COVI-kávička 7.11.: ČR +11549 USA +132540

Česká republika:   +11549 nových případů (důvod k opatrnému optimismu, uvidíme v polovině příštího týdne)

USA +132540 nových případů. Rekord rekordů, o 18 tisíc víc než včerejší rekord. Co to bude znamenat pro složitý vnitropolitický vývoj?

A ještě se podívej na evropský souboj (s budoucností Evropy bezprostředně souvisí):

Rusko zase "jen" mírný nárůst, ale další rekord a poprve přes 20 tisíc, ale ten setrvačný růst je - jak už jsem psal vícekrát - strašně nebezpečný, především se však ukazuje, že zatím nedošlo ke stabilizaci.

Francie skokový rekord a velký problém.

Itálie téměř 38 tisíc a je v tom znovu, Německo přes 22 a nedaří se zabrzdit, podobně i v Polsku přes 27, Izrael OK.

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

Podnětný článek o sociálním distancování na OSEL

Na webových stránkách OSEL (Objective Souurce E-Learning) jsou publikovány odborné články popularizující nejnovější objevy z nejrůznějších oblastí vědy. Čtenář zde najde i ty, které se týkají aktuální problematiky koronavirové epidemie. O kvalitě čtenářů OSEL svědčí mj. zajímavé, věcné, fundované a hlavně slušné diskuse, které se vedou i k této kontroverzní problematice. Jeden z nich jsem vybral a uveřejňuji i se dvěma příspěvky do diskuse:

Šíření infekčních nemocí a fyzika  

Josef Pazdera

Možná to někoho překvapí, ale ve světě se nepozastavují nad tím, že po propuknutí nemoci COVID-19 způsobené novým koronavirem SARS-CoV-2, se do predikcí zapojují nejen virologové, ale i fyzikové. Ti druzí jmenovaní převládají. Důvod je prostý, jejich matematikou postižené mozky dokáží modelovat šíření epidemií tak, jak se pak do značné míry i děje. Zda je takové modelování opravňuje vyjadřovat podporu opatřením, jako jsou omezení kontaktů, nošení roušek apod. ponechme stranou a podívejme se na jednu z nejnovějších prací věnovaných predikcím šíření infekcí a kterou včera zveřejnil prestižní časopis Nature.

Fyzikové Michael te Vrugt, Jens Bickmann a prof. Raphael Wittkowski z Ústavu teoretické fyziky na univerzitě v Münsteru se věnují modelování šíření infekčních nemocí od počátku pandemie. Jejich predikce se ukazují být až příliš přesné a i imunologové přiznávají, že se od nich mnohému přiučili. Jde v podstatě o to, že na předpovídání šíření infekce v populaci se dá velmi dobře využít metoda označovaná DDFT, vycházející z tzv. "dynamical density functional theory". Ta není žádnou novinkou, byla vyvinuta již v devadesátých letech a fyzikové podle ní popisují a predikují chování interagujících částic.

Hlavní autor studie Michael te Vrugt se jejich práci snaží laikům přiblížit přirovnáním lidí k částicím. V jejich modelu tak osoby dodržující sociální odstup mají "váhu" částic, které se navzájem odpuzují (třeba kvůli shodnému elektrickému náboji). V jejich novém modelu zkombinovali tradiční teorii popisující šíření infekce s fyzikálním přístupem DDFT. Výsledkem je něco, co predikuje chování infekce mezi těmi, kteří se mohou navzájem infikovat, ale udržují si odstup. Přičemž nová metoda dovoluje do předpovědního systému vpasovat chování osob v "hotspotech", kde se vyskytují infikovaní jedinci, i zahrnout vliv tzv. "super-spreader events" – jinak řečeno, jak s následným šířením nemoci zamává pořádání hromadných akcí, jakými jsou trhy, koncerty,.. Že jejich předpovědi fungují mohou doložit dopadem oslav v Heinsbergu nebo après-ski v Ischglu,...

Ať se to nám biologům líbí, nebo ne, fyziky jejich obor vystavil mnohem dříve potřebě předpovídat chování uspořádaných a neuspořádaných systémů a mají v tom směru řadu zkušeností. Už proto není tak docela správné upírat jim právo se vyjadřovat k predikcím v oblasti spadající tradičně do sféry lučby živé. Jinde ve světě to aspoň nedělají. Také proto, že jejich prognózy, vzešlé z chování částic ve fyzikální zoologické zahradě, se ukazují být té naší biologické realitě, hodně blízko.

Literatura

Michael te Vrugt et al, Effects of social distancing and isolation on epidemic spreading modeled via dynamical density functional theory, Nature Communications (2020).

Zde lze stáhnout celý článek J. Pazdery z OSEL i s diskusí k němu:

https://www.osel.cz/11444-sireni-infekcnich-nemoci-a-fyzika.html

Zde lze stáhnout celý původní článek v angličtině:

DOI: 10.1038/s41467-020-19024-0

Vybírám z diskuse:

Dalibor Štys: "Šíření viru a proti němu nárůst imunity je dynamický systém. Různé způsoby zpomalování nebo zrychlování mění náběh křivky, ale faktu, že dojde k několika oscilacím, nezabrání. Systém se utlumí do malých oscilací, ale můžeme dlouhodobě čekat i jednotky procent nakažených v populaci a desítky procent imunizovaných. Pokud virus nezeslábne nebo nebude účinná vakcína nebo lék pro velkou část populace. Náš problém nebylo málo roušek, to by v Rakousku měli problém větší, než my. Problém bylo urychlování náběhu tím, že se infekční včas nedostali do karantény díky zahlcení testů."

K tomu ode mne:

Ne. Hlavní problém byl, že jsme u nás připustili vznik velkého množství ohnisek vícenákazy, z nichž se šíří nepříznivě složené portfolia nákazy, což brání zklidnění hlavního kmene našeho viru. Proto se u nás tak s takovými potížemi s epidemií vyrovnáváme.

Eva M.: "Neříkám, že nutně musí být chyba v teoretické koncepci distancingu, ale (nejen) v té narvané tramvaji se to dodržuje fakt blbě.... jak Vám pan autor jistě hravě vymodeluje..., navíc Vám zůstávají další otázky, k nimž se distancing nevyjadřuje: např. "je bezpečné, abych se svezl výtahem, když všude řádí záhadný virus?" (pokud je pater 10, je to celkem i dilema...).... "fakt se kolegové v kanceláři při distancingu vzájemně nenakazí?" atd..... .... já vím, on se vyhlásil ten "nutný 15minutový kontakt"... tož ale máme ten masový komunitní přenos, tak ono nám asi některý předpoklad neplatí..."

K tomu ode mne:

Ohleduplnost a použití rozumu. Tramvaj – i v zimě (zatím ještě mrazy nejsou) jedno či raději dvě otevřená horní okénka mnohonásobně snižují riziko přenosu nákazy. Výtah do 10 patra? No prostě nemačkat se. Počkat. On se mj. i "propláchne" vzduchem po cestě dolů. A požadovat, aby správě umožnil lepší větrání výtahu.

Jak to bude?

Ladislav Žák

Víme milion a pět čísel, která nám jsou celkem ukradená... Prostá informace, kdy se otevřou obchody, školy a sportoviště úplně postačí... Nebo alespoň prosté "nevíme"...

Radim Valenčík

Jednoduchá odpověď - až to zvládneme jako v Izraeli. Otázka je, kdo u nás plní roli udržování ohnisek vícenákazy, jakou v Izraeli hráli ortodoxní židovské komunity, které musely být "ukázněny" dost drsným způsobem.

Jarek Páník

Jasná odpověď padla, opatření dodržujeme málo, proto vyhlídka v listopadu nic, v prosinci mírný pokles (kolem vánoc 7-8 tisíc nakažených denně), to nestačí. Lékařská komora volá zpřísnit, jinak se z toho nevyhrabeme.

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)