COVI-kávička : ČR +210 US +48622. Komentář

Česká republika:   +210 nových případů (maličko lepší než minulý týden)

Spojené státy:    +48622 nových případů (další nízký přírůstek než předcházející den). Začíná obrat k lepšímu?

Problémy kromě Indie hlavně Kolumbie, která má zase přes 10 tisíc a Izrael, který se stále potýká s vysokými nárůsty (+1616)

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

Dobrá reflexe včerejší tiskovky:

Lenka Goldšmídová:

Koukám na Duškovu prezentaci znova. Chce to trochu koukat nezúčastněně. Dovolte mi zamyšlení. Buďte shovívaví, jsem inženýr, ne filosof.

Vidím tam jasný záměr za každou cenu zdůraznit pozitivní, potlačit negativní. A celkem to neni zásadně v nepořádku, zas nemusíme úplně rozdmychávat nějaké drobné pochybnosti, a vyloženě pravdu nezamlčuje. Ale on to nějakým způsobem nedělá dobře, udělal v tom strašně fatálních chyb.

1. Některý věty a interpretace rozhodně přehnal tak, že to jeho vystoupení, byť třeba i sedmdesát procent bylo v pořádku, dostává těmi třiceti procenty úplně jiný náboj. Když vy čekáte na informace k viru, tak přeskočíte všechno, co se ho netýká. Všimnete si věty "jako každý jiný vir". A vůbec jste nezaregistrovali, že před chvílí sám přiznal, že tento "běžný vir" ho překvapil tím, že se šíří masivně v létě. Ať už záměrně, nebo tím, že to neumí, tyto dvě věci, místo aby je spojil, tak je ve svém projevu úplně oddělil, a tím zvýšil nebezpečí, že si zapamatujeme jen jednu. Chřipečkáři tu první, alarmisti tu druhou. A přitom pravda je uprostřed, není ani běžný, šíří se nečekaně, ale zas není nic divného na tom, že nemizí, když ho šíříme a nějak se před ním extra nechráníme. A Dušek obojí řekl, jen blbě.

2. Některé informace úplně vynechává, protože mu házejí vidle do jeho záměru. Takže se vůbec nezmiňuje o situaci ve světě, protože by nemohl říct, že je dobrá. A on chce upozornit hlavně na to, že u nás dobrá je. A to má pravdu, zatím fakt není nějak extra špatná. My si to zapamatujeme, což je správně. Ale nejsme papoušci, takže tuto informaci začneme interpretovat. A když nám on s tou interpretací nepomůže, protože nechce strašit tím, kdo nám co přinese z dovolené, tak my si to můžeme interpretovat i špatně. Třeba jako chřipečkáři, že je tu všechno trochu zveličené. Vynecháním upozornění na to, co to všechno může zvrátit, jako by prakticky řekl, že už to nic nezvrátí. Kdyby chtěl říci něco jiného, tak by to přece řekl, nebo ne?

3. Mezi větami nemastnými a neslanými pak ty kategorické nejvíce vystoupí do popředí. Můžou tam mít hygieničky hezký varovný proslov, jak ještě zvládáme, ale když si to posereme, tak už nebudeme. A Dušek mezitím připomíná, že nemoc má dlouhou inkubační dobu a že v průběhu tří týdnů se ještě může projevit, čeho jsme si teď nevšimli. Až když pak vystoupí nakonec Černý s optimistickým projevem, jak všechno zvládáme s přehledem a rezervou, tak ostatní se vedle něj zdají, jako by vlastně nic nevěděli jistě a jejich názory tudíž chápeme jako méně důležité. A přitom ani Černý nic nelakoval na růžovo, v jeho oboru situace skutečně nad míru dobrá je, hospitalizovaných a těžkých máme málo a je to jisté. A vůbec jsme si neuvědomili, že dvě třetiny prezentujících mluvily o tom, že to dobré vůbec být nemusí, jen to neřekli tak jasně, protože nejistota se nedá spočítat a ukázat na grafu.

4. Některý data buď záměrně, nebo pro zkrácení Dušek prostě bere hopem, takže to vypadá, že je chce skrýt. Takže třeba nám docela dobře vysvětlil, proč Praha už není oranžová, totiž že R trasováním pokleslo z 1,88 na 1,4. Ale na druhou stranu poměrně rychle přešel, i když nevynechal, že ve Středočeském kraji je R taky 1,4. Ono to asi není totéž, protože v Praze je z toho 18 procent komunitní šíření a v těch středních Čechách asi dotrasovali všechny a navíc 40 (tedy nejspíš všětšina) z nich má vazbu na Techtle Mechtle, tak to číslo logicky bude podobný. Ale tím se vůbec nezdržoval a zanechal nás hloubat, proč to nepovažuje za divný, že se Středočeský kraj blíží Praze. Která, jak v jiné části poznamenává, byla a vždycky bude horší.

Uvedu na závěr příklad. Dušek vykládá, že některá data bychom neměli vůbec sledovat, protože nejsou důležitá, a měli bychom sledovat jiná. A jako jedno z těch opravdu NEdůležitých uvádí počet aktuálně pozitivních! A my si říkáme pitomost, to je to nejdůležitější číslo. Odvíjí se od toho, kolik lidí aktuálně nepracuje, jak se to u nás šíří, kolik lidí se mohlo s nemocným setkat, jak to rychle stoupá. Ale Dušek tím nechce polemizovat s tímto názorem, ba naopak, nabízí ukazatele, které to vyjádří dokonce lépe!

A teď udělá chyby.

Chyba ad 1) prohlásí, že ti pozitivní nejsou nemocní. Je úplně jedno, že ve zbytku sdělení vysvětluje, že to jsou i ti, kterým už jen dobíhá ta povinna 14 denní karanténa, nebo čekají na závěrečný test, takže už virus porazili, čili opravdu už nejsou nemocní ani nosiči. My si zapamatujeme tu blbě formulovanou větu a toho zbytku si už nevšimneme.

Ad 2) nepoužije nic, co by se podobalo termínu bezpříznakový nosič, takže jakoby podporuje to, že ho nezajímají jiné kategorie, než pozitivní a nemocný. Až dokud nám nedojde, že právě mluví o tom, že počet aktuálně pozitivních pacientů není důležitý. Protože to jsou ti, které už jsme objevili. A teprve o pár vět dál mluví o tom, že důležití jsou ti, které jsme neotestovali, a tedy podíl pozitivních záchytů z provedených testů. Čili jinými slovy bezpříznakoví nosiči, kteří nejsou pod karanténou, jsou pro něj naopak ti nejdůležitější. Jen to neřekl přímo.

Ad 3) Zapamatujeme si tu hlavní informaci, že důležité je pro Duška, kdo je v nemocnici, a že zbytek není důležitý. A přitom si vůbec nevšimneme, že on celou dobu mluví o riziku pro šíření do populace. A tady má naprostou pravdu, že počet osob aktuálně pozitivních není pro šíření do populace důležitý, protože ty jsou izolovaný doma a nikam to nešíří (pokud neporušují zákony). Ale právě až s výjimkou těch hospitalizovaných, který to mohou přenést na personál. A nezapamatujeme si už to, že pro něj to je důležité z hlediska šíření viru, nikoliv z toho důvodu, že by mu bylo u zadku, kolik z těch pacientů bude mít trvalé následky. K tomu se vůbec nevyjadřoval.

Ad 4) Na začátku řekne, že není důležitý počet aktuálně pozitivních. My se divíme, co to blábolí. A on si to možná uvědomí též, protože honem rychle začne vysvětlovat, proč nejsou důležitý. A to, co je důležitý, už pak vezme hopem. Totiž místo počtu aktuálně pozitivních on má podrobnější ukazatel, kterému dal ale nic neříkající název: "významnost eskalace trendů a forma šíření nemoci" a už z principu ho asi nejde kvantifikovat jedním číslem. Tenhle ukazatel by naopak měl vysvětlit podrobně, mít na to tabulky, a když je tak důležitý a smysluplný, o čemž není pochyb, tak ať ho uvádějí místo toho nic neříkajícího čísla přibývajících nakažených. Ale to asi neumí. Tak nám holt nic jiného asi nezbyde než ty jejich "nic neříkající" čísla, když nám lepší nedají.

K tomu:

https://koronavirus.mzcr.cz/wp-content/uploads/2020/08/Aktu%C3%A1ln%C3%AD-epidemiologick%C3%A1-situace-k-3.-8.-2020.pdf

Postřehy:

Maxim První: Popírači a většina vědy si neuvědomují, že původci nemoci Covid-19 jsou dvě rodiny virů Sars-CoV2. První rodina degenerátů průběžně doplňovaná novými degeneráty a druhá rodina odpadlíků od degenerátů rozumně se vracející k původní stabilní životní formě v souladu s Matkou přírodou. Ti viroví degeneráti se už znova chystají s příchodem podzimu na hloupé popírače, potom jim tu jejich blbost spočítají.

Ode mne: Je to o zvládnutí udržení cesty k evolučně stabilní strategii lidské pospolitosti. Pod vlivem našeho viru se svět brzy rozdělí na dvě části, které se budou od sebe izolovat. A to právě podle toho, zda zvládnou epidemii či ne. Ještě před tím projdeme my a řada dalších zemí pokusem o COVI-majdan organizovaný popírači.

Důležitý článek českých vědců o taktice našeho viru – 4. část

Uveřejňuji na několik pokračování vybrané pasáže článku českých vědců, které byly nedávno publikované v prestižním impaktovaném časopisu "Nature Communications". Dává určitý přehled o tom, co o našem viru víme, metody, kterými zkoumáme jeho strukturu, odhaluje jednu z forem jeho "maskování" a snaží se na základě toho vyvinout způsob léčby (látku, kterou by jeden z klíčových prvků replikace našeho viru mohl být zasažen jako cíl).

O uvedeném článku je informace v češtině s mým krátkým komentářem zde:

https://radimvalencik.pise.cz/8149-covi-kavicka-30-7-cr-278-us-66971-komentar.html

Podle mého názoru, který vychází z hypotézy třísložkové evolučně stabilní strategie našeho viru, se jedná nikoli o kamufláž, ale o součást komplexu mechanismů, které byly výsledkem dlouhodobého evolučního směřování soužití s našeho viru s hostitelem. Další mechanismy vedou k tomu, že původní kultura našeho viru "spásá" buňku, v níž hostuje a replikuje se, pomalým způsobem, takže neškodí organismu a nevyvolává ani imunitní reakcí při úmrtí buňky. Zde je podrobněji o třísložkové evolučně stabilní strategii našeho viru:

Evolučně stabilní strategie našeho viru se tedy skládá ze tří složek:

1. Základem evolučně stabilní strategie je strategie "pomalého spásání pastviny", resp. šetrného chování k hostiteli. Patrně takového, při kterém imunitní systém na přítomnost a množení našeho viru vůbec nereaguje.

2. Doplňující obrannou strategií, kterou spouští, když zjistí, že v napadeném organismu je mutace jeho vlastního kmene, která porušila "kmenové tabu" a začala se k hostiteli chovat nešetrně. V tu chvíli nás virus také přejde do modu rychlého spásání, resp. co nejrychlejší replikace v hostiteli. "Odbrzdí se", přechází do excitovaného, zdivočelého stavu.

3. Navazující korekční strategii, kterou zkouší, zda je ještě přítomna mutace, která porušila kmenové tabu (zda byla vytlačena nebo uklidnila). Vysílá vstřícný signál pomalého spásání, ovšem podle toho, jaká je reakce prostředí, je zase připravena přejít k obranné strategii rychlého spásání, resp. nešetrného chování k hostiteli.

Poznámka k jednomu aspektu praktického významu výše uvedeného:

V případě třetí složky strategie a návratu k první složce musí být náš virus evolucí kalibrován velmi přesně:

- Příliš včasné a časté vysílání vstřícných gest poskytuje zvrhlé mutaci (té, která je v modu rychlého spásání) příliš velký prostor pro replikaci a případnou dominanci.

- Nedostatečná tendence k uklidnění může vést k tomu, že dojde k lokálnímu zániku hostitele a tím i našeho viru.

Velmi špatná situace by pro nás (lidi) nastala, pokud by byl náš virus evolucí kalibrován dynamicky, tj. čím více by byl "zklamán" tím, že nedochází k pozitivní odpovědi na vstřícná gesta vložená do strategie nešetrného chování k hostiteli, tím méně strategii vložení vstřícných gest používá.

Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8086-covi-kavicka-12-7-cr-53-us-61719-komentar.html

Autoři článku pozornost zaměřují na to, kde by mohl být náš virus zranitelný. Mnohem zajímavější by bylo, pokud by svoji pozornost zaměřili na otázku, jak je to se vztahem našeho viru k hypoteticky zkonstruované evolučně stabilní strategii. Základ této strategie (pomalé "spásání" hostitele) může realizovat (pokud je v normálním modu "pomalého spásání"):

- Velmi selektivním výběrem buněk, které napadá.

- Pomalou a úspornou replikací v nich.

V jeho struktuře by pak byly "brzdné mechanismy", které by se metodami používaným při odhalení "maskovací čepičky" patrně daly též odhalit (pokud by existovaly).

Vybrané pasáže z článku uveřejňuji mj. proto, že jsou velmi užitečné pro širší okruh čtenářů:

1. Dávají určitou představu o tom, co již víme a jak postupuje věda při výzkumu v dané oblasti.

2. Prakticky vylučují možnost, že by epidemie našeho viru byla jen "mediální humbuk" (to si může myslet jen nedouk, který nemá o fungování současné vědy, při všech jejich problémech a pokusech ji ovlivnit, ani potuchy).

Vybrané pasáže z článku odlišuji fialovou barvou. Obrázky jsou převzaté z článku.

Z článku:

Strukturální analýza komplexu SARS-CoV-2 methyltransferázy, který se podílí na tvorbě čepičky RNA, vázaný na sinefungin
Petra Krafčíková, Jan Silhan, Radim Nenčka a Evzen Boura
Publikováno v Nature Communications, svazek 11, číslo článku: 3717 (2020)

(Pokračování)

Krystalografická analýza interakce nsp16-ligand

Elektronová hustota sinefunginu byla jasně viditelná po molekulární výměně. Sinefungin je vázán v kapse vázání SAM, která je lokalizována v kaňonu v rámci nsp16 (obr. 4). Přilehlá strana nsp10 je tvořena konci rovnoběžných listů P2, P3 a P4 a spirály a5 a a4. Opačné místo kaňonu vázajícího ligand je tvořeno vrstvou β6 a spirály a3 a a6. Vazebné místo ligandu lze také rozdělit na kapsy vázající nukleosid a aminokyselinu (methionin). Nukleosid tvoří vodíkové vazby s několika zbytky včetně Asp99, Asn101 a Asp114, zatímco aminokyselinová část je rozpoznávána Asn43, Asp130 a Lys170 (obr. 4b). Těchto šest zbytků je absolutně konzervováno mezi SARS-CoV-2, SARS a MERS (doplňkový obrázek 3), což zdůrazňuje význam methylace RNA pro koronaviry.

Obr. 4: Rozpoznání sinefunginu MTAS nsp16.

a) proteinový komplex SARS-CoV-2 nsp10-nsp16 vázaný na sinefungin (bílé tyčinky), nsp16 v povrchové reprezentaci (azurová), nsp10 v kreslené reprezentaci (oranžová) a zinečnaté ionty jako šedé koule.

b) Podrobný pohled na rozpoznávání sinefunginu, důležité aminokyselinové zbytky jsou znázorněny jako hůlky, vody jako červené koule a vodíkové vazby jsou znázorněny přerušovanou čarou.

(Pokračování)

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Nejdůležitější je tento graf:

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)