COVI-kávička : ČR +244 US +55148. Komentář

Česká republika:  +244nových případů (vysoký, ale nikoli tragický přírůstek)

Spojené státy:    +55148 nových případů (setrvalá, ale dost vysoký stav).

Nejhorší situace je v Kolubii, kde je přírůstek zase přes 10 tisíc, a tradičně v Brazílii a Indii, kde se pohybují kolem 55 tisíc. Izrael rovněž stále vysoké, již několik dní přes 1,7 tisíce

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

COVI-majdan: Už připravují ordnery?

Dal jsem na FB odkaz na tuto správu s otázkou, kde se v lidech bere tolik agresivity:

"Mladá policistka na předměstí Melbournen spatřila ženu bez roušky. Požádala ji, aby si ústa zakryla. Žena neposlechla a vrhla se na policistku. Strhla ji k zemi, chytila ji za vlasy a několikrát její hlavou tvrdě udeřila o zem. Policistka skončila v nemocnici s otřesem mozku. Útočnice také šestadvacetileté strážkyni zákona vytrhla hrst vlasů. Chumáč pak podle viktoriánské policie triumfálně třímala ruce."

Zdroj: https://www.idnes.cz/zpravy/zahranicni/australie-melbourne-karantena-policie-obcane-utok-koronavirus-nakaza.A200804_142450_zahranicni_jhr?zdroj=vybava_recombee

Netušil jsem, opravdu jsem netušil, že se mohou objevit i takové reakce:

Jiří Havelec: "Vůbec se jim nedivím, protože nechtějí nosit roušky a plnit nesmyslná nařízení!!!"

František Stočes:"Např. nařízení nosit roušky i venku je naprostá a zdraví nebezpečná zhovadilost."

Banomír Vacek:"Protože nosit roušky a věřit, že ochrání, je idiocie."

https://www.facebook.com/radim.valencik/posts/10214609357108140?comment_id=10214609811119490¬if_id=1596618664901455¬if_t=feed_comment&ref=notif

Nezbývá mě, než znovu položit otázku: Kde se v těch lidech, kteří schvalují takovou brutalitu s argumentem přinejmenším sporným, VZALO TOLIK ZLA, TOLIK NENÁVISTI?!

Něco není v pořádku. Podle mě to svědčí o tom, že se podařilo některé lidi zmanipulovat až do podoby ordnerů, kteří ztratili zábrany. Když říkám, že ve státech, které zvládají koronavirou epidemii, se připravuje COVI-majdan, asi nepřeháním.

K ekonomické situaci

Z časopisu "!Argument":

Nebezpečný moment pro světovou ekonomiku

Úvodník Financial Times se věnuje tématu nárůstu případů nemoci COVID-19 v Evropě. Pandemie podle novin nikam nemizí.

Světová ekonomika se nachází v těžké situaci. Snahy obnovit ekonomický život vedly k opětovnému nárůstu nakažených, jak ukazuje Evropa, kde byla pandemie pod kontrolou. Vakcína může nastoupit až za několik měsíců. Centrální banky už toho moc nezmohou a vlády už nyní začínají mít obavy z nárůstu dluhu.

Austrálie, Japonsko, Izrael či Německo, země, které vypadaly, že virus zkrotily, zažívají druhou vlnu nákazy. Jediný Nový Zéland, který se odříznul od zbytku světa, se vrací k něčemu, co by se dalo nazvat normálem.

Škody jsou značné. USA zaznamenaly rekordní propad ekonomické aktivity – roční propad ve II. čtvrtletí byla třetina národního příjmu USA. Zřejmě k odlákání pozornosti od tohoto výsledku, začal prezident Donald Trump spekulovat o možnosti odložit listopadové prezidentské volby.

Evropské země také zaznamenaly špatná čísla, Německo (nikoliv na roční bázi) propad o 10 %, Francie a Španělsko vykázaly ještě horší čísla.

Centrální banka USA, FED došel k názoru, že budoucí vývoj ekonomiky závisí na tom, jak se podaří ukočírovat pandemii. Za dodržování sociální distance a dalších opatření se nedá moc očekávat apetit spotřebitelů, ani investiční aktivity.

Pak tedy zbývá vláda, která si bude muset půjčovat a utrácet, tvrdí noviny. Snad nebude druhá vlna tak hrozná jako první. Řada firem už je schopná v "novém režimu" fungovat, i když centra řady evropských měst jsou dnes jak města duchů.

Už víme, jak s virem zacházet a jak ochránit ty nejzranitelnější skupiny. Současný růst případů je připisovaným mladým lidem, kteří rádi cestují, užívají si, ale sami nemají obvykle těžký průběh nemoci. Pandemii jsme neporazili, ale zdravotnicky jsme udělali pokrok, píše úvodník.

Uzavření ekonomiky virus zpomalilo, ale dokud nebude vakcína, nemůžeme doufat v plný návrat k normálu. Boj proti koronaviru je vyčerpávající, ale bohužel, není stále za námi.

Viz: https://casopisargument.cz/?p=30774

Důležitý článek českých vědců o taktice našeho viru – 6. část

Uveřejňuji na několik pokračování vybrané pasáže článku českých vědců, které byly nedávno publikované v prestižním impaktovaném časopisu "Nature Communications". Dává určitý přehled o tom, co o našem viru víme, metody, kterými zkoumáme jeho strukturu, odhaluje jednu z forem jeho "maskování" a snaží se na základě toho vyvinout způsob léčby (látku, kterou by jeden z klíčových prvků replikace našeho viru mohl být zasažen jako cíl).

O uvedeném článku je informace v češtině s mým krátkým komentářem zde:

https://radimvalencik.pise.cz/8149-covi-kavicka-30-7-cr-278-us-66971-komentar.html

Podle mého názoru, který vychází z hypotézy třísložkové evolučně stabilní strategie našeho viru, se jedná nikoli o kamufláž, ale o součást komplexu mechanismů, které byly výsledkem dlouhodobého evolučního směřování soužití s našeho viru s hostitelem. Další mechanismy vedou k tomu, že původní kultura našeho viru "spásá" buňku, v níž hostuje a replikuje se, pomalým způsobem, takže neškodí organismu a nevyvolává ani imunitní reakcí při úmrtí buňky. Zde je podrobněji o třísložkové evolučně stabilní strategii našeho viru:

Evolučně stabilní strategie našeho viru se tedy skládá ze tří složek:

1. Základem evolučně stabilní strategie je strategie "pomalého spásání pastviny", resp. šetrného chování k hostiteli. Patrně takového, při kterém imunitní systém na přítomnost a množení našeho viru vůbec nereaguje.

2. Doplňující obrannou strategií, kterou spouští, když zjistí, že v napadeném organismu je mutace jeho vlastního kmene, která porušila "kmenové tabu" a začala se k hostiteli chovat nešetrně. V tu chvíli nás virus také přejde do modu rychlého spásání, resp. co nejrychlejší replikace v hostiteli. "Odbrzdí se", přechází do excitovaného, zdivočelého stavu.

3. Navazující korekční strategii, kterou zkouší, zda je ještě přítomna mutace, která porušila kmenové tabu (zda byla vytlačena nebo uklidnila). Vysílá vstřícný signál pomalého spásání, ovšem podle toho, jaká je reakce prostředí, je zase připravena přejít k obranné strategii rychlého spásání, resp. nešetrného chování k hostiteli.

Poznámka k jednomu aspektu praktického významu výše uvedeného:

V případě třetí složky strategie a návratu k první složce musí být náš virus evolucí kalibrován velmi přesně:

- Příliš včasné a časté vysílání vstřícných gest poskytuje zvrhlé mutaci (té, která je v modu rychlého spásání) příliš velký prostor pro replikaci a případnou dominanci.

- Nedostatečná tendence k uklidnění může vést k tomu, že dojde k lokálnímu zániku hostitele a tím i našeho viru.

Velmi špatná situace by pro nás (lidi) nastala, pokud by byl náš virus evolucí kalibrován dynamicky, tj. čím více by byl "zklamán" tím, že nedochází k pozitivní odpovědi na vstřícná gesta vložená do strategie nešetrného chování k hostiteli, tím méně strategii vložení vstřícných gest používá.

Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8086-covi-kavicka-12-7-cr-53-us-61719-komentar.html

Autoři článku pozornost zaměřují na to, kde by mohl být náš virus zranitelný. Mnohem zajímavější by bylo, pokud by svoji pozornost zaměřili na otázku, jak je to se vztahem našeho viru k hypoteticky zkonstruované evolučně stabilní strategii. Základ této strategie (pomalé "spásání" hostitele) může realizovat (pokud je v normálním modu "pomalého spásání"):

- Velmi selektivním výběrem buněk, které napadá.

- Pomalou a úspornou replikací v nich.

V jeho struktuře by pak byly "brzdné mechanismy", které by se metodami používaným při odhalení "maskovací čepičky" patrně daly též odhalit (pokud by existovaly).

Vybrané pasáže z článku uveřejňuji mj. proto, že jsou velmi užitečné pro širší okruh čtenářů:

1. Dávají určitou představu o tom, co již víme a jak postupuje věda při výzkumu v dané oblasti.

2. Prakticky vylučují možnost, že by epidemie našeho viru byla jen "mediální humbuk" (to si může myslet jen nedouk, který nemá o fungování současné vědy, při všech jejich problémech a pokusech ji ovlivnit, ani potuchy).

Vybrané pasáže z článku odlišuji fialovou barvou. Obrázky jsou převzaté z článku.

Z článku:

Strukturální analýza komplexu SARS-CoV-2 methyltransferázy, který se podílí na tvorbě čepičky RNA, vázaný na sinefungin
Petra Krafčíková, Jan Silhan, Radim Nenčka a Evzen Boura
Publikováno v Nature Communications, svazek 11, číslo článku: 3717 (2020)

(Pokračování)

Diskuse

Velikost RNA genomu koronavirů je omezena mnoha faktory, např. (In) stabilitou RNA, věrností RdRps a jeho schopností korigovat nadměrné mutace a omezeným prostorem pro nukleovou kyselinu uvnitř kapsidy. Proto je každý virový enzym potenciálním léčivým cílem, protože RNA viry nemají možnost kódování nepodstatných doplňkových proteinů. V této studii jsme strukturálně analyzovali SARS-CoV-2 2'-O-ribosu methyltransferázu, základní enzym podílející se na tvorbě čepičky RNA, který zajišťuje stabilitu virové RNA, protože nemetylovaná RNA umístěná v cytoplazmě, je náchylná k degradaci a nemůže být efektivně replikována. Naše analýza odhalila celkovou násobnou podobnost komplexů SARS a SARS-CoV-2 nsp10-nsp16 (RMSD = 0,747) a také vysokou míru zachování vazebného místa SAM mezi koronaviry, ve skutečnosti všechny zbytky, které se účastní vazby ligand-vodík jsou mezi SARS, SARS-CoV-2 a MERS absolutně zachovány. Struktura kokrystalu, kterou jsme získali, však není s přírodním donorem methyl, SAM, ale s inhibitorem pan-MTázy sinefunginem.

Je zajímavé, že MTAS nps16 není aktivní bez pomocného proteinu nsp10. Mechanismus aktivace nsp16 je nezjistitelný, protože nemáme strukturu neomezeného koronavirového proteinu nsp16. Strukturální analýza proteinu SARS-CoV nsp10 v nezávazné formě a v komplexu s nsp16 neodhalí žádnou významnou konformační změnu nsp10 po vazbě nsp16. Očekává se proto, že nsp10 indukuje konformační změnu MTAS nsp16, která přepíná nsp16 v produktivní enzym, ačkoli přímý důkaz zatím chybí. Rozhraní nsp10-nsp16 je v zásadě léčivým cílem. Avšak vzhledem k velké ploše tohoto rozhraní a složité síti vodíkových vazeb a hydrofobních interakcí je nepravděpodobné, že by na ni mohla být zaměřena malá molekula podobná léčivu.

Struktura komplexu nsp10-nsp16 odhaluje několik důležitých faktorů, které lze využít k cílení instalace virového víčka na rodící se virovou molekulu RNA v terapeutickém designu. Komplex nsp10-nsp16 musí být schopen vázat dříve zavedený methylovaný GTP a rozpoznat alespoň první nukleotid řetězce RNA, jakož i substrát pro methylační reakci, SAM. Na základě pozice sinefunginu v naší struktuře je zřejmé, kde se oba tito reakční partneři váží na nsp16. Tato dvě vazebná místa tvoří přesně definované kaňony ve struktuře nsp16, jak je vidět na obr. 5. Vazebné místo pro sinefungin musí být v přímém kontaktu s 2'-hydroxylovou skupinou na prvním nukleotidu po úvodní methylované GTP skupině. Zejména chirální aminoskupina na C6 'sinefunginu musí být směrována k vazebnému místu RNA cap. Proto modifikace této části molekuly, založené na racionálním uspořádání struktury, vedly k přípravě vysoce aktivních inhibitorů různých MTas, jak bylo ukázáno dříve na různých derivátech souvisejících se sinusungem.

Také podrobné znalosti aminokyselinové části na vazebném místě sinefunginu jsou nesmírně důležité pro návrh potenciálních léčiv SARS-CoV-2, protože možný design specifických bioisosterů aminokyselinového skafoldu může hrát zásadní roli ve vývoji buněčné propustné sloučeniny jako potenciální inhibitory této esenciální MTasy.

Dále jsme se snažili zjistit, zda by inhibitor SERS-CoV-2 MTázy mohl být potenciálně aktivní proti jiným virům. Provedli jsme strukturální zarovnání SARS-CoV-2 MTázy s SARS-CoV MTasou (obr. 6a) a se virem Zika (ZIKV) MTase (obr. 6b) 26. Strukturální srovnání ukazuje vysokou konzervativnostn aktivního místa MTázy mezi SARS-CoV a SARS-CoV-2, ale spíše nízké zachování tohoto místa mezi Zázy MTV ZIKV a SARS-CoV-2. Tato zjištění ukazují, že by měl být proveditelný vývoj inhibitoru MTázy proti více druhům koronavírusů, vývoj inhibitoru MTázy proti koronovým a flavivirům je však spíše nepravděpodobný, pokud by to nebyl promiskuitní inhibitor, který by se podobal substrátu, jako je sinefungin. Mezi koronovými a flaviviry jsou však zachovány dva páry zbytků: (i) Zika Asp114 a CoV-2 Asp131, které vytvářejí vodíkovou vazbu s adeninovou bází, která je nezbytná pro její rozpoznání, a (ii) Zika Asp130 a CoV-2 Asp146. které jsou blízké methylačnímu reakčnímu centru a důležité pro katalýzu. To také ukazuje, že existuje významná lipofilní dutina v těsné blízkosti adeninové nukleobázy sinefunginu jak v SARS-CoV-2, tak v ZIKV MTase. V případě flavivirových MTáz se ukázalo, že tato část enzymu může být účinně zacílena inhibitory MTasy bez ovlivnění lidských proteinů. Věříme proto, že tato část proteinu nsp16 může hrát velmi důležitou roli v budoucím návrhu terapeutik COVID-19. Přestože ještě existuje dlouhá cesta, a to prostřednictvím předklinického a klinického testování inhibitorů před jejich zavedením do klinické praxe, věříme, že tento výzkum poskytuje solidní základy.

Obr. 6: Strukturální zarovnání aktivních míst MTase ze SARS-CoV-2 s SARS-CoV a ZIKV.

a) SARS-CoV-2 a SARS-CoV MTase.

b) SARS-CoV-2 a ZIKV MTase. SARS-CoV-2 nsp16 je uveden v azurové, SARS-CoV nsp16 v béžové a ZIKV MTase v purpurové. Konzervované páry zbytků SARS-CoV-2 Asp114 a ZIKV Asp131 a SARS-CoV-2 Asp130 & ZIKV Asp146 jsou zvýrazněny šipkami.

Získali jsme krystalovou strukturu komplexu SARS-CoV-2 nsp10-nsp16, aktivovaného 2'-O-methyltransferse, který je nezbytný pro uzavření RNA během virového cyklu. Protože tento proces je nezbytný pro přežití viru a replikaci v buňkách, může být na základě této strukturální informace cílen chemickými sloučeninami.

(Závěr uveřejněné části článku)

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Nejdůležitější je tento graf:

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)