ale mohl by i zvyšovat mutační rychlost. Pacientovi se díky tomu uleví, hrozí však riziko, že v jeho těle budou vznikat varianty viru, které by za běžných podmínek vzniknout vůbec nemohly. Při klinickém využití tohoto léku tak musí být lékaři velmi opatrní, aby nechtěně "nevypustili Krakena", nezpůsobili vznik extravirulentního kmenu parazita. Spokojená? Tak a teď jdi a nesyč více.
K tomu:
Velmi dobré a se spoustou invencí. Upozornění na rizika remdesiviru je zcela oprávněné. Koronavir si může jeho přítomnost "přečíst" jako přítomnost konkurenta a spustit alternativu "zlého" chování.
Pohled na chování viru prizmatem evoluční teorie her je nesmírně užitečný. Problém je v tom, že nemáme dost pozorovacích prostředků, abychom vývoj drobných mutací a jejich vzájemné vztahy sledovali. Technika by to zčásti umožňovala, ale kapacity nás omezují. Nezbývá než apelovat na to, abychom je zaměřili příslušným směrem. Bude to moc potřeba.
Vynikající stránky k epidemii COVID-19 jsou tyto:
https://www.facebook.com/groups/208008770285228/
Najdete na nich původní rozbory, shrnující informace, zajímavé diskuse, dílčí příspěvky. Stránka vznikla "zdola", z iniciativy lidí různé odbornosti, kteří se na ní postupně sešli. Člověk si musí umět vybrat, ale nikde jinde nenajde tak všestranný zdroj informací. Doufám, že se někdy brzy dostanu k tomu, abych udělal průvodce těmito stránkami.
Co se děje ve světě:
Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:
https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries
Další významné zdroje o dění ve světě:
https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441
https://ourworldindata.org/coronavirus
První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.
Graf šíření mutuací
https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114
Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:
Nejdůležitější je tento graf:
Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.