COVI-kávička : ČR +102 US +49038. Komentář

Česká republika:   +102 nových případů (víkendový výsledek)

Spojené státy:    +49038nových případů (téměř o 20 tisíc menší přírůstek než předcházející den). Rekordní pokles nových případů.

Poskočila Kolumbie na více než 12 tisíc nových případů. To je na zemi jen s 5x větším počtem obyvatelstva než ČR hodně.

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

Rozumný přístup na Slovensku:

Zatímco řada evropských států řeší, jestli u nich propukla druhá vlna koronavirové nákazy, Slovensko je zatím relativně v klidu. Denní přírůstek nakažených se pohybuje kolem 30 případů. Pro srovnání - v Česku aktuálně přibývá ve všedních dnech kolem 250 nakažených. Pomohlo nám zřejmě i to, že dál uvnitř nosíme roušky, připouští v rozhovoru pro Aktuálně.cz slovenský epidemiolog Marek Majdan.

Na Slovensku totiž platí plošná povinnost nosit roušku v uzavřených prostorách. Lidé si tak musí zakrývat nos a ústa v městské hromadné dopravě, ale i např. v supermarketech, obchodních centrech, kinech či hospodách.

"Roušky snižují riziko nákazy o 30 %. To je dost významné číslo," tvrdí Majdan, který působí na univerzitě v Trnavě. Podle něj ale nelze s jistotou říct, že právě díky rouškám jsou Slováci v boji s covidem tak úspěšní. "Roli hrají i další faktory, je velmi těžké vypíchnout jen jedno opatření."

Slováci si podle něj na roušky zvykli, žádná vyostřená veřejná debata se na toto téma neodehrála. Je tak velmi pravděpodobné, že východní sousedi už letos roušky uvnitř uzavřených prostor nesundají, připouští Majdan. Jak nahlíží na situaci v Česku? Za jakých okolností by turisté z České republiky začali být pro Slovensko nebezpeční? Podívejte se na rozhovor v úvodu článku.

https://zpravy.aktualne.cz/zahranici/prisne-slovensko-v-boji-s-covidem-vitezi-rousky-letos-nesund/r 03f08378d27411ea842f0cc47ab5f122/?utm_source=www.seznam.cz&utm_medium=sekce-z-internetu&fbclid=IwAR0Ajom_htIQ_Yo0V9nPMz6Ctw4blcCkT3QX2RY9RMpjbbExOf_XomKusBs#dop_ab_variant=368701&dop_req_id=1SrXatfFnAu-202007311447&dop_source_zone_name=hpfeed.sznhp.box

K tomu ode mne:

Je to rozumné. Tento problém by se neměl politizovat. Kdo hovoří o tom, že "nošení roušky je ztráta svobody", ten asi nikdy na své kůži skutečnou trátu svobody nepocítil:

Důležitý článek českých vědců o taktice našeho viru – 3. část

Uveřejňuji na několik pokračování vybrané pasáže článku českých vědců, které byly nedávno publikované v prestižním impaktovaném časopisu "Nature Communications". Dává určitý přehled o tom, co o našem viru víme, metody, kterými zkoumáme jeho strukturu, odhaluje jednu z forem jeho "maskování" a snaží se na základě toho vyvinout způsob léčby (látku, kterou by jeden z klíčových prvků replikace našeho viru mohl být zasažen jako cíl).

O uvedeném článku je informace v češtině s mým krátkým komentářem zde:

https://radimvalencik.pise.cz/8149-covi-kavicka-30-7-cr-278-us-66971-komentar.html

Podle mého názoru, který vychází z hypotézy třísložkové evolučně stabilní strategie našeho viru, se jedná nikoli o kamufláž, ale o součást komplexu mechanismů, které byly výsledkem dlouhodobého evolučního směřování soužití s našeho viru s hostitelem. Další mechanismy vedou k tomu, že původní kultura našeho viru "spásá" buňku, v níž hostuje a replikuje se, pomalým způsobem, takže neškodí organismu a nevyvolává ani imunitní reakcí při úmrtí buňky. Zde je podrobněji o třísložkové evolučně stabilní strategii našeho viru:

Evolučně stabilní strategie našeho viru se tedy skládá ze tří složek:

1. Základem evolučně stabilní strategie je strategie "pomalého spásání pastviny", resp. šetrného chování k hostiteli. Patrně takového, při kterém imunitní systém na přítomnost a množení našeho viru vůbec nereaguje.

2. Doplňující obrannou strategií, kterou spouští, když zjistí, že v napadeném organismu je mutace jeho vlastního kmene, která porušila "kmenové tabu" a začala se k hostiteli chovat nešetrně. V tu chvíli nás virus také přejde do modu rychlého spásání, resp. co nejrychlejší replikace v hostiteli. "Odbrzdí se", přechází do excitovaného, zdivočelého stavu.

3. Navazující korekční strategii, kterou zkouší, zda je ještě přítomna mutace, která porušila kmenové tabu (zda byla vytlačena nebo uklidnila). Vysílá vstřícný signál pomalého spásání, ovšem podle toho, jaká je reakce prostředí, je zase připravena přejít k obranné strategii rychlého spásání, resp. nešetrného chování k hostiteli.

Poznámka k jednomu aspektu praktického významu výše uvedeného:

V případě třetí složky strategie a návratu k první složce musí být náš virus evolucí kalibrován velmi přesně:

- Příliš včasné a časté vysílání vstřícných gest poskytuje zvrhlé mutaci (té, která je v modu rychlého spásání) příliš velký prostor pro replikaci a případnou dominanci.

- Nedostatečná tendence k uklidnění může vést k tomu, že dojde k lokálnímu zániku hostitele a tím i našeho viru.

Velmi špatná situace by pro nás (lidi) nastala, pokud by byl náš virus evolucí kalibrován dynamicky, tj. čím více by byl "zklamán" tím, že nedochází k pozitivní odpovědi na vstřícná gesta vložená do strategie nešetrného chování k hostiteli, tím méně strategii vložení vstřícných gest používá.

Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8086-covi-kavicka-12-7-cr-53-us-61719-komentar.html

Autoři článku pozornost zaměřují na to, kde by mohl být náš virus zranitelný. Mnohem zajímavější by bylo, pokud by svoji pozornost zaměřili na otázku, jak je to se vztahem našeho viru k hypoteticky zkonstruované evolučně stabilní strategii. Základ této strategie (pomalé "spásání" hostitele) může realizovat (pokud je v normálním modu "pomalého spásání"):

- Velmi selektivním výběrem buněk, které napadá.

- Pomalou a úspornou replikací v nich.

V jeho struktuře by pak byly "brzdné mechanismy", které by se metodami používaným při odhalení "maskovací čepičky" patrně daly též odhalit (pokud by existovaly).

Vybrané pasáže z článku uveřejňuji mj. proto, že jsou velmi užitečné pro širší okruh čtenářů:

1. Dávají určitou představu o tom, co již víme a jak postupuje věda při výzkumu v dané oblasti.

2. Prakticky vylučují možnost, že by epidemie našeho viru byla jen "mediální humbuk" (to si může myslet jen nedouk, který nemá o fungování současné vědy, při všech jejich problémech a pokusech ji ovlivnit, ani potuchy).

Vybrané pasáže z článku odlišuji fialovou barvou. Obrázky jsou převzaté z článku.

Z článku:

Strukturální analýza komplexu SARS-CoV-2 methyltransferázy, který se podílí na tvorbě čepičky RNA, vázaný na sinefungin
Petra Krafčíková, Jan Silhan, Radim Nenčka a Evzen Boura
Publikováno v Nature Communications, svazek 11, číslo článku: 3717 (2020)

(Pokračování)

Nsp10 lze rozdělit na dvě subdomény: helikální a-subdoména složená z helixů a1-a4 a a6 a β-subdoména složená ze dvou antiparalelních β-listů (nsp10 β1 a β2), krátká spirála a5 a několik stočených- cívkové regiony. Klíčovým rysem násobku nsp10 jsou dvě vazebná místa pro zinek. Jeden je tvořen třemi cysteinovými zbytky (Cys74, Cys77, Cys90) a histidinovým zbytkem (His83) a nachází se mezi helixy a2 a a3 a zdá se, že je stabilizuje v pozorované konformaci. Další vazebné místo pro zinek je tvořeno čtyřmi cysteinovými zbytky (Cys117, Cys120, Cys128, Cys130) a stabilizuje samotný C-konec proteinu nsp10.

Rozhraní dimeru nsp10-nsp16 je velké 1983 Á2 a je tvořeno spirálami nsp10 a2, a3, a4 a spirálově vinutou oblastí spojující spirálu a1 a vrstvu β1 (zbytky Asn40 až Thr49) a vnitřní stranu nsp16 J -motiv zahrnující listy P4 a spirály a3, a4 a a10 (obr. 3). Nsp10 a nsp16 interagují prostřednictvím velké sítě vodíkových vazeb často zprostředkovaných molekulami vody (doplňkový obrázek 2) nebo hydrofobními interakcemi. Dva zbytky Val42 a Leu45 z nsp10 jsou ponořeny do hydrofobních kapes tvořených helixy a3, a4 a a10 z nsp16 (obr. 3e). Nsp10 Val42 je ukotven v nsp16 hydrofobní kapse tvořené zbytky Met41, Val44, Ala73, Val78 a Pro80. Podobně je Leu45 ukotven v hluboké hydrofobní kapse tvořené nsp16 zbytky Pro37, Ile40, Val44, Thr48, Leu244 a Met247. Hlavní řetězec výše uvedeného nsp10 Leu45 se dále účastní dvou vodíkových vazeb. Karbonylová skupina vodíkových atomů Leu45 se váže přímo na Glu87 z nsp16, zatímco aminová skupina hlavního řetězce Leu45 je spojena se zbytkem Thr48 z nsp16 vodním můstkem zprostředkovaným vodíkovými vazbami. Mezi jinými interakcemi tvoří pozitivně nabitý Lys93 nsp10 tři vodíkové vazby se dvěma molekulami vody (vody # 54 a # 170). Překlenují nsp16 s dalšími vodíkovými vazbami s postranním řetězcem nsp10 Thr106 a karbonylovou skupinou hlavního řetězce nsp10 Ala107 a aminovou skupinou Ser105 (doplňkový obrázek 2). Toto velké a komplexní rozhraní vysvětluje pozorovanou stabilitu komplexu nsp10-nsp16.

Obr. 3: Rozhraní proteinového komplexu nsp10-nsp16.

a) Povrchová reprezentace proteinového komplexu nsp10-nsp16, kde je rozhraní označeno modře (nsp10) a žluté (nsp16).

b) Pohled zdola na rozhraní nsp10; box poskytuje lepší detaily. Zbytky rozhraní nsp10 jsou znázorněny modře.

c) Pohled shora na rozhraní nsp16 žlutě, kde jsou všechny zbytky rozhraní zobrazeny žlutě a zobrazeny podrobněji v poli.

d) Boční pohled na rozhraní nsp10-nsp16, další podrobnosti jsou uvedeny na doplňkovém obrázku 2. e Zbytek Leu45 ponořený do hydrofobní kapsy definované zbytky rozhraní Pro37, Ile40, Val44, Ala45, Thr48, Val84, Leu244 a Met247 z nsp16 (ilustrováno v částečně průhledném zobrazení rozhraní žlutě). Zapojení molekul rozpouštědla je znázorněno na doplňkovém obrázku 2.

(Pokračování)

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Nejdůležitější je tento graf:

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)