COVI-kávička 20.8.: ČR +316 US +44957. Komentář

Česká republika:   +316  nových případů (nepříjemné, ale není to rekord ve špatném směru).

Spojené státy:    +44957 nových případů (relativně příznivý vývoj pokračuje). 

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

Manuál z Bulovky a situace z pohledu evolučně stabilní strategie našeho viru – 4. část:

V pěti částech zveřejňuji na pokračování velmi užitečný Manuál ke koronaviru od expertů z Bulovky: co víme, proč zůstat doma a jak se ochránit (Jiří Beneš a kol.).

Celý manuál online je zde:

https://www.lidovky.cz/relax/zdravi/velky-manual-expertu-z-bulovky-jak-jsme-daleko-s-poznanim-koronaviru.A200507_123603_ln-zdravi_ele

Důvodem není jen užitečnost tohoto materiálu, ale zejména to, jak odhalení struktury viru, jeho vstupu do naší současnosti (odkud se vzal), funkcí jeho jednotlivých částí a hlavně logiky jeho chování rozhoduje o té nejdůležitější otázce "Co dělat?".

K prvním dvěma částem nebudu mít žádné připomínky. Jsou obecně velmi prospěšné. K následujícím třem částem už ano. Ukážu, v čem a proč vidím situaci trochu jinak a jaké praktické závěry z toho vyplývají.

K evolučně stabilní strategii našeho viru:

Takto jsem evolučně stabilní strategii našeho viru formuloval již dříve a několikrát připomenul:

1. Základem evolučně stabilní strategie je strategie "pomalého spásání pastviny", resp. šetrného chování k hostiteli. Patrně takového, při kterém imunitní systém na přítomnost a množení našeho viru vůbec nereaguje.

2. Doplňující obrannou strategií, kterou spouští, když zjistí, že v napadeném organismu je mutace jeho vlastního kmene, která porušila "kmenové tabu" a začala se k hostiteli chovat nešetrně. V tu chvíli nás virus také přejde do modu rychlého spásání, resp. co nejrychlejší replikace v hostiteli. "Odbrzdí se", přechází do excitovaného, zdivočelého stavu.

3. Navazující korekční strategii, kterou zkouší, zda je ještě přítomna mutace, která porušila kmenové tabu (zda byla vytlačena nebo uklidnila). Vysílá vstřícný signál pomalého spásání, ovšem podle toho, jaká je reakce prostředí, je zase připravena přejít k obranné strategii rychlého spásání, resp. nešetrného chování k hostiteli.

(Beru hypotézu této formy evolučně stabilní strategie našeho viru s příslušnou metodickou skepsí, ale také se mně zdá stále pravděpodobnější.)

Patrně ji v nějaké míře mají všechny koronaviry nějak zabudovanou a patrně právě to, že se prosadila, vedlo k ústupu předcházejících koronavirových epidemií (SARS-CoV, MERS-CoV). Lze jen litovat, že samotnému fenoménu "ústupu" jako předmětu výzkumu nebyla věnována potřebná pozornost.

Otázka zní takto:

- Nakolik se náš virus (COVID-19) evolučně stabilní strategii přiblížil.

- Jakými mechanismy a strukturálními prvky je realizována.

- Co způsobuje její selhávání.

Zdroj: https://radimvalencik.pise.cz/8226-evolucne-stabilni-strategie-cloveka-a-koronaviru.html

Velký manuál ke koronaviru od expertů z Bulovky: co víme, proč zůstat doma a jak se ochránit (Jiří Beneš a kol.) – 4. část

Význam infekční dávky pro průběh epidemie

Veškerá dosavadní pozorování svědčí o tom, že šíření infekce SARS CoV2 v populaci může probíhat velmi mírně, pod obrazem necharakteristické virózy nebo zcela asymptomaticky. Takto virus infiltroval alpská lyžařská střediska v průběhu února. Při dovolené na horách, kde se soustřeďovali zdraví lidé, kteří navíc trávili většinu dne venku na čerstvém vzduchu, nebyly podmínky pro vznik infekčního aerosolu a nevznikala závažná onemocnění.

Zcela jinak se chovala infekce v lokalitách s velkým nahloučením obyvatel, přičemž se jako další přídatný faktor mohl uplatňovat pobyt ve špatně větraných veřejných prostorech (sportovní haly, nákupní střediska, metro apod.). Za této situace může dojít k vysoké koncentraci virů ve vzduchu a to vytváří podmínky pro postižení dolních dýchacích cest a plic. Nemocní jedinci svým kašlem přispívají ke stále rychlejšímu šíření nákazy a současně i závažnějšímu průběhu infekce. Teprve v této fázi začínají nejvíce nemocní lidé vyhledávat lékařskou pomoc. Mezitím se již počet postižených rychle rozrůstá a rozvíjí se spirála vedoucí k explozivní epidemii.

Na tomto místě je možná vhodné připomenout, že epidemie tohoto typu mohou být rozsáhlé počtem postižených, ale přitom bývají omezené na výchozí hustě osídlený region. V Itálii byla těžce postižena Lombardie, v Británii Londýn, v USA připadala více než polovina vykázaných úmrtí na New York a sousední New Jersey¹. Chceme tím upozornit na skutečnost, že katastrofické zprávy přicházející z Itálie se rozhodně netýkaly celé Itálie, a podobně tomu bylo i v dalších zmíněných zemích. Rovněž z toho vyplývá, že vzájemné porovnávání počtu hlášení z jednotlivých států nedává dobrou představu o situaci v jednotlivých regionech.

Jestliže se v některém regionu nahromadí pacienti, jejichž stav vyžaduje intenzivní péči, může snadno nastat kolaps zdravotnického systému. Provoz oddělení poskytujících intenzivní péči je vždy velmi drahý, proto málokterý stát si udržuje rezervy pro vzácně přicházející katastrofické události.

Jediným účinným řešením počínající explozivní epidemie je časné a rázné zavedení restriktivních opatření, která maximálně omezí mezilidské kontakty a tím zastaví šíření infekce. V České republice stejně jako na Slovensku, v Maďarsku, Portugalsku a Finsku se takto podařilo dostat průběh epidemie pod kontrolu včas. Ve všech uvedených zemích byly restriktivní opatření vyhlášeny ještě před tím, než bylo zjištěno první úmrtí pacienta s prokázanou infekcí⁶.

Pro lepší ilustraci problému je potřeba dodat, že reálný účinek veškerých restriktivních opatření se v ČR začal projevovat až cca po dvou týdnech, tj. po dvojnásobku běžné inkubační doby COVID-19. To je poměrně dlouhá setrvačnost, uvážíme-li, že vládní opatření byla realizována na celém území státu prakticky ihned po jejich vyhlášení.

V zemích, jejichž vlády s vyhlášením restriktivních opatření otálely, doběhl vývoj epidemie ve velkých aglomeracích do hrozivých rozměrů (Londýn, New York). Ale i ve státech s příznivějšími podmínkami v důsledku nižší hustoty populace dosáhla úmrtnost na COVID-19 hodnot, které mnohonásobně převyšují údaje z České republiky. Například Švédsko k 6. 5. 2020 vykazuje 2941 úmrtí na COVID-19, což je desetkrát více než ČR – 262 úmrtí¹.

Diagnostika COVID-19

Obecně vzato, existují dva přístupy k průkazu virové infekce. První možností je tzv. přímý průkaz, kdy se odebraný biologický materiál vyšetřuje na přítomnost charakteristických součástí viru. V případě koronaviru je tímto materiálem nejčastěji výtěr z nosohltanu. U pacientů na umělé ventilaci lze odebrat i sekret odsátý z dolních dýchacích cest. V odebraném materiálu se hledá buď typický úsek virové nukleové kyseliny (v tomto případě RNA) nebo typický antigen, což bývá nejčastěji některý z proteinů přítomných na povrchu viru.
Druhou možnost představují sérologické testy, které měří hladinu protilátek proti danému viru. Výchozím materiálem je krev, přesněji krevní sérum, čili žlutavá tekutina, která se z krve oddělí po jejím sražení. Je možné měřit buď celkovou koncentraci specifických protilátek nebo přesněji hladiny jednotlivých typů specifických protilátek, tj. imunoglobulinů třídy M, G nebo A (IgM, IgG, IgA^d). V diagnostice koronavirové infekce vešly ve známost tzv. rychlotesty, pomocí nichž je možné zjistit přítomnost specifických protilátek třídy IgM a IgG z kapky krve během několika minut.

Všechny zmíněné metody mají své přednosti, ale i nevýhody a omezení. Pro úplnost dodáváme, že existuje i možnost viry kultivovat, to je však metoda pracná a hlavně časově náročná, takže ji lze využít ve výzkumu, ale nikoli v rutinní praxi.

Průkaz virové RNA se zpravidla provádí metodou polymerázové řetězové reakce (PCR, polymerase chain reaction). Tato metoda je velmi citlivá, specifická a rychlá, zároveň však i poměrně drahá (řádově 1000 Kč za jedno vyšetření) a vyžaduje speciální přístrojové vybavení.

Pro správnou interpretaci výsledku je nutné znát některé souvislosti. Prvním problémem může být odběr materiálu. Virus se při zánětu nosohltanu vyskytuje v největší míře v zadní části nosní dutiny, nad měkkým patrem. Při výtěru se proto postupuje nosem hluboko dovnitř a dolů, což je značně nepříjemné. Zdravotník, který výtěr provádí, musí být zkušený, jinak nedosáhne do správného prostoru a pravděpodobnost záchytu viru významně klesne. Pravděpodobnost záchytu viru se sníží přibližně o polovinu i v případech, kdy se odběr provádí ústy a nikoli nosem. Dále je potřeba si uvědomit, že výtěr nosohltanu prokazuje přítomnost či nepřítomnost viru v této lokalitě, což nemusí korespondovat s výskytem viru v plicích nebo v krevním řečišti.

Pozitivní nález je nutno chápat jako průkaz virové RNA ve vyšetřovaném materiálu. Jestliže je virus takto prokázán u člověka s příznaky akutní respirační infekce, pak smíme virus považovat za původce tohoto onemocnění. Jestliže je virová RNA zjištěna u osoby, která nemá projevy nemoci, pak přicházejí v úvahu dvě možné interpretace: buď jde o akutní inaparentní onemocnění anebo máme co činit s pozůstatky již ukončené infekce. Testy totiž detekují i viry mrtvé nebo dokonce rozpadlé. Pozitivita PCR vyšetření tedy sama o sobě nemůže rozhodnout o tom, jestli vyšetřovaná osoba dosud je nebo již není infekční.

Negativní výsledek PCR při správně provedeném odběru z nosohltanu dává záruku, že vyšetřovaná osoba v době odběru netrpí koronavirovým zánětem horních cest dýchacích. Tento nález ale nevylučuje probíhající nebo doznívající koronavirový zánět plic. U bezpříznakových osob lze negativní výsledek PCR považovat za osvědčení o neinfekčnosti po dobu cca 48 hodin od odběru materiálu; jestliže inkubační doba onemocnění činí 2-14 dní, pak již po uplynutí dvou dní od odběru může infekce propuknout.

Podle podobných principů lze hodnotit i výsledky PCR vyšetření jiných biologických materiálů, viz tabulka 1. Pozitivita PCR při vyšetření stolice může znamenat, že virus se pomnožil v buňkách střevní sliznice, ale stejně dobře to může být artefakt vzniklý spolknutím sekretu z nosohltanu, přičemž viry obsažené v tomto sekretu byly při průchodu žaludkem usmrceny kyselou žaludeční šťávou.

Průkaz virového antigenu se v některých zemích používá jako jednoduchý orientační test, využitelný v ambulantní praxi. Výsledek je k dispozici během několika minut. Principem testu je imunochromatografie: virové antigeny přítomné ve vyšetřovaném materiálu se navážou na detekční protilátky a vzniklý komplex se zobrazí jako proužek na předem vyznačeném místě chromatografického papírku. Test je levný (řádově 100 Kč), ale málo citlivý, takže se hodí jen pro potvrzení masivní infekce s velkou produkcí viru.

Sérologické testy se při průkazu virových infekcí používají velmi často. Obvykle se stanovují hladiny IgM a IgG protilátek; podle jejich vzájemného poměru je u některých infekcí možné odlišit akutní infekci od tzv. anamnestické produkce, která přetrvává ještě dlouho po skončení infekce. Problém v diagnostice COVID-19 spočívá v tom, že tvorba protilátek závisí na formě infekce. Jestliže bude nemoc probíhat jako zánět nosohltanu, čili virus se bude množit jen na sliznici, bude protilátková odpověď omezena na tvorbu IgA a IgG, anebo se při lehkém průběhu nemusí vyvinout vůbec. Naproti tomu při pneumonii se budou tvořit všechny třídy protilátek, podobně jako ukazuje obrázek 1. Z uvedeného vyplývá, že pomocí sérologických testů lze poměrně spolehlivě zachytit těžší případy nemoci, zatímco diagnostika lehkých infekcí bude nejistá.

(Pokračování)

Moje poznámka k Manuálu z Bulovky:

Největší nebezpečí je, že základní kmen spustí druhou (obrannou) složku své evolučně stabilní strategie, snaží se obsadit replikační prostor a vytlačit z něj mutaci, která porušila základ evolučně stabilní strategie. Tak tomu je v případě, že se do člověka dostává celé portfolio mutací našeho viru, navíc patrně v různých modech.

Největší problémy se vždy vyskytly tam, kde se setkali lidé z různých oblastí a kde byla možnost buď formou velkých kapének, nebo "zahuštěného" aerosolu v uzavřených prostorách možnost přenosu soupeřících mutací.

Situace, kdy se střetá více "proudů" populace našeho viru lze identifikovat a dokonce lze i předvídat, kde nastanou. Tam by z hlediska maximální úspornosti měla být zaměřena hlavní pozornost, aby se eliminovaly náklady plošných restrikcí.

Podívejme se, co se v souvislosti s naším virem odehrálo a děje v Rusku – 3. část:

Z rozhovoru s Markem Kynclem pro Parlamentní listy, celé viz:

https://www.parlamentnilisty.cz/arena/rozhovory/Rusko-a-koronavirus-Takto-ostra-slova-a-prukazne-fotky-jinde-neuvidite-Mluvili-jsme-s-tamnim-expertem-Popsal-nam-i-chovani-Putinovy-dcery-633540

Vybírám z rozhovoru a odlišuji barevně:

Co se týče ruské ekonomiky – dopad epidemie nebude, podle mého názoru, tak zásadní, jako na ekonomiky evropské a na ekonomiku americkou. Je to dáno několika faktory.

Tím hlavním je povaha Rusů, kteří jsou zvyklí se velmi uskrovnit a vynikají ve způsobilosti přežít v libovolných podmínkách. Životní úroveň většiny Rusů buď neroste, nebo se v posledním roce mírně snížila – nicméně několikatýdenní karanténa pro ně není nic, co by je mohlo dostat na kolena.

Rusko je minimálně závislé na turistickém ruchu, který od pandemie utrpěl nejvíce.

Konečně, Rusko nahromadilo v uplynulých letech obrovské rezervy, které nyní může částečně utratit na rozvoj země. V současné době v Rusku probíhá masivní investování do rozvoje bytového fondu a silniční a dálniční infrastruktury, energetického sektoru a zemědělství...

Další neznámou je, co provede druhá vlna pandemie s evropskou ekonomikou. Při nejčernějších scénářích by propad ekonomiky mohl nabýt katastrofálních rozměrů, což by se odrazilo na odběrech plynu a dalších surovin a v jejich cenách. Po ruských surovinách natahuje sice ruku Čína, nicméně obchodovat s touto zemí je pro Rusko neporovnatelně těžší než obchodovat s Evropou. Všichni chápou, že Rusku se podařilo bez větších ztrát přejít nástrahy, které jeho oponenty teprve čekají, a přemýšlí, jak této situace využít ke svému prospěchu...

Ruský premiér Vladimír Mišustin doporučil Rusům, aby nejezdili do zahraničí a rekreovali se doma, zejména na Krymu a v Soči. Toto doporučení má závazný charakter – hranice Ruska jsou vesměs uzavřené.

Proto Rusové létají k moři buď do Soči nebo na Krym. Kromě toho Rusko nabízí nepřeberné množství míst pro turistiku různého stupně náročnosti a přírodní krásy, které Rusové letos objevují v mnohem větší míře než v minulých letech, kdy jezdili převážně do zahraničí.

V ruských letištích panuje čilý ruch a po pandemii není ani vidu ani slechu. Minulý týden Rusko povolilo lety do Turecka a do Tanzánie. Vzhledem ke zkušenostem z počátku roku, kdy mnozí turisté zůstali v zahraničí a nemohli se dostat domů, není zájem takový, jako v minulých letech...

Mediální superstar číslo jedna všech krizí i úspěchů je samozřejmě Vladimír Putin. I když je možné se tomuto faktu pousmát – a sami Rusové mají pro sebeironii, stejně jako Češi, rozvinutý smysl – jeho vystoupení jsou vždy k věci, kvalifikovaná a v potřebné míře i empatická. Nikdo nepochybuje, že způsob, jakým prošlo Rusko současnou krizí, je ve velké míře jeho osobní zásluhou.

Pokud bychom se bavili o kladných hrdinech, pak je to shora zmíněný Dr. Denis Procenko, člověk se vzhledem zápasníka sumo, který je nepochybně odborníkem na slovo vzatým a lékařem, jenž nemocné sám léčil. Denis Procenko vždy vystupoval věcně a jako profesionál říkal věci tak, jak jsou. Nedramatizoval – a nepodceňoval. Proto si ho veřejnost oblíbila. Nyní se Procenko opět naplno věnuje své odborné práci. Srovnávat jej s panem prof. Prymulou je obtížné – společné mají pouze to, že byli často v médiích v souvislosti s koronavirem.

Postavou zcela jiného formátu, kterého koronakrize proslavila, je starosta Moskvy Sergej Sobjanin. Tento člověk zavedl v rámci Moskvy natolik restriktivní opatření, že by zřejmě vyvolala povstání, pokud by trvala jen o trochu déle. Ještě v předvečer oslav 75. výročí konce války, které odsouhlasil sám Putin, Sergej Sobjanin horlil pro zachování restriktivních opatření, dodržování rozestupů, nošení roušek a gumových rukavic, ve kterých s oblibou vystupuje v televizi dosud. Říká se, že museli zavolat z Kremlu, aby se jeho horká hlava trochu ochladila.

Abychom nebyli nespravedliví, mnoho obyvatel Moskvy si Sobjanina váží, protože v období jeho mandátu se Moskva změnila k nepoznání směrem k lepšímu. Z Moskvy se stalo město světové úrovně ve všech ukazatelích důležitých pro moderní život. Rozvíjí se infrastruktura pro pěší a cyklisty, parky, veřejná doprava i takové moderní formy transportu jako je car sharing, který moskevská administrativa aktivně podporuje.

Pandemie koronaviru dala Sobjaninovi punc svérázného člověka, který, jak s úsměvem říkají Moskvané, dokazuje, že koronavirus útočí i na mozek.

K tomu ode mne:

Rusko je zajímavé zejména tím, že se mu daří dostávat epidemii pomalu, postupně, ale systematicky pod kontrolu. V rozhovoru není zmíněna šílenost, ke které v Rusku došlo a která vyvolala explozi nákazy – unáhlenou repatriaci asi čtvrt miliónu Rusů z celého světa, z nichž někteří byli i několik dní na letišti, cestovali desítku hodin v letadlech, sešli se po příletu se svými rodinami... a tím vlastně všechno začalo. Rozhovor je až pateticky "proruský", nicméně i tak mapuje některé důležité momenty vývoje epidemie v Rusku, které jsou poučné pro pochopení logiky chování našeho viru.

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Nejdůležitější je tento graf:

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)