COVI-kávička : ČR +125 US +58429. Komentář

Česká republika:   +125 nových případů (jako víkendkvý den nic moc)

Spojené státy:    +58429 nových případů (o 12 tisíc menší přírůstek než předcházející den).

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

Začnu opět úvahou Ing. Jana Mertla, Ph.D. kterého znám dlouhá léta a považuji ho za jednoho z nejlepších odborníků (tedy přesněji za toho nejlepšího) na problematiku financování a efektivnosti zdravotnictví a různých zdravotních systémů.

Jan Mertl: Letní COVID zamyšlení 2. část

Důležitou otázkou je také, jak se s epidemií vyrovnávají jednotlivé zdravotnické systémy. Zde je zřejmé, že prevence i léčba COVID spadá do univerzální části systému, tedy nejedná se o něco, co by mohlo nebo dokonce mělo být volitelné či ponecháno na, řečeno pomocí oblíbeného klišé liberálů, "svobodném rozhodování jednotlivce". Naopak, prevence i léčba tohoto onemocnění spadá do zdravotní péče, která se poskytovat musí a management tohoto onemocnění sebou nese i výrazné externality vzhledem k jeho šíření v populaci – pozitivní, pokud se podaří zvládnout, a naopak negativní, pokud prevence či léčba není dostatečně účinná. Reakce jednotlivých zdravotnických systémů tak lze rozdělit podle dvou kritérií:

1) do jaké míry vzaly epidemii vážně (resp. adekvátně reálným epidemiologickým rizikům) a reagovaly na ni hygienicko-epidemiologickými opatřeními

2) jak odolná je jejich univerzální složka, a tudíž do jaké míry vůbec mají kapacitu incidenci onemocnění zvládat. Mezinárodní srovnání v tomto směru je dostupné ve statistikách, viz: https://www.ft.com/content/a2901ce8-5eb7-4633-b89c-cbdf5b386938

Zde můžeme uvést některé příklady. V případě Švédska se jedná evidentně o příliš "promořovací" přístup, kdy na začátku epidemie tamější orgány veřejného zdraví zvolily nízký rozsah opatření doufajíce, že spolu s dobrovolně odpovědným chováním Švédů to povede k přirozeně mírnému průběhu infekce a posílení kolektivní imunity. To se ovšem nepotvrdilo, a naopak dopady do ohrožených skupin či lokalit byly horší, než se čekalo a než je sociálně a eticky chápáno jako přijatelné. Tudíž v případě Švédska ani jinak vyspělý univerzální systém zdravotní péče nevyřešil problém.

V případě USA naopak univerzalita systému je velmi slabá, tudíž i přes značná, byť regionálně diferencovaná epidemiologická opatření se v systému projevují úzká místa, což je snaha suplovat financováním z místních a federálních rozpočtů mimo běžná schémata tamějších pojistných plánů, přesto už proběhly médii příběhy o nákladech na léčbu jednotlivých pacientů a je zřejmé, že ad hoc přístup veřejné správy či charitativní mechanismy financování nebudou schopny dlouhodobě léčbu COVID pozitivních pacientů kompenzovat.  V případě Velké Británie se projevuje to, že tamější systém NHS je sice postaven na veřejné službě, ale má dlouhodobě kapacitní problémy a pár týdnů je schopen pracovat "ve špičce", nicméně dlouhodobě dochází ekonomicky řečeno k "přehřátí" systému a do budoucna bude nutno, jak už je pro britské zdravotnictví tradicí, reagovat na vývoj reformními a organizačními opatřeními zohledňujícími novou situaci.

Významné jsou také statistiky propadu HDP, které byly zveřejněny za druhé čtvrtletí 2020. Zde se jedná až o dvouciferná čísla, tedy kolem -10 procent, což vskutku není zanedbatelné. Na druhé straně, celoroční statistiky mohou být pozitivnější, pokud se v druhé polovině roku podaří vývoj zvládnout lépe. Také se tím ukazuje, že indikátor HDP je skutečně indikátor toho, jak je ekonomika "busy", nikoli nutně indikátor tvorby hodnoty nebo zvýšení životní úrovně, tedy i určitá omezení tohoto indikátoru, podle něhož se ale z dobrých důvodů v makroekonomii a fiskální politice řada věcí řídí. A tím se dostáváme k tomu, co dělat dál, tedy co může pomoci při zvládání epidemie a "soužití" s novým koronavirem.

Ač by si to asi někteří lidé přáli, žádné zázraky nejsou k dispozici a situace je epidemiologicky podobná jako u jiných virových onemocnění šířících se vzduchem (respiračně). Tak jako lidská společnost zvládala epidemie virových onemocnění v minulosti, když nebylo očkování (obrna, spalničky, zarděnky, příušnice a další), musí akceptovat, že přišel další takový virus a jak to vypadá, zůstává tu s námi. Ideálním řešením je samozřejmě funkční specifická prevence, tedy očkování, které vybudí imunitní odpověď alespoň na rok, lépe i déle (což může nastat s dalším vývojem očkovacích látek). V druhé řadě je to pak kauzální léčba, kde s pokračujícím výskytem onemocnění a zkušenostmi infekcionistů z celého světa se dá očekávat, že management onemocnění se bude zlepšovat a bude zlepšen i farmakologický arzenál použitelný v různých fázích onemocnění (remdesivir, isoprinosin, krevní plasma vyléčených, další antivirotika atd.). To by mělo přispět ke snížení nebezpečnosti, nikoli však incidence viru. A je samozřejmě otázkou, jak zajistit dostupnost této léčby, protože jakkoli platí, že epidemiologická preventivní opatření jsou sama o sobě (nikoli z hlediska svých ekonomických dopadů) poměrně levná a aplikovatelná na zvolenou populační skupinu či region, pak léčba vážných průběhů nemoci už rozhodně levná a organizačně jednoduchá není, jednak z hlediska délky léčby a jednak z hlediska nákladů na léky, pokud tyto budou podléhat patentové ochraně a různým nákladům v různých zemích světa.

A než tyto dvě cesty budou v uspokojivém stavu, nezbývá než "tančit" s virem tak, abychom udrželi jeho incidenci pod kontrolou a maximálně omezili dopad na rizikové skupiny pacientů. K tomu je nutno výrazně posílit epidemiologickou službu a pokud možno využívat lokálních a kontaktních, nikoli plošných omezení. Že to dotčeným lidem může vadit, je jasné, ale jinak to nejde – lze však propracovat ("vyladit") postupně metodiku těchto opatření aby byla co nejvíce "snesitelná" při zachování epidemiologické účinnosti. Stejně tak je vhodné změnit chod podniků a institucí na bezpečný nebo bezkontaktní tam, kde to je možné. Dále posílit systém sociálního nemocenského pojištění, který v době před epidemií zaznamenával dlouhá léta značnou erozi, zejména pro OSVČ, neplnohodnotné pracovní úvazky a byl trvale vystaven zpochybňování z pohledu možnosti jeho zneužívání, což vedlo až k návrhům či opatřením, které fakticky znamenaly jeho nefunkčnost a nepokrývání příslušných sociálních situací. Je zřejmé, že uzavřít ekonomiku tak jako na jaře je naprosto krajní řešení poslední instance, musíme se proto aktivně snažit, abychom udrželi epidemii pod kontrolou méně razantními, zato však cílenými opatřeními. A jedním z nich je, zejména až nebude takové vedro, si zase vzít dovnitř roušku ....

Důsledek úpadku vzdělávacího systému:

"Asi 15 tisíc lidí vyrazilo do centra Berlína na demonstraci proti restrikcím platným v souvislosti s pandemií nemoci covid-19. Takové shromáždění dělá úřadům starosti kvůli možnému šíření infekce, protože demonstranti mezi sebou nedodržovali bezpečné rozestupy, ani si nenasadili roušky, informují místní média.

Lidé nesli transparenty s nápisy jako "Koronavirus, falešný poplach”, "Jsme nuceni nosit náhubky” nebo "Přirozená imunita místo očkování”. Podle agentury DPA někteří z nich na lidi s ochranou nosu a úst pokřikovali "Roušky dolů”."

Viz: https://www.novinky.cz/zahranicni/evropa/clanek/tisice-lidi-protestovaly-v-berline-proti-koronavirovym-omezenim-40332211?fbclid=IwAR1sIxgLI3IBgF-7chD4zy99PXGDStQ5REOaxLTUSe0xjkC8ROPt1Ai2rJE

Asistovaná sebevražda naší civilizace. Všimněte si, že mediální mainstream takové akce de facto podporuje. Pryč od tohoto iracionálního světa.

Důležitý článek českých vědců o taktice našeho viru – 2. část

Uveřejňuji na několik pokračování vybrané pasáže článku českých vědců, které byly nedávno publikované v prestižním impaktovaném časopisu "Nature Communications". Dává určitý přehled o tom, co o našem viru víme, metody, kterými zkoumáme jeho strukturu, odhaluje jednu z forem jeho "maskování" a snaží se na základě toho vyvinout způsob léčby (látku, kterou by jeden z klíčových prvků replikace našeho viru mohl být zasažen jako cíl).

O uvedeném článku je informace v češtině s mým krátkým komentářem zde:

https://radimvalencik.pise.cz/8149-covi-kavicka-30-7-cr-278-us-66971-komentar.html

Podle mého názoru, který vychází z hypotézy třísložkové evolučně stabilní strategie našeho viru, se jedná nikoli o kamufláž, ale o součást komplexu mechanismů, které byly výsledkem dlouhodobého evolučního směřování soužití s našeho viru s hostitelem. Další mechanismy vedou k tomu, že původní kultura našeho viru "spásá" buňku, v níž hostuje a replikuje se, pomalým způsobem, takže neškodí organismu a nevyvolává ani imunitní reakcí při úmrtí buňky. Zde je podrobněji o třísložkové evolučně stabilní strategii našeho viru:

Evolučně stabilní strategie našeho viru se tedy skládá ze tří složek:

1. Základem evolučně stabilní strategie je strategie "pomalého spásání pastviny", resp. šetrného chování k hostiteli. Patrně takového, při kterém imunitní systém na přítomnost a množení našeho viru vůbec nereaguje.

2. Doplňující obrannou strategií, kterou spouští, když zjistí, že v napadeném organismu je mutace jeho vlastního kmene, která porušila "kmenové tabu" a začala se k hostiteli chovat nešetrně. V tu chvíli nás virus také přejde do modu rychlého spásání, resp. co nejrychlejší replikace v hostiteli. "Odbrzdí se", přechází do excitovaného, zdivočelého stavu.

3. Navazující korekční strategii, kterou zkouší, zda je ještě přítomna mutace, která porušila kmenové tabu (zda byla vytlačena nebo uklidnila). Vysílá vstřícný signál pomalého spásání, ovšem podle toho, jaká je reakce prostředí, je zase připravena přejít k obranné strategii rychlého spásání, resp. nešetrného chování k hostiteli.

Poznámka k jednomu aspektu praktického významu výše uvedeného:

V případě třetí složky strategie a návratu k první složce musí být náš virus evolucí kalibrován velmi přesně:

- Příliš včasné a časté vysílání vstřícných gest poskytuje zvrhlé mutaci (té, která je v modu rychlého spásání) příliš velký prostor pro replikaci a případnou dominanci.

- Nedostatečná tendence k uklidnění může vést k tomu, že dojde k lokálnímu zániku hostitele a tím i našeho viru.

Velmi špatná situace by pro nás (lidi) nastala, pokud by byl náš virus evolucí kalibrován dynamicky, tj. čím více by byl "zklamán" tím, že nedochází k pozitivní odpovědi na vstřícná gesta vložená do strategie nešetrného chování k hostiteli, tím méně strategii vložení vstřícných gest používá.

Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8086-covi-kavicka-12-7-cr-53-us-61719-komentar.html

Autoři článku pozornost zaměřují na to, kde by mohl být náš virus zranitelný. Mnohem zajímavější by bylo, pokud by svoji pozornost zaměřili na otázku, jak je to se vztahem našeho viru k hypoteticky zkonstruované evolučně stabilní strategii. Základ této strategie (pomalé "spásání" hostitele) může realizovat (pokud je v normálním modu "pomalého spásání"):

- Velmi selektivním výběrem buněk, které napadá.

- Pomalou a úspornou replikací v nich.

V jeho struktuře by pak byly "brzdné mechanismy", které by se metodami používaným při odhalení "maskovací čepičky" patrně daly též odhalit (pokud by existovaly).

Vybrané pasáže z článku uveřejňuji mj. proto, že jsou velmi užitečné pro širší okruh čtenářů:

1. Dávají určitou představu o tom, co již víme a jak postupuje věda při výzkumu v dané oblasti.

2. Prakticky vylučují možnost, že by epidemie našeho viru byla jen "mediální humbuk" (to si může myslet jen nedouk, který nemá o fungování současné vědy, při všech jejich problémech a pokusech ji ovlivnit, ani potuchy).

Vybrané pasáže z článku odlišuji fialovou barvou. Obrázky jsou převzaté z článku.

Z článku:

Strukturální analýza komplexu SARS-CoV-2 methyltransferázy, který se podílí na tvorbě čepičky RNA, vázaný na sinefungin
Petra Krafčíková, Jan Silhan, Radim Nenčka a Evzen Boura
Publikováno v Nature Communications, svazek 11, číslo článku: 3717 (2020)

(Pokračování)

Koronaviry používají sekvenční instalaci čepičky, která se provádí několika nestrukturálními proteiny (nsp) kódovanými jejich genomem. U koronavirů se zdá, že do tohoto procesu jsou zapojeny nsp10, 13, 14 a 16. Primární funkcí nsp13 je uvolnění virové RNA během replikace. Proto se považuje v podstatě za helikázu. Je to však také protein s 5'-RNA trifosfatázovou aktivitou, který je zodpovědný za štěpení monofosfátu na 5'-konci rodící se RNA za poskytnutí difosfátu. Zatím není důkaz, že kterýkoli z koronavirových proteinů má guanylyltransferázovou funkčnost spojenou s tvorbou čepičky. Nsp14 a nsp16 jsou zodpovědné za methylaci čepičky na guaninu GTP a C2 'hydroxylové skupiny následujícího nukleotidu. Jak nsp14, tak nsp16 jsou methyltransferázy závislé na S-adenosylmethioninu (SAM) (MTázy) a zdá se, že jsou nezbytné pro životní cyklus viru. Zejména se zdá, že nsp16 je velmi perspektivním molekulárním cílem z pohledu lékařské chemie a designu léčiv. Ukázalo se, že tato 2'-O-methyltransferáza (MTáza) je nezbytná pro replikaci koronavirů v buněčných kulturách. Enzymatické aktivity obou těchto MTáz (nsp14 a nsp16) jsou významně zvýšeny pomocí nsp10, což je nezbytný kofaktor pro jejich správnou funkci.
Zde uvádíme informaci o krystalové struktuře SARS-CoV-2 nsp10-nsp16 v komplexu se sinefunginem, inhibitorem pan-MTázy původně izolovaným ze Streptomyces griseoleus. Struktura odhaluje celkový násobek podobný SARS-CoV nsp10-nsp16, a co je důležité, odhaluje atomové detaily toho, jak sinefungin inhibuje nsp16 MTázu. To poskytuje výchozí bod pro konstrukci specifického inhibitoru.

Výsledky

Celková struktura proteinového komplexu nsp10-nsp16
Abychom získali proteinový komplex nsp10-nsp16, společně jsme exprimovali geny kódující nsp10 a nsp16 společně v E. coli. Komplex byl během čištění proteinu stabilní, což naznačuje vhodnost pro strukturální analýzu. Komplex nsp10-nsp16 byl doplněn inhibitorem pan-MTázy sinefunginem a podroben pokusům o krystalizaci. Nakonec jsme získali krystaly, které se rozptylovaly na rozlišení 2,4 Á. Struktura doplněna molekulární náhradou a odhalila smíšený alfa-beta fold se sinusungungem vázaným v centrálním kaňonu (obr. 2). Ústředním rysem nps16 MTasy je pruh rovnoběžných a antiparalelních P-listů (jak se objevují ve struktuře z rozhraní nsp10: P4, P3, P2, P6, P7, P9, P8, P1) ve tvaru písmene J, které je zevnitř stabilizováno okolními helixy a3 a a4 a z vnějšku helixy a5-a9.
Obrázek 2: Krystalová struktura proteinového komplexu SARS-CoV-2 nsp10-nsp16.

a) Schematické srovnání krystalizovaných proteinů nsp10 a nsp16 divokého typu (wt) nsp10 a nsp16

b) Celkový souhrn komplexu nsp10-nsp16 s navázanou sinefunginem. Páteřní proteiny jsou zobrazeny v prezentaci pásu. Nsp10 je zobrazena oranžově a nsp16 v azurové. Sinefungin je znázorněn na nezaujaté mapě Fo-Fc, která je koncipována při 3,5 sigma.

c) Topologický graf nsp10 a nsp16 proteinů.
(Pokračování)

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Nejdůležitější je tento graf:

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)