COVI-kávička 13.6.: RF +8987 US +27221. Komentář

U nás, jak se zdá, je koronavirus již plně pod kontrolou a "ochočen" (nepropukají zdivočelé vícenákazy). Pokud nedojde k recidivě (a tu zatím nepředpokládám do uvolnění pohybu osob a případné "repatriaci" nové vícenákazy), není nijak zvlášť přínosné sledovat situaci v ČR. Pokud dojde ke změně, včas zareaguji. Proto je dobré zaměřit pozornost na ty země, kde se koronavirus ještě nedaří nejen ochočit, ale ani zkrotit.

Ruská federace: +8957 nových případů (o 208 větší přírůstek než předcházející den).

Spojené státy:    +27221 nových případů (o 3921 větší přírůstek než předcházející den). To už je velký nárůst a druhý den po sobě!

Uvedené dva státy jsem si vybral k dennímu sledování nejen proto, že jsou největší, ale i proto, že v nich došlo k největšímu rozbujení vícenákaz. Bude zajímavé sledovat, jak se zde bude situace vyvíjet. Je to příběh s otevřeným koncem a hodně napoví o tom, jak náš virus funguje.

U RF zatím žádný náznak toho, že by lineární nárůst nově nemocných nepokračoval. Přírůstky téměř beze změny. V US po měsíci stabilných nárůstů mezi 20 až 22 tisíci to najednou už druhý den vyskočila. A dost. Mohlo by to být šíření v důsledku pouličních nepokojů, i když v samotném Minneapolis počet nakažených klesá. Ale to může být dáno specifikou šíření viru. Uvidíme v nejbližších dnech.

Pokud srovnáváme jednotlivé země mezi sebou, je nutné uvažovat různou metodiku a další faktory, které výsledek ovlivňují (např. počet testů). K tomu se postupně dostanu. Důležité je však právě průběžně sledování, protože z časových řad lze vyčíst hodně i při odlišných metodikách.

Informace čerpám zejména z: https://www.worldometers.

info/coronavirus/#countries

Jak to vidím

Minnesotský paradox:

Zajímavá informace o tom, že v místě největších protestů v US počet nových případů nejenže neroste, ale paradoxně klesá:

"Během posledních tří týdnů Minnesota zaznamenala týdenní pokles nových případů COVID-19, což je onemocnění způsobené novým koronavirem. Minnesota zaznamenala asi 2 500 méně nových případů za dva týdny po zahájení protestů než za dva týdny před... Okres Hennepin, ve kterém se nachází Minneapolis, také zaznamenal v posledních čtyřech týdnech pokračující pokles nových případů, informovalo Ministerstvo zdravotnictví. - I když počet prováděných testů může skreslovat trendy, v tomto případě se to však nezdá. Za dva týdny od zahájení protestů provedla Minnesota podle ministerstva zdravotnictví asi o 30 000 testů více než za dva týdny před tím, a pozitivní testovací výsledek klesl asi o 4 procenta.
Dr. Daniel Havlichek, šéf divize infekčních chorob College of Human Medicine na Michiganské státní univerzitě, řekl Newsweeku, že existuje "milion možných vysvětlení" pro tento pokles. Mezi tyto vysvětlení patří, že případy již klesaly, lidé zůstali doma, pokud byli nemocní, nebo se distancovali od protestů, kontaktní přenos není tak častý, jak se kdysi myslelo. - V pondělí dr. ​​Maria Van Kerkhoveová ze Světové zdravotnické organizace uvedla, že kontaktní přenos je "vzácný". V úterý uveřejnila komentář a uvedla, že je možný i kontaktní přenos a že úředníci musí "lépe porozumět", kolik kontaktujících se jedinců přenáší virus na ostatní."
Celé viz: https://www.newsweek.com/two-weeks-after-protests-over-george-floyds-death-began-new-coronavirus-cases-minnesota-continue-1509989?fbclid=IwAR3vKo_QlsmIIkjT2IVDW16jHl6Qt3id4RePLjzqp5JHnJ7E7DSX_HK3FHs

Náš virus údajně mutuje pomalu:

"Od chvíle, kdy se virus na konci roku 2019 objevil, prodělal jen málo genetických změn," uvedl molekulární biolog z laboratoře aplikované fyziky na univerzitě Johnse Hopkinse Peter Thielen. - S kolegy se věnoval sekvencování genetické informace viru SARS-CoV-2, který nemoc covid-19 způsobuje. Podle studie se doposud podařilo najít ani ne dva tucty variant, které se od sebe liší jen málo. "Nashromážděné genetické změny během šíření viru nevyústily ke vzniku rozličných kmenů," uvedl Thielen. Dříve se sice uvádělo, že kmenů je více, ale genetické odlišnosti byly tak malé, že vědci ani neoznačily varianty za samostatné kmeny... - Koronaviry, kterých jsou stovky a většinou se objevují u zvířat, obvykle mutují mnohem pomaleji než jiné viry, uvedla univerzita. SARS-CoV-2 není výjimkou. "Chřipka má mnoho velmi unikátních způsobů, jak se během krátké doby měnit, SARS-CoV-2 je skoro úplně opačný – mění se pomalu. Protože na něj neexistuje imunita, není pod evolučním tlakem měnit se, když se šíří populací," uvedl Thielen... - Tvůrci vakcíny se soustřeďují na protein, jímž se virus napojuje na receptory napadené buňky, do které pak pronikne a v níž se množí. "Jsou jen malé oblasti tohoto proteinu, které mají přímý kontakt s receptorem v lidské buňce, a na ty se soustřeďují tvůrci vakcín," vysvětlil Thielen. V této oblasti nového koronaviru se u 20 000 vzorků ze světa zatím žádné změny neprojevily. V jednom případě se uvádělo, že se oblast změnila, ale potvrzeno to nebylo.

Viz: https://www.novinky.cz/koronavirus/clanek/sance-na-vakcinu-proti-koronaviru-zvysuje-jeho-mala-schopnost-mutace-40327377

Jak říkám, spíše osciluje kolem základního genomu. Právě tato evoluční stabilita je tím, co je nutné objasnit:

1. Jak se našemu viru tuto evoluční stabilitu daří držet (přestože je na bázi RNA).

2. Proč někdy volí evolučně nestabilní strategii "rychlého spásání pastviny" (hostitele).

Co se děje ve světě:

Zde je nejlepší zdroj s nejčerstvějšími informacemi:

https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

Další významné zdroje o dění ve světě:

https://www.ft.com/content/a26fbf7e-48f8-11ea-aeb3-955839e06441

https://ourworldindata.org/coronavirus

První z odkazů přebírá Financial Times. Je na něm mj. vyjádřeno i to, jak vzrostl počet úmrtí v jednotlivých zemích oproti tříletému průměru. Na to by se měli podívat všichni popírači a chřipkaři.

Graf šíření mutuací:

https://nextstrain.org/ncov/global?gmax=19896&gmin=15114

Tyto stránky ukončily uveřejňování nových příspěvků, ale archiv zůstal. Důležitý je závěr, ke kterému dospěly.

Podrobněji lze vývoj v ČR sledovat zde:

https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19?fbclid=IwAR3kdxZhYD7krsZ_K-xrmwNkGlQMO5rsIjQe_0jAWZT___jH_9pV_KzA38c

Nejdůležitější je tento graf:

Na závěr: Děkuji všem, kteří mi zasláním materiálů a doporučeními pomáhají. Rád uvedu jména, pokud dají souhlas.
(Pokračování)